Kardymonchik Channel

Потихоньку начинаю отрываться от малышей

Завершаем второй сезон цикла лекций «Личный путь в сеньора биоинформатика» встречей с Ольгой Кардымон!

🧬 Ольга — биолог, биоинформатик, специализирующийся на применении языковых моделей в геномике и протеомике, руководитель группы «Биоинформатика» в Институте искусственного интеллекта AIRI.

Не упустите возможность задать вопросы спикеру в прямом эфире!

Встречаемся 18 февраля в 19:00 по Мск.

Трансляции проходят в рамках курса «Машинное обучение в биологии и биомедицине» от OpenBio.

До старта программы осталось всего 2 недели, а уже 13 февраля стоимость участия вырастет. ↗️

Оставьте заявку на консультацию, и мы предоставим вам демодоступ к курсу на 3 дня, чтобы вы могли изучить структуру курса и функционал платформы.

На встрече мы обсудим детали карьерного трека спикера, лайфхаки трудоустройства, экспертное мнение по трендам отрасли, обзор «поляны» мира ML в биоинформатике и многое другое.

✔️ Зарегистрируйтесь, чтобы получить ссылку на эфир.
❔ Задавайте вопросы спикеру в комментариях к этому посту, чтобы они точно были озвучены.

Увидимся на эфире!

#openbio_career #openbio_webinar #openbio_interview #openbio_expert

До старта курса: 1️⃣ 4️⃣ дней

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!

Семейство языковых моделей ДНК GENA-LM наконец-то опубликовали в рецензируемом журнале.

Пока я временно выпала из работы, выкармливая свою двойню, команда добила статью по GENA-LM до публикации. Это был сложный путь. Сразу мы год общались с ревьюерами и редактором Nature Methods, ответив на все вопросы и добавив запрошенные дополнительно задачи. Нас отклонили субъективным решением редактора. И вскоре стало понятно почему: вышла статья с моделью от наших конкурентов, которая так же не отличается от нашей по запрошенным требованиям, но проигрывает нам в ряде задач (да-да, вы все правильно поняли, я обиделась).

Затем работа была отправлена в Nucleic Acids Research. Там получили один положительный отзыв и один реджект с комментарием «the authors put a pin on my suggestion….» (вообще думала, что это хамство, переведя на русский. Но чатгпт говорит, что вполне нейтральная фраза.)
Но! Мы были приятно удивлены, что впервые в нашей практике редактор не просто прислал свое положительное решение, но и написал Вениамину личное письмо с благодарностью за проделанную работу.

Поэтому выводы можно сделать разные, но лучше посмотреть на цифры. С момента публикации первых моделей и размещения статьи на биоархиве:

5️⃣1️⃣ цитирование препринта

3️⃣0️⃣5️⃣0️⃣7️⃣ скачиваний суммарно с Hugging Face

1️⃣ web-сервис для решения нескольких популярных задач GENA-Web

LLM могут прогнозировать результаты экспериментов лучше экспертов, утверждают авторы свежей статьи в
Nature human behaviour «Large language models surpass human experts in predicting neuroscience results»

🧠 подготовили бенчмарк из 300 статей по 5 областям нейросайнс, в которых изменили результаты в абстрактах

🧠 собрали группу экспертов из нейросайнс и запустили ряд LLM , предложив по материалам, методам, дизайну экспериментов выбрать абстракт с верными результатами

🧠 выяснили , что LLM существенно лучше справляется с задачей предсказания новых результатов исследований, чем эксперты из области.

🧠 обогатив модель специализированными данными смогли улучшить показатели LLM.

Удобно. Запланировал исследование, предложил модели пару вариантов результатов, получил ответ сработает твоя гипотеза или нет с достаточно высокой вероятностью. Эх… пропадут из докладов мои любимые включения про «долго пробовали, но не получилось … а потом до нас дошло!»

Пусть не биоинформатика, но Доктор Рогов говорит, что надо участвовать в хакатоне. Рогов плохого не посоветует. Если кому интересно попробовать себя в детектировании синтезированной речи - вам сюда.

Делюсь прекрасным текстом от «Биомолекулы», где подробнее разбирается за что дали Нобелевскую премию по химии. Если что-то не очень понятно, пишите в комментариях. Постараюсь попроще объяснить.

⚡️Breaking news!!!!⚡️

Нобелевскую премию 2024 года по химии дали Дэвиду Бекеру за компьютерный (вычислительный) дизайн белков ( "computational protein design" ), Демису Гассабису и Джону Джамперу за прогнозирование белковых структур (тот самый AlphaFold 2).

Я не думаю что здесь нужно много говорить, но по истине достойно, меня очень радует, что эта премия быстро нашла своих героев. Бекер не сделал Альфафолд, но почти сразу после Альфафолда вышел RoseTTAFold со своими преимуществами и недостатками перед конкурентами.

