TGViewer
Channel Public Channel
Kardymonchik Channel

Kardymonchik Channel

@kardymonchik

Про то, что мне интересно в биологии, медицине, и применении AI в разрезе реальных задач.

Ольга Кардымон -биолог, биоинформатик.

@Olga_Kardymon
Subscribers
906
Photos
85
Videos
10
Links
107
Recent Posts 19 shown
Post #232 364
Медицинская генетика - это почти всегда про что-то неизлечимое, страшное.
Но сегодня я плакала от радости .

Был срочный кейс на интерпретацию: ребенок, 5 месяцев. Что-то метаболическое , тяжелое. Но что - непонятно.

Дальше смотрим экзом (это все гены, которые кодируют белки в нашем организме). Работа интерпретатора- это роль душнилы: разложи все по баллам рекомендаций, прочти все статьи, где упоминается найденный генетический вариант, докопайся а правильно ли он описан и все ли там у пациента в семье проверено, помимо самого пациента. Сложи из этого баллами картинку еще под один критерий и радуйся своему вердикту, суммируя с остальными биологическими и попуояционными. Не забудь не применять то, что сама публиковала как нужное применять в 2018 году и скептически посмотреть на все остальное, а не дублируешь ли ты аргументы под разными критериями. А еще поплеваться в душе, что врачи - не биологи и могли бы быть лучше всех моих завышенных идеалов и требований как к ним, так и к себе, но это уже так, безобидным фоном. Я, конечно, из тех счастливчиков, которые не брезгают черным экраном и запускают всех агентов и дообученные модели, создаю свои, тут же пробую все новое хайповое. Мне сильно легче, чем обычным variant scientists, с образованием врача или только биолога. И тем не менее, каждый пациент - это серьезное, персональное, мое личное мозговыковыривание, чтобы точно ничего не пропустить. И в итоге: только приблизительно в 30-40% удается найти причины заболевания, и в приблизительно 99% терапии нет.

Сегодня мальчику 5 месяцев нашли причину в гене, который в целом еще недостаточно имеет доказательств по связи с болезнью. Описан случай в 2019 году и в 2026. И в статье 2026 сказано, что лечится, по факту, диетой. Наш случай третий из мне теперь известных. Почему расплакалась? Потому что это реально лучший happy end в медико-генетической диагностике. Здоровья мальчику и всем детям на этой планете и вне ее .
  • ❤ 43
  • 👍 5
  • 👏 4
Post #231 583

Forwarded from Биомолекула

Предсказание пространственной структуры белка — задача, сформулированная еще Кристианом Анфинсеном, — на протяжении десятилетий решалась лишь косвенно. Ситуация радикально изменилась с появлением AlphaFold 1/2. Его успех был настолько значительным, что уже ознаменовался Нобелевской премией (в 2024 г.) и породил ощущение, что проблема в целом «закрыта».

Однако история этим не закончилась: современная версия — AlphaFold 3 — объединяет эволюционный подход, унаследованный от предыдущих поколений, и диффузионные модели, пришедшие из генерации изображений. Такое сочетание позволяет выйти за пределы белковых структур и предсказывать целые «молекулярные сцены» с участием малых молекул или нуклеиновых кислот. Станет ли AlphaFold3 панацеей — или структуры белок-лигандных комплексов требуют новых подходов?
Георгий Куракин, постоянный автор «Биомолекулы», пытается разобраться в этом вопросе с помощью Алексея Орлова, руководителя Лаборатории вычислительной биомедицины и молекулярной диагностики Центрального университета.

Читайте на нашем сайте.

Автор: Георгий Куракин

#Биомолекула_спецпроект
  • ❤ 11
  • 👍 2
  • 😐 1
  • 💊 1
Post #230 577
Вообще, мне очень нравится, как Георгий Куракин профессионально подходит к изучению вопроса перед написанием текста. Вот и опять отлично получилось. Рекомендую.
  • 🔥 1
Post #227 1.26K

Forwarded from Вениамин Фишман

Несколько месяцев назад мы на этом канале разбирали препринт aGenome. А сегодня полноценная статья вышла в Nature!


Для тех, кто не знаком - это модель, которая предсказывает тысячи биохимических и транскрипционных сигналов по последовательности ДНК.

Одновременно вышло интервью от разработчиков:

https://youtu.be/V8lhUqKqzUc?si=0MeT6Wc-nydRT24q

Для меня самые интересные - последние 5 мин, где они обсуждают планы на будущее.

