Заметки лабораторного кота

Главный прогноз фармрынка до 2030 года

Отчёт подготовлен Evaluate Ltd — одним из самых влиятельных и цитируемых аналитических центров в фарме. Анализов и прогнозов конечно много, но это один из тех отчётов, на который смотрят биг-фарма и инвесторы. Вроде как можно доверять. Ну что ж, посмотрим

Пишут про GLP-1, что это феномен десятилетия. Ладно тут никто не удивился. Ozempic, Wegovy, Mounjaro, Zepbound принесут $100+ млрд рынку. Вот такие «новые статины»: огромная пациентоёмкость + мощный эффект + расширение показаний

Из лидеров фармрынка в 2030 году выделяют Novo Nordisk и Eli Lilly. С высокой вероятностью именно они возглавят фармрынок к 2030 году. Да, кстати, этот отчет был составлен не вот вот, а в 2024 году. Ну со второй компанией, думаю, не ошиблись 🔥

Куда концептуально движется индустрия?

Происходит переход к стратегии big drugs for big diseases — большие препараты для массовых, распространенных заболеваний

В топе к 2030:
• Онкология — №1 рынок ($300 млрд)
• Воспалительные заболевания — в топ-10 мировых продаж войдут Dupixent и Skyrizi
• Новые модальности (особенно ADC, cell/gene therapy, радиофарма) — самые быстрорастущие 🔥

Эндокринология и ЦНС — новый центр интереса, эндокринологию (ожирение, диабет, метаболизм),
ЦНС (депрессия, нейродегенерация, когнитивные нарушения)
Это возврат внимания к огромным, сложным, но очень ёмким рынкам 🔥

💬 Как вам такой прогноз?
С чем готовы поспорить?

Компания Repair Biotechnologies готовится к началу клинических испытаний своего инновационного препарата REP-0003, направленного на борьбу с атеросклерозом путем устранения избыточного внутриклеточного холестерина [1]. Если все пойдет по плану, фаза 1b стартует в 2026 году.

Почему это важно?

Холестерин существует в двух формах:

✅ Этерифицированный (связанный с жирными кислотами) – около 70% в крови.

✅ Свободный (неэтерифицированный) – около 30%, критически важен для клеточных мембран и синтеза гормонов.

Проблема в том, что избыток свободного холестерина внутри клеток (особенно в макрофагах и гепатоцитах) токсичен и способствует:
- развитию атеросклеротических бляшек,
- хроническому воспалению,
- повреждению тканей.

Статины и ингибиторы PCSK9 снижают уровень ЛПНП в крови, но не удаляют внутриклеточный холестерин. До сих пор не существовало препаратов, способных избирательно устранять его избыток, не нарушая физиологические процессы.

Как работает REP-0003?

Препарат использует платформу CDP (Cholesterol Degrading Platform) — гибридный белок, который:
1. Избирательно расщепляет избыточный свободный холестерин в клетках.
2. Превращает его в нетоксичный метаболит, который выводится из организма.

Этот механизм потенциально позволяет уменьшать уже сформировавшиеся атеросклеротические бляшки, а не просто замедлять их рост.

Результаты доклинических исследований

На научных сессиях AHA (2023) Repair Biotechnologies представила данные испытаний на мышах с моделью тяжелой гиперхолестеринемии (Ldlr-/-):

- Снижение площади атеросклеротических бляшек в аорте на ~27% (P<0,01).
- Уменьшение инфильтрации макрофагов в бляшках на ~61% (P<0,01).
- Снижение уровня АЛТ (маркер печеночного повреждения) на 40% и ApoB на 24%.
- Улучшение физической выносливости (+67% времени бега на дорожке, P<0,01).

Планы по разработке

- В ноябре 2023 Repair Bio заключила контракт с AGC Biologics (известной по производству плазмидной ДНК для вакцины Pfizer-BioNTech) для разработки мРНК-конструкта и доставки с помощью липидных наночастиц (LNP) от Genevant.
- В январе 2025 FDA предварительно одобрило дизайн фазы 1b для пациентов с гомозиготной семейной гиперхолестеринемией (HoFH) и присвоило REP-0003 статус орфанного препарата.