Поделюсь немного личным: меня в прошлом году несколько раз спрашивали кто мой кумир, кто меня вдохновляет и на кого хочется быть похожей (конечно в профессиональном плане). У меня большие проблемы с авторитетами, я не хочу быть ни академиком, ни Нобелевским лауреатом. Я просто хочу делать крутые вещи в своей области. И да, такой пример для меня один. Это Дэвид Бекер. Просто посмотрите сколько всего невероятно крутого делает Институт дизайна белков под его руководством !!!

Вчера объявили, что Нобелевскую премию в области Физиологии или Медицины отдали двум биологам "for the discovery of microRNA and its role in post-transcriptional gene regulation".

Что это такое и причем здесь медицина:
в школе всех учили что из ДНК получается РНК, с которой затем транслируется белок. Эта догма по-прежнему актуальна, но с кучей поправок на каждом этапе и аккуратных оговорок. Так как текст генома во всех клетках организма у нас одинаковый, то специфическую работу генов в каждом типе клеток обеспечивают разные регуляторные механизмы при помощи различных белков, которые тоже кодируются в нашем геноме. Например, гены отвечающие за активную работу мышечных волокон не работают или почти не работают в клетках головного мозга. И это регулируется еще на этапе транскрипции - получения РНК с ДНК.
А вот Виктор Амброс и Гэри Равкан сразу независимо друг от друга, а потом и объединив усилия доказали, что с отдельных участков нашего генома, часто прячущихся в той самой "мусорной" ДНК, транскрибируются маленькие последовательности РНК (несколько десятков букв длиной), с которых не транслируются никакие белки, а они сами мешают трансляции других белков. Показали коллеги это сразу для нескольких генов нематоды - это такой червячок, являющийся одним из самых популярных модельных объектов в биологии. Затем нашли огромное количество таких микроРНК и в огромном списке геномов других организмов. Согласно базе данных микроРНК miRBase , у человека таких микроРНК и похожих на них последовательностей, но с недоказанной полной функцией, порядка 2000.

Так вот тут как раз появляется медицина. Сбой правильной работы регуляторного пути с микроРНК часто приводит к патологиям еще на самых ранних стадиях эмбриогенеза, такие эмбрионы становятся нежизнеспособными и мы их даже не видим, если специально не собираем материал, например, в эмбриологических лабораториях. Плюс существуют целые сообщества и базы данных, где собирают доказанные кейсы влияния микроРНК на нарушения в работе молекулярно-генетического аппарата. Так HMDD v4.0 (Human microRNA Disease Database), содержит 53 530 записей, связанных с заболеваниями происходящими от микроРНК, включают в себя 1 817 генов, кодирующих микроРНК в геноме человека, 79 микроРНК полученных из вирусов и 2 360 заболеваний, описанных в 37 090 публикациях.

Вот такая сложная молекулярно-генетическая премия в области медицины в этом году. Но если честно сказать, есть еще масса поводов в следующие 10-15 лет не останавливаться и продолжать награждать биологов за подобные открытия последних лет 20. Ну либо у меня уже искажение в восприятии относительно давно известных нам открытий в биологии, уже кажущихся вполне себе рутинными знаниями...

Для коллег, кто не в теме что такое A* (большинство биологов и биоинформатиков)

Математики и датасайнтисты публикуются на международных конференциях, куда отправляют не тезисы работ, а полноценные статьи. Отправляют через платформу openreview, строго в определенные даты (ни раньше и ни позже). Ваш труд в анонимном виде становится каждому доступен для прочтения, а назначенным персонам - для слепого ревью. В установленные даты ревьюеры присылают оценки и комментарии. Далее, как и в случае с ревьюрами в журналах, можно предоставить ответы и доработки, но срок на этот ответ ограничен одной неделей (никто не будет ждать месяц новых экспериментов и дописанных глав). Если ответы убедительные- ревьюеры повышают балл. Нет - останется все как есть. Финальное решение за главным ревьюером на основании полученных ответов. Так вот самые крутые такие конференции идут в рейтинге А*. Чуть попроще - А. Ну и так далее. Это абсолютно иная параллельная рейтинговая система, нежели у журналов (Q1, Q2 и т.д. ).

При этом стоит отдельно отметить конкурс на NeurIPS: в 2024 году, если верить Paper Copilot , было подано 15671 статья со всего мира. Acceptance rate пока не видим, но можем сравнить там же с прошлогодними цифрами. Поэтому 17 принятых статей из одного скромного института - это очень круто.

Поздравляю всю команду AIRI с новым рекордом — 17 статей принято на Neurips 2024!

Наша группа пока не покорила этот барьер по A*, но мы пытаемся , уже по грани акцептов проходим и на воркшопы нас принимают (но математики говорят что это не круто… по мне так круто… мы же не математики изначально и вообще по другому думаем )))) .