П. С. Из интервью: у топовой команды гугла ушло около 2 лет на разработку этой модели
YouTube AlphaGenome author roundtable Join the Google DeepMind Genomics team for a deep dive into AlphaGenome. In this video, Dhavi (Product Manager) is joined by Ziga (Genomics Lead) and AlphaGenome first authors Natasha, Jun, and Tom to share the story behind AlphaGenome, their unified DNA…
  • ❤ 13
  • 🔥 3
Post #226 2.28K
Друзья, у меня постоянно спрашивают не знаю я того или иного профиля специалиста, подходящего под конкретные проекты в разных странах. Плюс в Quantori тоже регулярно появляются позиции под проекты.

Если вы ищете работу биоинформатиком/датасайнтистом/датаинженером для работы с биологическими/лабораторными данными - присылайте ваши CV на bioinfo.srb@gmail.com .

Ну а сегодня на проект в крупную известную западную фармкомпанию ищут джуна-мидла, для автоматизации экспериментов через лабсистему и курирование/создание БД инвитро/инвиво экспериментов.

Пора это все структурировать и помогать хорошим людям друг друга находить.
  • ❤ 25
  • 🐳 3
  • 🔥 1
  • 🤔 1
Post #225 1.37K
Когда я была «маленькая», жила в ДАСе, и ходила на перекур в «целовальники» с другими студентами. И периодически там фантазировали о том, что можно сделать, накапливая современные биологические знания. Это всегда было очень увлекательно.

Коллеги из Бластим придумали очень новогоднюю активность, даже с призовым фондом. Курить не нужно - это вредно, а вот оформить свои фантазии в мечты вполне себе полезно и увлекательно. Даже если они оторваны от жизни пока, это упражнение поможет понять насколько далеко вы от реальности и как ее приблизить. Коллеги, конечно, попросили поделиться информацией, но я правда считаю, что участие может быть полезным и занимательным.

Link
Telegram Бластим: курсы и работа в биотехе 💫 Великие открытия начинались с полета фантазии. Разве нет? Когда-то вакцинация от оспы или прыгающие гены считались бредом сумасшедшего. А сегодня эти идеи прямо или косвенно влияют на жизни миллионов людей. Биология всегда жила мечтами, которые потом меняли…
  • ❤ 5
  • 🙏 4
  • 🥰 3
  • 🐳 1
  • 🫡 1
Post #224 2.39K
Дошли руки до AlphaGenome - модель от Google, способная по последовательностям ДНК в 1 млн "букв" делать предсказания среди 11 модальностей, включающих экспрессию генов, элементы сплайсинга, состояние хроматина и карты хроматиновых контактов.

Плюсы:
- очень простой и понятный тьюториал. Для коллег, занимающихся образованием, очень рекоммендую попробовать готовые блокноты.
- для запуска ничего не надо, кроме API ключа (нет никакой проблемы получить)
- отдельные треки предсказывает очень хорошо

Минусы:

- не все обещанные треки умеет хорошо предсказывать, периодически выдает ерунду
- доступ только через API, вы не можете у себя установить и что-либо еще с ней поделать
- можно запускать небольшими регионами для исследования, целый геном в нее сразу не воткнете
- использование разрешено только в некоммерческих целях и в исследовательских задачах (для медицины нельзя)

Если более 100 страниц статьи читать не хочется, был неплохой семинар под запись, где Алена Аспидова и Вениамин Фишман, в открытой дискуссии с коллегами, разобрали статью. Как по мне, самая интересная часть в конце :)
  • 🔥 12
  • ❤ 2
Post #222 4.12K
James Watson , нобелевский лауреат, открывший с коллегами двойную спираль ДНК, умер 6 ноября в 97 лет.

Очень много разного про него было и сказано, и написано последние 15 лет. В том числе под сомнение был поставлен его вклад в открытие спирали, продажа самой медали, ее возврат обратно (например тут кратко собрали отдельные любопытные этапы). Но это точно была долгая, яркая и интересная жизнь от начала и до конца.

Nature news

RIP
  • 😢 19
  • 🕊 9
  • ❤ 4
  • 🔥 1
  • 🙏 1
Post #221 1.44K
Люблю когда разработанные модели реально используются в работе с клиническими данными. Последни полгода читала заключения по экзомам и геномам из разных клиник и приятно отметила (не удивилась), что DeepVariant в целом достойно занял свое место в биоинформатических пайплайнах (не прошло и 10 лет).

А тут на днях опубликовали DeepSomatic - коллер для опухолевых вариантов под любую платформу (но на длинных ридах лучше работает). Здорово, что тут скажешь. И статья хорошая.

(если кто про DeepVariant не читал, то здесь)
  • 🔥 17
  • 🐳 1
Post #219 1.34K
🧬 Anthropic вчера рассказал, что прикрутил к Claude несколько конекторов для более эффективной работы в Life Sciences добавил агентов для нескольких задач.