Осторожный оптимизм

Хотя результаты на мышах выглядят многообещающе, переход к людям всегда сопряжен с рисками:

- Влияние на физиологические функции холестерина (синтез гормонов, мембранная стабильность) требует тщательного изучения.

- Долгосрочная безопасность еще не подтверждена.

Тем не менее, REP-0003 – первый в своем классе препарат, который может не просто замедлять, а обращать вспять атеросклероз. Если клинические испытания подтвердят его эффективность, это станет прорывом в кардиологии.

За информацию спасибо коллегам из Без статинов. Читайте и их пост 🤝

[1] https://www.repairbiotechnologies.com/wp-content/uploads/2021/02/2.5-Animation-1-1.mp4

#новостинауки

@healthpravda

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Учёные МФТИ разработали новую белковую систему адресной доставки противораковых препаратов

В Advanced Healthcare Materials (IF = 9.6) вышла работа коллег из Лаборатории биохимических исследований канцерогенеза МФТИ, где представлена принципиально новая система доставки химиопрепаратов на основе самособирающихся белковых наночастиц — инкапсулинов из экстремофильной бактерии Thermotoga maritima. Эти белковые капсулы впервые были использованы как носители терапевтического препарата in vivo.

Система работает в два этапа: вначале опухоль "помечается" безопасным белковым модулем, а затем к ней точечно доставляется цитотоксик доксорубицин, помещённый внутрь инкапсулина. На моделях рака молочной железы такая схема обеспечила до 95% подавления роста опухоли и полностью устранила кардиотоксичность доксорубицина, что подтверждается гистологическим анализом сердца животных.

Почему это важно? Белковые нанокапсулы производить гораздо удобнее, чем "химические" - под это годятся уже существующие биотех-решения для наработки белков. Это делает разработанную систему перспективной платформой для будущих противораковых препаратов, способных работать так же адресно, как антитело-лекарственные конъюгаты, но быть проще в производстве и настройке.
Кстати, у лабы, где делается эта работа, есть интересный канал - можно почитать подробнее тут

Компания Recursion более 10 лет назад заявила, что в течение 10 лет она разработает 100 лекарств от тяжёлых болезней. Сейчас у компании около 20 препаратов в портфеле, и впечатляющих клинических данных пока нет. 😏

А культиваторы для клеток, клеточные культуры, среды, системы очистки белков и анализа их структуры обыватели купят в "Пятёрочке'"? 😏

ИИ-стартап создаст конвейер для новых лекарств?

Весьма амбициозную задачу поставила американская компания Profluent — они разрабатывают ИИ-модель для генерации новых белков с нуля. Даже если белка не существует в природе, система составит его ДНК по заданным свойствам.

А самое интересное в том, что требуемые свойства можно задавать просто текстовым описанием на английском или другом языке.

Технически генератор белков ProGen3 — примерно такой же трансформер, как языковые модели вроде GPT. Для его обучения собран датасет из 115 млрд уникальных формул белков — самая большая база белков в мире.

Предполагается, что ProGen3 сможет как создавать белки с нуля, так и предлагать более эффективные версии молекул уже существующих белков. То есть, можно будет "прокачать" различные лекарства или вакцины.

Основатель стартапа Эли Мадани считает, что в случае успеха модель станет "конвейером лекарств-блокбастеров". Пожалуй, вполне точная метафора — мир действительно может получить инструмент, с помощью которого можно легко "штамповать" новые лекарства.

Только как бы эта простота не обернулась во вред. Если нейросеть будет в открытом доступе, обыватели без медицинского образования смогут создавать сомнительные соединения. Надеюсь, создатели учтут этот момент.

Перспектива лечения ВИЧ?

В канал обратились сотрудники Фонда генетических инноваций с рассказом о прорывном исследовании методов лечения ВИЧ, которое поддержал фонд. Об этом уже написал Зоопарк, и пишут другие СМИ.

Я очень редко публикую такие новости, но значимость работы такова что она, на мой взгляд, заслуживает внимания читателей. Далее привожу ответы фонда на мои вопросы.

