🧬Достижения российской фармакогенетики

В журнале Frontiers in Genetics опубликована новая российская работа «Development of a PCR-based technique for genotyping UGT1A1 gene and distribution of rs3064744 alleles in the Russian population», коллектива авторов под руководством М.А. Винокурова и В.Г. Акимкина из НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора.

Работа посвящена одному из наиболее известных фармакогенетических маркеров синдрома Жильбера - UGT1A1 rs3064744, в частности аллелю UGT1A1*28.

UGT1A1 участвует в метаболизме билирубина и ряда лекарственных препаратов. Для онколога этот ген прежде всего связан с иринотеканом. Снижение активности UGT1A1 может увеличивать риск тяжёлой токсичности лечения, включая выраженную нейтропению. Поэтому UGT1A1 остаётся одним из наиболее практически значимых примеров того, как генетическая информация пациента потенциально может использоваться при выборе дозы противоопухолевого препарата.

Исследователи разработали новый подход к его определению, объединив асимметричную ПЦР, анализ кривых плавления, LNA-модифицированные зонды и алгоритмы глубокого обучения.

Проблема заключается в том, что варианты UGT1A1 отличаются количеством повторов TA в промоторной области. Особенно сложно лабораторно различать близкие варианты 7TA и 8TA: их температурные характеристики частично перекрываются, а результаты могут немного изменяться в зависимости от используемого амплификатора. Обычного порогового значения температуры плавления для надёжной классификации оказалось недостаточно.

Поэтому интерпретировать стали не одну цифру, а форму всей кривой плавления.

Для этого была разработана одномерная свёрточная нейронная сеть. Алгоритм обучался на 1620 модельных образцах, а затем был независимо проверен на 440 клинических образцах ДНК российских пациентов.

❗️Результат - 440 из 440 генотипов совпали с результатами референсного пиросеквенирования.

Исследование не ограничилось московской выборкой.

Авторы проанализировали 997 образцов из четырёх региональных когорт России:
➡️Москва и Московская область - 371 человек,
➡️Республика Саха (Якутия) - 310,
➡️Республика Дагестан - 202,
➡️Ростовская область - 114.

В Дагестане, Якутии и Ростовской области распределение основных вариантов UGT1A1 оказалось близким к европейской популяции: частота обычного аллеля 6TA составляла около 71% при европейском ориентире около 70%.

✍🏻Среди московских пациентов частота клинически значимого варианта 7TA достигала 36,9%, что было выше европейского показателя. Авторы осторожно предполагают, что это может быть связано с выраженной популяционной смешанностью Москвы и внутренней миграцией, однако подчёркивают необходимость подтверждения этих данных в проспективных исследованиях с известным этническим происхождением участников.

📍Были обнаружены и редкие варианты. В Якутии встречался генотип 5TA/6TA, а в Москве были выявлены как 5TA/6TA, так и сложный вариант 7TA/8TA.

Особенно важно расширять географию подобных проектов. Россия генетически неоднородна, и рекомендации, основанные только на западноевропейских или североамериканских популяциях, не всегда автоматически отражают реальную частоту фармакогенетических вариантов у российских пациентов. Поэтому сбор собственных данных из Москвы, Дагестана, Якутии, Ростовской области и в дальнейшем других регионов - это не формальность. Это основа для создания действительно российских фармакогенетических рекомендаций.

Поздравляем коллектив авторов и благодарим за важный вклад в развитие отечественной фармакогенетики!

https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2026.1899437/full