Утверждается, что Claude лучше понимает лабораторные протоколы, чем человек (их создавший). Теперь подключается к Benchling, BioRender, PubMed и даже 10x Genomics. Можно буквально написать: «сделай QC по scRNA-seq» — и он сделает. Якобы смоделирует молекулы с заданными свойствами (врут скорее всего, либо что-то очень простое). А вот что полезно и сэкономит тучу времени - это напишет SOP'ы и даже в слайды положит информацию. Кстати, ChatGPT еще ни разу не смог мне сделать ни одного нормального драфта презентаций.

🔗 anthropic.com/news/claude-for-life-sciences
Anthropic Claude for Life Sciences Discover how Claude accelerates life sciences research with new scientific connectors, skills, and improved performance for drug discovery and clinical work.
  • 🔥 9
  • 🗿 4
Post #217 1.1K

Forwarded from Manvel's Channel

Интересная статья, в которой попробовали оценить насколько ИИ влияет на скорость работы программистов [1].

Разработчики предполагали, что ИИ ускорит работу на 20%. На деле же ИИ замедлил их на 19%.

Важно, что это были зрелые, хорошо знакомые программистам проекты с накопившимся неявным знанием.
В статье приводятся ссылки на другие исследования вне таких рамок и там эффект ИИ положительный.


[1] https://arxiv.org/pdf/2507.09089
  • ❤ 6
Post #215 2.63K
Маша Синдеева, которая большая молодец, написала хорошую статью на Хабр про дизайн белков и наш новый инструмент для него. Кажется, что достаточно просто и понятно. https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/
«Почувствуй себя рибосомой» вместе с Машей :)
  • ❤ 20
  • 🔥 11
  • 👏 4
  • 😁 2
  • 🐳 1
Post #214 2.06K
«Крепитесь люди, скоро лето!» и не просто лето, а уже четвертная школа «Лето с AIRI».

Тысячи заявок на участие каждый год, 10 дней погружения в ИИ в формате 24/7, ведущие спикеры из самых популярных областей, работа над своим проектом. И все это в этом году в Томске!

Советую не тормозить и осознанно поработать над заявкой. До 29 апреля еще есть время. Без должной мотивации вряд ли получится пройти отбор. Все подробности в посте Института.
Telegram Институт AIRI ⚡️Открываем прием заявок на Лето с AIRI 2025! В этом году мы запускаем Школу совместно с ТГУ. Программа пройдет в Томске с 30 июня по 10 июля. Это отличная возможность поработать с экспертами в области ИИ, прокачать навыки и погрузиться в исследовательскую…
  • ❤ 16
  • 🐳 1
Post #213 6.06K
23andMe подала на банкротство в США, рассказывает сегодня русский Forbes .

Вот я очень сильно хочу, чтобы инвестиции в генетические компании продолжались и увеличивались. Но сейчас наступает время, когда инвесторы начинают задумываться о пользе и достоверности тестов из группы «развлекательной» генетики и больше оценивают компании, ведущие разработки вакцин, занимающиеся дизайном белков, подбором персонализированной терапии. Отдельно успехом здесь пользуются стартапы, использующие либо геномное редактирование, либо AI, либо и то, и другое. И сколько бы именитые популяризаторы не рекламировали различные компании на букву «Г», образованных по образу и подобию 23andMe, бизнес этот похоже все равно останется убыточным.
«Как отмечает FT*, 23andMe так ни разу и не принесла прибыли, а ее стоимость на бирже, достигавшая $5,8 млрд, упала до менее $50 млн.»

* Financial Times
  • 👍 13
  • 🐳 5
  • 💔 4
Post #212 1.72K

Forwarded from Все о блокчейн/мозге/space/WEB 3.0 в России и мире

Вы заметили с какой скоростью мы живем? Лидерство в ИИ сменяется за месяцы и как следствие - сложность долгосрочного планирования

Скорость как новая константа: почему технологическое лидерство больше не измеряется годами.

Сегодня произошло нечто примечательное: компания, существующая всего год, представила ИИ-модель, превзошедшую разработки организаций с десятилетней историей. xAI не просто догнала, а во многих аспектах превзошла OpenAI и Google. Это событие заставляет нас переосмыслить наше понимание технологического прогресса.

Исторически технологическое превосходство измерялось десятилетиями. Microsoft Windows доминировала на рынке операционных систем более 30 лет. Intel оставалась лидером процессорной индустрии почти четверть века. iPhone определял стандарты мобильной индустрии 15 лет. Это создавало иллюзию стабильности и предсказуемости технологического развития.