— Для начала расскажите о проекте, который поддержан фондом.

— Российский стартап AGCT, основанный учёными ПСПбГМУ им. Павлова, получил финансирование Фонда генетических инноваций для разработки генно-клеточной терапии, способной излечить ВИЧ. Фонд выделяет более 100 млн рублей на производство, регистрацию и терапию первых пациентов.

Идея основана на генном редактировании собственных стволовых клеток пациента с помощью нуклеаз TALEN, чтобы сделать их невосприимчивыми к ВИЧ. После трансплантации такие клетки формируют новую иммунную систему, устойчивую к вирусу. По сути, воспроизводится так называемый Эффект берлинского пациента — излечение ВИЧ после трансплантации костного мозга от доноров с мутацией CCR5∆32.

Российская технология не использует донорские клетки, а модифицирует собственные клетки пациента, что делает лечение более доступным и масштабируемым, поскольку исключает самую страшную иммунную реакцию "трансплантат против хозяина".

— Почему эта идея не была реализована раньше?

Вкратце, причин несколько:

- нужны специалисты как по трансплантологии, так и по генетическому редактированию;
- прежние попытки редактирования стволовых клеток давали малый выход отредактированных клеток;
- клинические испытания очень дорогие и долгие, сильная конкуренция с антиретровирусной терапией.

Сама идея нокаута одного гена для того, чтобы сделать иммунитет невосприимчивым к ВИЧ, лежит на поверхности. Но если идти стандартным путем — это крайне дорого и долго. Очень важно, с какой эффективностью вы редактируете гемопоэтические стволовые клетки: как правило, она очень низкая. Однако стартапу удалось выкупить у немцев права на патент на очень точный редактор, дающий выход > 85% клеток.

На данный момент команда собрана, испытания пойдут по упрощенному методу госпитального исключения. Доклинические исследования подтвердили высокую эффективность и безопасность терапии.

Это уникальная история для России именно из-за того, что все компоненты для успеха у нас в стране есть. Реальная инновационная технология, хорошо защищенная международными патентами и ноу-хау (в генной терапии это очень важно). Команда, которая одновременно находится на переднем крае науки и состоит из практикующих врачей. Клиническая база — клиника им. Горбачевой с большим потоком пациентов.

— Каковы основные риски проекта?

Назову три момента:

1) Регуляторные барьеры. В РФ нет чётких норм для госпитального исключения, требуется лицензия Минздрава и сертификация.
2) Во всех инновационных решениях есть вероятность провала. Никто не знает, как поведёт себя реальный организм.
3) Высокая стоимость процедуры.

Если говорить о научной стороне, самый большой минус проекта в том, что мы целимся на данном этапе на узкий круг пациентов с диагнозами ВИЧ + лимфома. Для них мы пойдем по госпитальному исключению, это наша стратегия. Подтвердив на этой когорте работоспособность технологии, мы сможем намного проще привлекать финансирование на полноценные клинические испытания для более широких категорий пациентов с ВИЧ.

Но, в конце концов, на нашей стороне острота проблемы в России и в мире: пациенты не имеют опций лечения, многие умирают в расцвете сил. Если всё получится, это будет один из самых значимых прорывов в лечении ВИЧ.

Комм. РR: да, вот это стартап здорового человека.

#обозревая_происходящее #зоопарк_одобряет

Кто следит за новостями, связанными с поиском лечения от ВИЧ/СПИД, тот по-любому в курсе про "берлинского пациента", которого-таки удалось избавить от болезни по-настоящему (мы, кстати, про это тоже писали). Сделали это путем пересадки гемопоэтических стволовых клеток костного мозга от человека с мутацией [CCR5] -Δ32.

К чему мы это? К тому, что в Питере есть стартап AGCT, который уже не первый год работает над технологией редактирования собственных стволовых клеток человека, чтоб сделать его невосприимчивым к ВИЧ без таких сложностей, как это было у немцев.

