В том, что Сергей Шойгу массово увольняет сотрудников аппарата Совбеза, расчищая места под своих ставленников, ничего удивительного нет. Так делает любой гиперамбициозный [в плохом смысле этого слова] человек после назначения руководителем в место, где он ещё не успел себя проявить. Такие люди чистками показывают свою значимость, самоутверждаются и защищают себя от неожиданностей.

В то же время, говорить о том, что в случаи с Шойгу это последний всплеск активности, преждевременно. Да и вероятность того, что он транзитом через временный пост секретаря Совбеза отправится на лесоповал, если не в колонию для пожизненно осужденных совсем низкая.

Шойгу обладает двумя неоспоримыми качествами, которые делают его неузвимым для системы. Во-первых, он в доску свой, а, во-вторых, он в разы глупее Пригожина или Навального. Таких как Шойгу система держит при себе и когда такие как он заигрываются - их отправляют в условный  заповедник.

Путин любит создавать структуры, дублирующие официальные. Такие мини-штабы. И это правильно. Параллельный кабинет всегда должен быть под рукой. На всякий случай. Так вот. Формально Совбез переходит под Шойгу, реальный же Совбез переедет вместе с Патрушевым в АП. Потому плевать какие там чистки будет проводить Сергей Кужугетович в Совбезе - он перешёл в категорию Дмитрия Анатольевича - радио, которое с утра до ночи шумит на стене, но на следующий день уже никто не вспомнит, о чем.