Я очень горжусь, что работаю с сильнейшими специалистами по ИИ в нашей стране и поздравляю коллег от всей души! 🍾

Вот как не тяни сову на глобус, а геномные языковые модели пока мало что практически значимого дают . И как бы из крысы не делали шиншиллу методами из известного анекдота, практической пользы от языковых моделей для ДНК не особо наблюдается. Вот белковые (pLM) и для единичных клеток (scGPT) языковые модели очень даже неплохо заходят в фарму. Пока продолжаем работать дальше.

Из последних обзоров можно посмотреть:

🍓 Nature Methods “Focus on advanced AI in biology”, где специально опускают DNA LM

🍓 “Genomic Language Models: Opportunities and Challenges” - архивчик от коллег из Беркли, в целом попытка обозреть имеющееся неплохая (хотя известный биоинформатикам Дима Пензар со мной не согласен)

В общем, хайп хайпом, а от реально работающих GPT моделей для геномов мы еще очень - очень далеки . И не верьте, если вам обещают сейчас иное под любые цели. Успехи есть, и звучат они как-будто «вау»… но нет… пока что совсем не шиншилла и даже крысу в клеточку не получаем.

Ха! "Коронавирус кто сделал? Американцы или китайцы?!!" - самый частый вопрос на моих научпоп лекциях ))) Так вот, свежее исследование в Cell говорит о том, что скорее всего пандемия пошла с Уханьского рынка от целого списка диких животных, которые могли являться промежуточным хозяином . Как сами звери заразились отследить невозможно, но вероятность попасть на прилавки из лаборатории крайне мала. Так что теория заговора отменяется.

А для поднятия пятничного настроения вспомнила прекрасный хит Василия Уриевского "Это все американцы!"

Первый случай обезьяньей оспы в Швеции. ВОЗ объявила ЧС глобального значения. Вакцины в Африке недоступны, и их закупка производится в недостаточном количестве для остановки распространения. Противовирусный препарат Тековиримат не оправдал надежд.

Ну что, все уже привыкли к новостям о том или ином новом вирусе и уже совсем не тревожно? Да и есть более близкие по расстоянию опасности, что вирусные угрозы уже не звучат как что-то страшное? Понимаю. Но давайте немного расскажу о новой обезьяньей оспе.

Пару лет назад в новостях нашумел вирус обезьяньей оспы с летальностью около 1% в Африке, передающийся при тесном контакте. Инфицированы были в основном мужчины нетрадиционной ориентации. Тогда многие спрашивали меня, доберется ли этот вирус до России и сможет ли он стать новой угрозой для нашего здравоохранения.

Сейчас ситуация выглядит несколько хуже. Новый вирус поражает детей, что означает, что он передается каким-то другим способом. Летальность в Африке составляет 3-4% (хотя по данным на сайте ВОЗ — от 1% до 11%). ВОЗ 14 августа сообщает о ЧС глобального значения. Вакцина, разработанная в прошлом сезоне компанией Bavarian Nordic, имеется, но в Африке недоступна. ЕС объявил о закупке 200 тыс. доз для Африканских стран, но специалисты рассчитали, что для остановки вируса необходимо 10 млн доз. Параллельно в Конго провели испытание противовирусного препарата Тековиримат, и эффект от него не отличался от плацебо.

15 августа Швеция подтвердила первый случай заражения вирусом обезьяньей оспы на своей территории. Ну и конечно же Роспотребнадзор заявил, что не видит угрозы распространения обезьяней оспы в России… У нас же есть тест-системы и целый «санитарный щит» ;) Ну что ж... Буду следить. Но как-то пока стремно все разворачивается.

Channel name was changed to «Kardymonchik Channel»

Channel photo updated

Стащила из найденного В.Ю. Макеевым. Полезно пишущим.

Знаете что это? Эта «безобидная» спамская смс , зачем-то с упоминанием gpt, привела к взлому госуслуг и последующей установке на телефон пенсионерки приложения с удаленным доступом ко всей ее информации .

После получения этой смс свекровь прочитала ее содержание по поступившему через 5 мин звонку. Все . Аккаунт на госуслугах взломан. Далее сложно отследить всю цепочку, но в телефоне появились 2 приложения: «ЕМИАС» и «ЕМИАС-ИНФО» с полным доступом ко всему происходящему . В записной книжке появился сохраненный контакт «Соколов Дмитрий», который по словам пенсионерки помогал ей вчера и сегодня настраивать программы в телефоне. Точных разговоров она воспроизвести не смогла ввиду своего возрастного диагноза. Но благодаря персональному менеджеру в банке мы узнали о 10 крупных переводах за 7 мин в 9 утра. Далее 4 часа в отделении полиции, очередное дело возбудили, но шансы на успешный исход, сами понимаете, никакие.

Я понятия не имею как защищать доверчивых пенсионеров. Видимо только отбирая все что у них есть себе на хранение. Но и против себя уже знаю схемы на которые точно смогла бы повестись.

Будьте бдительны. Насколько это возможно.

Когда на двоих 5 высших образований, 4 красных диплома, 4 синих о проф переподготовке и одна степень) просто ботаны)