Основали его ученые из питерского Первого меда при участии Русбиовенчурс (они и финансировали проект на первых этапах) и Р-Фарм - так вот, буквально сегодня в игру вошел Фонд генетических инноваций (про него мы тут тоже как-то писали), который купил долю в стартапе за более чем 100 млн рублей. По меркам западной бигфармы 1,5 млн долларов - это, конечно, немного, но, тем не менее, звучит хорошо, особенно в России конца 2025 года и особенно учитывая, что речь идет о частном фонде.

Еще один шаг.

📢 В прямом эфире Сергей Собянин рассказал о двух новых кластерах, которые будут построены в ближайшие два года

На территории инновационной научно-технологической долины МГУ «Воробьёвы горы» город создаст два новых кластера общей площадью 120 тыс. м². Инфраструктура будет рассчитана на размещение лабораторий, R&D-центров, опытных производств и пространств для пилотного тестирования высокотехнологичных решений.

💡Сегодня продолжается набор потенциальных резидентов на площадки ИНТЦ.

Такие инициативы позволят высокотехнологичному бизнесу расти и создавать новые инновационные решения.

📌 Подать заявку можно по ссылке.

Актуальные новости от Правительства Москвы читайте в канале Сергея Собянина в MAX

FDA выдала ускоренное одобрение препарату Voyxact от Otsuka - это первый представитель нового класса средств против IgA-нефропатии. Рынок огромный, оценка до 6-10 млрд долларов в США.

IgA-нефропатия - аутоиммунное поражение почек из-за неправильных IgA-антител. Они вызывают воспаление и приводят к утечке белка и крови через почки, постепенно разрушая их. Существующие препараты не всегда тормозят ухудшение функции.

Voyxact - антитело, блокирующее белок APRIL. Он отвечает за образование "неправильных" IgA, поэтому подавление APRIL бьёт по корню процесса. APRIL сейчас один из самых горячих таргетов в нефрологии; его уже разрабатывают Vera, Novartis, Biogen, Vertex.

Препарат вводится раз в четыре недели, можно колоть дома - это удобнее, чем ежедневные таблетки. Для рынка это тоже плюс: домашний инъекционный формат выделяет Voyxact среди конкурентов.

Фаза 3 показала значительное снижение уровня белка в моче - важный предиктор будущей почечной недостаточности. Побочки в основном лёгкие: инфекции, локальные реакции. Всё это позволило FDA выдать ускоренное одобрение.

Но Оцуке нужно подтвердить реальное замедление падения eGFR. Данные ожидаются в 2026 году.

В США около 130 тысяч пациентов с IgAN. Заболевание начинается в молодом возрасте, но последствия накапливаются десятилетиями - особенно опасно, когда с возрастом естественная резервная функция почек падает. Поэтому раннее вмешательство критично.

Биотехи активно идут в IgAN. Появление APRIL-нацеленных препаратов означает переход к точечным, механизмным терапиям.

Искусственный интеллект обнаружил потенциальный препарат для продления жизни. Система, созданная командой Вадима Гладышева, анализировала более двух миллионов образцов человека и мышей, используя 40 разных биологических часов. Она автоматически генерировала гипотезы, сверяла их с исходными данными и литературой, выявляя вмешательства, влияющие на биологический возраст.

ИИ переработал гигантский массив из Gene Expression Omnibus, который раньше почти не использовали для геронтологии, и нашёл 5756 вмешательств, способных изменять скорость старения. Он подтвердил известные эффекты рапамицина и метформина, выделил оуабаин как сильный сенолитик, снижающий биологический возраст, а также указал на пользу фенофибрата и Serpina3n. При этом почти две трети найденных препаратов оказались ускоряющими старение. Большинство выводов совпало с базами GeneAge и DrugAge, а расхождения объяснялись особенностями генетических вмешательств.

Система также выявила влияние факторов среды: механическая нагрузка и сенолитики уменьшали биологический возраст, а гипоксия, ишемия-реперфузия, инфекции и яркий свет в эмбриональном периоде - увеличивали. Несмотря на отдельные ошибки в интерпретации данных, модель показала высокий уровень согласованности и открыла множество потенциально полезных направлений.