Но что-то фундаментально изменилось.

В современном мире ИИ мы наблюдаем, как лидерство может перейти из рук в руки за считанные месяцы. GPT-4, Claude, Gemini, Grok-3 – каждая новая модель не просто улучшает предыдущую, а переопределяет границы возможного.


Китайские компании, начавшие позже других, уже создают модели, конкурирующие с лидерами рынка. DeepSeek, Qwen, Kimi – эти имена еще год назад мало кто знал.

Это не просто ускорение – это новая парадигма развития технологий.

Почему это происходит? Дело не только в количестве инвестиций или вычислительных мощностей. Ключевой фактор – изменение самой природы инноваций. Раньше технологические прорывы требовали накопления опыта и ресурсов. Сегодня благодаря открытому исходному коду, глобальному обмену знаниями и, что иронично, помощи самого ИИ в разработке, новые игроки могут начать с передовых позиций.

Это создает интересный парадокс: чем дольше компания существует на рынке, тем больше у нее багажа "устаревших" подходов и решений. Новые компании, напротив, могут строить свои решения на самых современных принципах, не отвлекаясь на поддержку унаследованных систем.

Мы переходим от модели "создай и доминируй" к модели "постоянно развивайся или умри". В этом новом мире важнее не размер компании или ее история, а способность быстро адаптироваться и внедрять инновации.

Это создает новые вызовы. Как планировать развитие бизнеса в мире, где технологическое преимущество может испариться за месяцы? Как регулировать индустрию, где каждый новый день может принести революционные изменения? Как инвестировать в технологии, которые могут устареть еще до выхода на рынок?

Но в этих вызовах скрываются и новые возможности. Мы видим, как открытость и коллаборация становятся ключевыми факторами успеха. Компании, которые делятся своими наработками с сообществом, часто получают взамен больше, чем теряют. Это создает позитивный цикл инноваций, который только ускоряет прогресс.

Возможно, самое важное изменение происходит в нашем мышлении. Мы учимся воспринимать постоянные изменения не как угрозу, а как новую нормальность. В мире, где технологическое превосходство измеряется месяцами, важнее быть гибким, чем большим; важнее уметь учиться, чем знать; важнее уметь меняться, чем иметь стабильную позицию.


Это новая эра технологического развития, где скорость стала новой константой. И те, кто поймет и примет эту новую реальность первыми, получат преимущество в гонке, которая, похоже, будет только ускоряться.
  • ❤ 13
  • 🥱 6
  • 🤔 3
  • 💯 2
  • 👍 1
  • 🐳 1
Post #211 1.25K

Forwarded from Science Hub 🧠 (Anastasia Svarovskaya)

Ћао, сербские! Ждём вас на лекции «Генетика и нейросети: новая эра в биологии»🧬

Современные языковые модели научились анализировать и генерировать текст, помогая нам в работе, творчестве и коммуникации. Но что, если их способности можно использовать не только для обработки человеческой речи, но и для понимания «языка жизни»? Ведь природа с нами разговаривает на своем языке, зашитом в последовательностях «букв» ДНК и считанных с них белков.

На лекции обсудим, какие принципы работы современных нейросетей применимы к биоинформатике и как их адаптируют для изучения сложных биологических данных. Разберемся, как ИИ может ускорить разработку лекарств, найти причины заболеваний и даже предложить новые подходы к редактированию генома.

Спикер: Ольга Кардымон — биолог, биоинформатик, руководительница группы «Биоинформатика» в Институте искусственного интеллекта AIRI. Ведёт telegram-канал Kardymonchik Channel о том, что интересного происходит в биологии, медицине, а также о применении AI в разрезе реальных задач.

📎 23 февраля, 18:00-21:00
🙂 1500 (RSD или RUB 1:1)
➡️ Регистрация по ссылке
📍 Сарајевска 48
  • ❤ 18
  • 👍 5
  • 🐳 2
Older posts →

About this channel

How can I read @kardymonchik without a Telegram account?
TGViewer shows the public web preview Telegram publishes for Kardymonchik Channel: recent posts, photos, videos and the subscriber count, with no app, login or account.
How many subscribers does Kardymonchik Channel have?
Kardymonchik Channel (@kardymonchik) has 906 subscribers on Telegram, refreshed roughly every 30 minutes.
Does Kardymonchik Channel know I viewed it here?
No. Public channel previews carry no viewer identity, and TGViewer has no accounts or tracking of what you look up.
Threads Profile ViewerView any public Threads profile without an account.Open ThreadLook →Writing with AI? Make it sound human.Metric37 rewrites AI drafts so they read naturally. Free AI detector, 1,500 words free.Try Metric37 →