from PhD import *

Писал я про документалку про DeepMind, и был там один забавный и в то же время поражающий момент. В самом конце показывают лабмит команды AlphaFold, ребята обсуждают следующие шаги по развитию проекта после победы на CASP14.

Джон Джампер впроброс говорит фразу:
- We can easily predict all known sequences in a... month.
Демис:
- All known sequences in a month?
Джон:
- Yeah, easily. A billion, two billion. And they are...
Демис его перебивает:
- So why don't we just do it?

Другое направление DeepMind помимо предсказания структуры белков - предсказание эффектов однонуклеотидных полиморфизмов. Две их рабочие лошадки на этом направлении - AlphaGenome и AlphaMissence. (мы кстати в ИБ недавно делали интро-воркшоп во все 3 модели). С помощью них каждый ученый может прогнать любую мутацию через модель и посмотреть на результат. Ровно то применение, о котором и мыслил Джон Джампер для AlphaFold пока Демис его не перебил.

Сегодня DeepMind выпустили AlphaGenome Atlas - карту предсказаний эффектов замен для всех 9 миллиардов возможных однонуклеотидных замен в геноме человека (по 3 альтернативных нуклеотида на каждую из 3х миллиардов позиций).

Эффект мутации они оценивали с помощью новой метрики AlphaGenome Variant Impact (AVI), которая комбинирует в себе оценки aM и aG. Прямо в браузере можно посмотреть на результаты предсказания и построить профили экспрессии / открытости хроматина / ... для референсной и альтернативной аллели. Также есть хитмап мотивов, который я сам пока не особо понял. А еще Кайл и Наташа, ко-первые авторы aG, выложили мини-туториал на YouTube как использовать их Atlas внутри Antigravity.

В общем, если вы не МЛщик - биоинформатик, но работаете с человеческой генетикой - это может быть еще более удобный способ познакомиться с возможностями биологических моделей DeepMind :)

Открытая онлайн-дискуссия «AI-агенты в single-cell»

Использование ИИ-агентов в анализе single-cell данных - это уже необходимость или просто информационный пузырь?

Приходите 12 августа в 19:00 МСК (18 CET) на нашу онлайн-дискуссию в Бластим

О чем будем говорить :
— насколько можно доверять результатам AI-агентов
— где AI действительно экономит время, а где требует больше перепроверки
— как меняется подход к обучению биоинформатиков
— останется ли место человеческой экспертизе и творчеству в анализе данных

📣 Участники: Вадим Чечехин, Екатерина Маркелова, Дмитрий Пензар, Зоя Антышева и я (Никита Ваулин)

Модератор — Дмитрий Тычинин

📎 Ссылка на регистрацию

(также зарегистрироваться можно тут: agency.blastim.ru/sc_battle)

Сегодня последний шанс присоединиться к летнему воркшопу ИБ по гугловским моделям! Завтра утром начинаем с AlphaGenome 👀

Сережа нашаманил нам Claude-расширение прямо в лабном Jupiter Hub. Возможности клода изучены лишь на 0.0001%

1/2 done!

Примерно такой вайб последнее время. Лечиться надо вам всем

Здесь прекрасно всё… 🐙

Начиная с того что у осьминогов обнаружилась эволюционная адаптация в самой консервативной из возможных машин - рибосоме!

Продолжая тем что это мутация проводящая к разламыванию 28S rRNA на две части. И она не то что ничего не портит - она увеличивает точность рибосомы!!

Вдобавок еще это проверили заклонировав этот сайт разлома в E. coli и обнаружили 30% повышение точности без ухудшения скорости!!! В другом домене жизни!!!!

И это еще зачем-то нужно, так как такая поломка есть только у видов осьминогов с большой нервной системой!!!!!

А более того нашли это вообще случайно: просто на геле рРНК все время шла фрагментами а не целиком. Вот честно, кто бы не подумал что это просто руки кривые??!

Так они даже так и пишут:

Here, we serendipitously discovered that octopus ribosomes contain a structural break in the core ribosomal RNA that is unique among all animals.

Serendipitously!!!!!

Ко всему прочему от препринта до публикации у них меньше месяца прошло, что так мило видеть в наши дни.

И чтобы уж добить посмотрите какооой обалденский графический абстракт!!!!!!!

Открыт набор на Летний онлайн воркшоп 2026 «Альфа, альфа, альфа»!
bioinf.me/education/workshops/alpha_workshop | Регистрация до 7 августа

Модели семейства Alpha от Google DeepMind стали ключевыми инструментами современной биоинформатики. На воркшопе мы разберем принципы их работы и освоим их на практике: от анализа регуляторных свойств генома до предсказания структуры белков и оценки эффектов мутаций.