Чтобы проверить корректность прогнозов, исследователи протестировали оуабаин на 20-месячных мышах. Через три месяца лечения мыши выглядели заметно здоровее: улучшились показатели хрупкости, когнитивные функции, сердечная работа и состояние шерсти. Это подтвердило предсказание ИИ. Авторы подчёркивают, что результаты предварительные, но ИИ уже стал мощным инструментом, способным находить подсказки, которые трудно обнаружить вручную

#искусственный_интеллект

Мужчина неожиданно излечился от ВИЧ после трансплантации стволовых клеток

Несколько человек с ВИЧ излечились после пересадки ВИЧ-резистентных стволовых клеток, но мужчина, которому пересадили нерезистентные стволовые клетки, также теперь свободен от вируса. Публикация об этом появилась в журнале Nature. Вылечившийся нерезистентными к ВИЧ стволовыми клетками пациент стал седьмым человеком, избавившимся от вируса после трансплантации стволовых клеток для лечения рака крови. Примечательно, что он также стал вторым из семи, кому пересадили стволовые клетки, не обладающие резистентностью к вирусу, что подтверждает тот факт, что ВИЧ-резистентные клетки могут не быть необходимыми для излечения от ВИЧ. Пять человек ранее излечились от ВИЧ после пересадки стволовых клеток от доноров, имеющих мутацию в обеих копиях гена, кодирующего белок CCR5, который ВИЧ использует для заражения иммунных клеток. Это привело ученых к выводу, что наличие двух копий мутации, которая полностью удаляет CCR5 из иммунных клеток, имеет решающее значение для излечения от ВИЧ. Но в прошлом году шестой пациент, известный как «женевский пациент», был объявлен свободным от вируса более двух лет после пересадки стволовых клеток без мутации CCR5.

В последнем случае, аналогичном исцелению женевского пациента, речь идет о мужчине, которому в октябре 2015 года пересадили стволовые клетки для лечения лейкемии — вида рака крови, при котором иммунные клетки размножаются бесконтрольно. У 51-летнего на тот момент пациента был ВИЧ. Во время лечения ему проводили химиотерапию, чтобы уничтожить подавляющее большинство иммунных клеток и освободить место для донорских стволовых клеток, способных сформировать здоровую иммунную систему. В идеале мужчине должны были быть пересажены ВИЧ-резистентные стволовые клетки, но их не было, поэтому врачи использовали клетки, несущие одну типичную и одну мутировавшую копию гена CCR5. В то время мужчина принимал стандартную терапию ВИЧ, называемую антиретровирусной терапией (АРТ), но примерно через три года после трансплантации он решил прекратить прием АРТ. Вскоре после этого иммунологи, проводившие трансплантацию, не обнаружили в образцах крови мужчины никаких признаков ВИЧ. С тех пор он оставался свободным от вируса в течение семи лет и трех месяцев, что достаточно, чтобы считать его «излеченным». Однако важно отметить, что людям с ВИЧ, не имеющим рака, трансплантация стволовых клеток не принесет пользы, поскольку это очень рискованная процедура, которая может привести к развитию опасных для жизни инфекций, предупреждает ведущий автор публикации и руководитель исследования Кристиан Гэблер (Christian Gaebler) из Свободного университета Берлина (Free University of Berlin).
https://www.newscientist.com/article/2506595-man-unexpectedly-cured-of-hiv-after-stem-cell-transplant/

Вакцина от старения SenoVax. Что это и станем ли мы все вечно молодыми?

ImmortaBio выпустила пресс-релиз в тандеме с научной публикацией. Их вакцина - это натренированные против молекул старости дендритные клетки, но разрабатывают их не только как сенолитическую вакцину (против старения), но и как противоопухолевую терапию. Разбираемся.

1️⃣ Берем фибробласты (клетки соединительной ткани, есть везде)

2️⃣ Состариваем их, обрабатывая доксирубицином (это химиотерапия, которая нарушает деление клеток на уровне ДНК и ускоряет старение клеток и их апоптоз, и, к сожалению, не только опухолевых).

