Комиссия по расследованию 11 сентября подтвердила, что бен Ладен и другие ключевые члены «Аль-Каиды» были мотивированы как поведением Израиля по отношению к палестинцам, так и поддержкой Израиля со стороны США. В фоновом исследовании, проведенном сотрудниками комиссии, отмечается, что бен Ладен пытался ускорить дату атаки осенью 2000 года после провокационного визита лидера израильской оппозиционной партии Ариэля Шарона (в сопровождении сотен израильских полицейских по борьбе с беспорядками) на Храмовую гору в Иерусалиме, где находится мечеть Аль-Акса, одно из трех самых святых мест в исламе. Согласно заявлению сотрудников, «хотя бен Ладен признал, что [Мохамед] Атта и другие пилоты только что прибыли в Соединенные Штаты, чтобы начать летную подготовку, лидер «Аль-Каиды» хотел наказать Соединенные Штаты за поддержку Израиля». В следующем году, «когда бен Ладен узнал из СМИ, что Шарон посетит Белый дом в июне или июле 2001 года, он снова попытался ускорить операцию». Помимо информирования о времени атак 11 сентября, гнев бен Ладена на Соединенные Штаты за поддержку Израиля имел последствия для его предпочтительного выбора целей. На первой встрече Атты, руководителя миссии, и бен Ладена в конце 1999 года первоначальные планы предусматривали удар по Капитолию США, поскольку он был «воспринимаемым источником политики США в поддержку Израиля». Короче говоря, бен Ладен и его заместители ясно видят вопрос Палестины как центральный в своей повестке дня.

Комиссия по 9/11 также отмечает, что Халид Шейх Мохаммед, которого она назвала «главным архитектором атак 9/11», был в первую очередь мотивирован палестинской проблемой. По словам комиссии, «по его собственному признанию, враждебность ХШМ к Соединенным Штатам проистекала не из его студенческого опыта, а скорее из его яростного несогласия с внешней политикой США, благоприятствующей Израилю». Трудно представить себе более убедительное доказательство той роли, которую поддержка Израиля со стороны США сыграла в вдохновении атак 9/11.

Даже если сам бен Ладен не был лично вовлечен в палестинскую проблему, она все равно дает ему эффективный инструмент вербовки. Арабский и исламский гнев заметно вырос после окончания холодной войны, и особенно после начала Второй интифады в 2000 году, отчасти потому, что уровень насилия, направленного против палестинцев, был как значительно больше, так и более заметным. Первая интифада (1987-92) была гораздо менее жестокой, и на оккупированных территориях в годы Осло (1993-2000) было относительное спокойствие. Развитие Интернета и появление альтернативных СМИ, таких как Al Jazeerah, теперь обеспечивают круглосуточное освещение бойни. Израиль не только причиняет больше насилия своим палестинским подданным, но и арабы и мусульмане по всему миру могут видеть это своими собственными глазами. И они также могут видеть, что это делается с использованием американского оружия и с молчаливого согласия США. Такая ситуация дает мощный повод для критики Америки, и именно поэтому заместитель лидера «Хезболлы» шейх Наирн Касем заявил ливанской толпе в декабре 2006 года: «Для Америки больше нет политического места в Ливане. Разве вы не помните, что оружие, выпущенное по Ливану, было американским оружием?