Воркшоп пройдет онлайн 8 и 15 августа и будет состоять из двух больших блоков:

🌑 8 августа – AlphaGenome (преподаватель Никита Ваулин): предсказание функциональных свойств генома по ДНК, variant scoring и in silico мутагенез.
🌑 15 августа – AlphaFold & AlphaMissense (преподаватель Александра Мамчур): предсказание белков и комплексов через AlphaFold Server/DB, оценка метрик качества и предсказание патогенности миссенс-вариантов.

Все задания выполняются в Google Colab. Для работы с AlphaGenome рекомендуется заранее получить API-ключ.

Стоимость:
• 9 000 рублей – при ранней оплате до 4 августа
• 14 000 рублей – при оплате с 5 по 7 августа
• 25 000 рублей – для юридических лиц

⭐️Особая цена для выпускников Института биоинформатики на все время набора – 9 000 рублей.
Рады видеть наших студентов снова! Специальная стоимость доступна всем, кто успешно окончил наши программы переподготовки или интенсивы и получил диплом.

Будем рады видеть вас среди участников! ❤️

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Думаю кто-то успел заметить, что автор данного канала очень увлечен тем как глубокие нейросетки могут помочь нам с пониманием биологии. Возможно для кого-то даже не прошла мимо публикация модели AlphaGenome от Google DeepMind! 🔲

Если вам интересно разобраться что можно на практическом уровне для себя (для своего диплома / курсовой / ...) получить от того, что кто-то где-то опубликовал еще одну еще более глубокую сетку с еще более крутыми метриками качества - обязательно обратите внимание на следующий пост!!

🌸 Мы с Сашей Мамчур собрали целый воркшоп по 3м основным life science моделям гугла: AlphaFold, AlphaMissense и AlphaGenome!

Покажем прямо на практике что и как запускать, чего можно добиться и чего добиться не получиться. До 4го августа будет открыта ранняя регистрация. Приходите! 😁

Рандомная мысль

Возможно это лишь привилегия работы в академии, хотя хочется верить мне повезло так настроить себе режим, но….

Какое счастье жить уже примерно год так что единственные дни (буквально единственные) когда я ставлю будильник - это дни когда я иду в хайки. И не подумайте, я держу режим. Всю весну я приходил на работу к 08:00 и все лето я прихожу к 09:30 (кроме спонтанных кофе-прогулок-спорта по утрам, но и там я встаю в то же время). И никогда не позволяю себе спать меньше 7 часов (хайки - исключение, ха-ха).

Когда-то я не верил что вообще можно будет жить эту жизнь без будильника. Может меня сильно напугали истории про PhD и ментальное здоровье - так сильно что я переборщил с осторожностью - но настроенные режим, питание и спорт и правда делают свое дело.

Несмотря на то что на канал подписаны родители все равно не могу не похвастаться тем как мы сегодня с коллегами вылезли на крышу нашего института 🙂

Как сильно меняются выводы статей в ходе рецензии? 🧐

Интересное применение Claude'у нашли Hao Yin и Ruslan Rust из Robats RI и USC: они натравили Sonnet 4.6 на 72,644 опубликованные работы с доступной версией пре-принта на bioRxiv. Задача была систематически оценить несколько изменились ключевые выводы в статьях после этапа ревизии.

Как оказалось, 89.9% главных выводов не изменились вообще или изменились минимально. При этом формулировки в два раза чаще изменялись в более осторожную сторону. Но стоит отметить что все исследование сделано на основе анализа абстрактов. Безусловно, даже при сохранении выводов, рецензирование может сильно повлиять на то на чем основываются эти выводы.

Для валидации даже отобрали 550 публикаций на проверку 4м in corio оценщикам

👉 Результаты можно посмотреть на сайте rustlab1.github.io/PreprintPaperTracker
Там же можно глянуть что Sonnet думает про рецензию какой-нибудь конкретно вашей статьи 👀 (если она вышла не слишком недавно)

📎 Tracking claim changes from preprint to publication across 72,644 biomedical studies using large language models | bioRxiv July 2026

Остается всего несколько дней чтобы подать заявку на онлайн-программу «Биостатистика и анализ медицинских данных» от Института биоинформатики!

В программе: статистика и анализ данных, программирование на R, методология клинических исследований и выполнение выпускного проекта.

⏰ Дедлайн: 16 июля, 23:59 МСК
📓 Подробнее: пост-анонс в канале ИБ

А если вы все еще сомневаетесь - в качестве тизера посмотрите записи онлайн-лектория «Разрушители статистических мифов»! Буквально на прошлой неделе закончился 3й сезон лектория: про мощность, нормальность и многофакторные модели.