3️⃣ Растворяем старые фибробласты, получаем лизат - набор молекул, характерных для старых клеток. Тут защищено патентом, детали не знаем.
4️⃣ Пунктируем костный мозг пациента и из клеток-предшественников выращиваем дендритные клетки - это ветвистые, словно с длинными дредами клетки иммунной системы, которые нацеливают наши лимфоциты на мишени
4️⃣ Обрабатываем дендритные клетки лизатом старых фибробластов, таким образом натаскивая их на "молекулы старости" (хотя на деле они есть везде, просто обычно их меньше).

В статье сказали "пульсируем", что означает воздействие лизатом в течении 24 часов в объеме 1:10

5️⃣ Вводим эти готовые дендритные клетки в тело, чтобы они тренировали лимфоциты.

Они попробовали разные способы: за 7 дней до имплантации опухоли, или через неделю после появления, а также подкожно и внутривенно.

При чем тут опухоли?
Дело в том, что характерный профиль сенесцентных (старых) клеток очень похож на профиль клеток опухолей. В итоге, сенолитики должны нарушать работу не только старых клеток, но и рака.

То есть компания разрабатывала как бы противоопухолевый и сенолитический препарат одновременно, это позволяет прикрыть риски, поскольку таргетная (узко направленная) сенолитическая терапия показывает себя не очень эффективно, и рак актуальне.

Эксперимент провели на карциноме легких, определенных вариантах глиомы, рака поджелудочной железы и рака молочной железы. Но лечили рак не только лишь этой вакциной.

Эффективность была обусловлена синергичным (совместным) эффектом вместе с иммунотерапией (анти-PD-L1 и анти-CTLA4). Именно эта комбинация заслужила особое внимание, а не сама по себе "вакцина от старения", поскольку иммунотерапия пусть и очень прогрессивный путь лечения рака, но не универсальный, имеет ограничения и осложнения, и, возможно, комбинация с такой клеточной сенолитической вакциной повысит результативность лечения рака

Компания уже подала заявку в FDA США на начало клинических испытаний на людях для лечения поздних стадий рака легких.

Однако мы ещё не знаем, получат ли они разрешение, и если получат, то какова будет результативность первой фазы - безопасность и переносимость.

Затем последуют (если последуют) другие фазы, уже направленные на определение её клинической эффективности.

Тут я рассказывал про 🇯🇵 пептидную вакцину против белка GPNMB+, который тоже характерен для старых и опухолевых клеток. Однако антительная терапия против этого белка (от другой компании) на клинических испытаниях 2-3 фазы против рака оказалась не эффективной. И хотя в опытах на мышах вакцина показывала хорошие результаты, в том числе омолаживающие, сейчас про эту вакцину ничего не слышно.

У такого лечения безусловно должны быть побочные эффекты, как и у любой клеточной терапии, нацеленной на собственные молекулы тела. Однако сегодня очень много исследований об эффективности воздействия на сенолитические клетки, в том числе воздействие на GPNMB+ приводит к уменьшению атеросклероза, нейродегенерации, метаболического синдрома, онкологии...

Поглядим, к чему приведет эта разработка.

#биотехнологии #старение #вакцины #longevity #рак

Одно из главных открытий современной микробиологии 🤓

...кстати, с интереснейшими терапевтическими перспективами!

Но обо всём по порядку - для начала, о сути работы:
🔹 учёные открыли целый "скрытый микромир" - ДНК-вирусы, заражающие одноклеточных эукариот; так называемые мирусвирусы оказались повсеместно распространены во всяких водных и грунтовых экосистемах,
🔹 первая "фишка" этих вирусов - очень (т.е. прямо оооочень) большие геномы но и почти полное отсутствие собственных генов репликации и транскрипции, включая ДНК-полимеразу; потому они вынуждены размножаться в ядре хозяина, целиком опираясь на его ферменты,
🔹 второй важнейший инсайт - у мирусвирусов открыт новый тип мобильных генетических элементов; ок, мобильность у них ограничена геномом самого вируса и названы они "spliceosomal homing introns" (shintrons); но главное, что на самом деле это не-совсем-интроны - таковыми, принято называть не-кодирующие участки генома - а внутри этих элементов сидит ген белка-эндонуклеазы, молекулярного "резака", что позволяет shintron'ам копировать самих себя в новые регионы ДНК вируса.
...обсуждаемая публикация доступна в Nature Microbiology ⬅️

Среди авторов - Евгений Кунин, великий и ужасный, вероятно самый цитируемый в мире русскоязычный учёный, выдающийся специалист по эволюционной биологии. Всем, кому интересна современная Наука, я настоятельно рекомендую послушать его разнообразные интервью - соотв. ссылки я публиковал в Канале ➡️ там и сям ⬅️

Теперь о том, почему мирусвирусы видятся потенциальными кандидатами на создание новых классов биомедицинских векторов = доставщиков генетического материала с терапевтическими свойствами:
🔸 у них очень большая "грузоподъёмность" генома, в десятки раз больше чем у аденовирусов, столь популярных в передовых терапиях - но и в небольшой размер генома которых "упёрлась" биомедицина,
🔸 к этому добавляется сплайсируемая - а значит, в перспективе регулируемая - сборка генов, заключённых в мирусвирусы,
🔸 а напоследок - если получится - и вовсе пере-нацеливание вирусных эндонуклеаз на геном хозяина, что позволяет "запрограммировать" конкретику модификаций ДНК человеческих клеток.
...по аналогии: CRISPR (про который не слышал теперь только самый ленивый) был открыт в прокариотах - и лишь после нескольких лет исследований, проб и ошибок превратился в инструмент (ныне главный!) модификации генома людей; так что я верю, что мирусвирусы способны превратиться в эффективные терапевтические кассеты; это сугубое ИМХО - если ошибусь, прошу никого не винить в смерти соотв. гипотезы 😎

Уиии! Тут самые пугающие хорошие новости, которые мы слышали за год!

Пока вы тут сидите, там уже выпустили первые вирусы, сконструированные нейросетями.

Вот работа про то, как учёные первый раз смогли собрать жизнеспособные вирусы с заданной архитектурой. Использовали не ChatGPT, конечно, а две специализированные модели, но напоминаем, что генетика, музыка и изображения — это тоже языки, и там прорывы пошли вместе с развитием языковых моделей, по сути, адаптацией LLM.

302 собранных вируса дали 16 жизнеспособных (насколько вообще это слово уместно для вируса) вариантов, из них 2 вируса — эффективнее природных аналогов в решении поставленной задачи. Решение поставленной задачи — это оставить человека без микрофлоры желудка (на самом деле убивать E. Coli, резистентные к бактериофагам). За основу взяли архитектуру ΦХ174 с одноцепочечной ДНК размером 5 килобаз. Один из его научных детей, Evo-Φ2147, настолько далёк от исходника, что это теперь новый биологический вид на нашей планете.

Пока это организмы объёмом 1,2+ килобайта (5-5,4 килобаз), но всё равно очень круто. Если что, в геноме важно не только как записан код, но и взаимное геометрическое расположение участков, регуляторные блоки между ними и т.п.

До этого глубины проектирования хватало на маленькие системы вроде белка, но не на целый рабочий вирус.

Никто не мог спроектировать целый работающий геном.

То есть тут взяли святой Грааль синтетической биологии.

Что сделали:
— Взяли модель, наученную на геномах
— Зафайнтюнили 15 тысячами геномов вирусов Microviridae, но исключили из обучающих данных все вирусы, которые заражают эукариот (животных, растения, людей). Потому что страшно же!
— Дали промпт в виде первых букв генома родительского ΦX174
— В ответ модель генерировала тысячи полных геномов длиной около 5400 токенов, которые были похожи на ΦX174.
— Отсеивали геномы неправильной длины, с аномальным составом ДНК и т.д.
— Пропускали только те геномы, у которых целевой белок заражения E. Coli был похож на оригинал минимум на 60%.
— Отбирали геномы, которые были достаточно далеки от уже известных природных вирусов, чтобы это было действительно что-то новое.

302 самых удачных дизайна ушли в синтез. В смысле, их прям собрали в пробирке. Ввели эту синтетическую ДНК в живые бактерии E. coli. Если геном был рабочим, он захватывал клетку, заставлял её производить новые вирусные частицы, после чего клетка погибала. Ученые могли это увидеть по тому, как культура бактерий переставала расти.

2 оказались лучше оригинала. 1 оказался принципиально новым дизайном. Например, в одном из участков модель заменила ключевой белок "J" (отвечает за упаковку ДНК в капсид) на белок от очень далекого вируса-родственника (G4). Раньше считалось, что такая замена невозможна и делает вирус нежизнеспособным. Но тут код вкрячили, и получилось.

Затем учёные вывели три штамма E. coli, устойчивых к природному фагу ΦX174. А новые синтетические вирусы пришли и поубивали и этих.

Так что добро пожаловать в начало новой эпохи. Теперь можно учиться вайб-кодить организмы. И у нас наконец-то появляется замена антибиотикам в войне против супербактерий. Возможно, ещё и ядерному оружию в деле уничтожения цивилизации, но это как пойдёт.

--
Вступайте в ряды Фурье!
— А как думаешь, в этом лесу есть что-нибудь съедобное?
— Да, мы.

#обозревая_происходящее

Помните, мы писали про яндексовский проект "Школа анализа данных"? В общем, новый поток благополучно стартовал - это трек для ученых, на котором начали обучать внедрению нейросетей в проекты, совершенно бесплатный (при условии успешной сдачи вступительных экзаменов, конечно).

Идея простая: ученые тащат свои реальные (не учебные) научные рабочие кейсы, где нужен ИИ - им показывают, как использовать ИИ для своих задач. Зачем - тоже понятно: ИИ в науке уже применяется массово и практически везде, трудно даже сказать, где больше всего (физика? Молбиол?), поэтому уметь работать с этим инструментом на продвинутом уровне - это очень хорошая прокачка.

Короче, народу пришло довольно много, причем с очень хорошим географическим охватом (аж 37 регионов). Лидируют среди участников физики - больше четверти потока, а вообще учится там 50 человек.

В общем, нам такие проекты определенно нравятся. Экспертиза ШАД (а там работают очень крутые ребята) - это очень весомый плюс.

Вакцина от старения

Immorta Bio опубликовала международную заявку на патент для SenoVax - новой сенолитической вакцины, предназначенной для уничтожения стареющих клеток. Это первая попытка сделать именно "вакцину против клеточного старения".

Обычные сенолитики - это химические препараты, которые заставляют старые клетки погибать. SenoVax работает иначе: обучает иммунную систему распознавать и убирать такие клетки самостоятельно. Такая стратегия потенциально безопаснее и может давать долгий эффект.

Сенесцентные клетки - один из ключевых факторов старения: они вызывают хроническое воспаление, ухудшают работу органов и создают среду, облегчающую рост рака. Поэтому их устранение одновременно бьёт по двум мишеням - старению и онкологии.

По данным компании, в опытах на животных SenoVax снижала рост опухолей лёгких, молочной железы, мозга, кожи и поджелудочной. Важно, что препарат не атакует опухоль напрямую, а устраняет поддерживающие её стареющие клетки.

В доклинических исследованиях Immorta Bio также сообщила о значительных улучшениях продолжительности и качества жизни - более чем в 2 раза, но это пока только животные модели.

Компания планирует комбинировать SenoVax со своей клеточной терапией StemCellRevivify - молодыми прогениторными и мезенхимальными клетками, которые восстанавливают способность тканей к регенерации. В их концепции старение вызвано двумя общими механизмами: накоплением повреждений (сенесценция) и потерей регенерации.

Первые клинические испытания должны начаться по IND-заявке в FDA, с фокусом на тяжёлый рак лёгких. Если безопасность и эффективность подтвердятся, Immorta Bio хочет постепенно расширять показания - от онкологии к возрастным заболеваниям и в итоге к лечению самого процесса старения.

Публикация патента укрепляет позицию компании на рынке и повышает доверие инвесторов. Однако направление новое, и успех будет зависеть от безопасности, стабильности эффекта и возможности массового производства "вакциноподобного" биопрепарата.

Если подход подтвердится, это может стать поворотным моментом для всей области сенолитиков - переход от краткосрочных малых молекул к долговременному иммунному перепрограммированию

https://www.immortabio.com/senovax

В первые за год выбрался из Москвы.