Bioinformatics Institute

Соревнования CAMI III
https://cami-challenge.org/

Сейчас открыты соревновательные задачи третьего раунда международной независимой оценки алгоритмов – CAMI III Challenges. В основе испытаний лежит датасет Longitudinal Human Gut, включающий короткие (Illumina) и длинные (Nanopore) чтения микробиома кишечника человека от 9 доноров.

Участники могут протестировать свои пайплайны в четырех основных категориях:

🦖 Трек 1. Assembly
Необходимо создать сборку из коротких, длинных или гибридных чтений (single-sample, cross-sample или по отдельным пациентам).
Дедлайн: 14 октября 2026 года (закрывается раньше остальных, чтобы организаторы предоставили единый эталон сборок для следующих этапов).

🦖 Трек 2. Taxonomic Profiling
Надо определить относительную представленность организмов (бактерии, археи, вирусы, эукариоты и плазмиды). Принимаются профили на основе классификаций NCBI и GTDB R226.
Дедлайн: 31 января 2027 года.

🦖 Трек 3. Genome Binning
Стоит задача сгруппировать контиги или чтения по отдельным геномам (MAGs).
Дедлайн: 31 января 2027 года (готовые сборки от CAMI будут доступны с 15 октября).

🦖 Трек 4. Taxonomic Binning
Необходимо разнести контиги или чтения по таксономическим группам определенного ранга.
Дедлайн: 31 января 2027 года.

Требования к участникам:
• Результаты загружаются в стандартных форматах CAMI через личный кабинет на портале.
• Для воспроизводимости необходимо указать точные версии софта, параметры и использованные базы данных.

🌕 Полные правила и загрузка данных

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online
@bioinformatics_institute

Bioinformatics Institute pinned a photo

Первая научная публикация по итогам нашего лектория «Разрушители статистических мифов»
almclinmed.ru/jour/article/view/17669/1789
bioinf.me/stat_myths

Идеи и дискуссии, которые начались в рамках лектория «Разрушители статистических мифов», переросли в полноценную научную работу!

В журнале «Альманах клинической медицины» вышла статья преподавателей трека по биостатистике Института биоинформатики – «Мифологизация статистики в биомедицинских исследованиях».

Авторы разбирают распространенные статистические практики, которые стали ритуальными в биомедицине, но часто приводят к искажению результатов и ошибок в интерпретации данных.

О чем говорится в статье:
• Общий фреймворк научного исследования и место статистики в нем;
• Причины и последствия появления статистических мифов;
• Классификация и разбор наиболее частых статистических заблуждений.

🦖 Читать статью
🦖 Обсудить публикацию можно в нашем чате по статистике и R
🦖 Посмотреть записи лекций можно на сайте лектория «Разрушители статистических мифов»

Надеемся, что эта статья поможет вам сделать статистический анализ более качественным, а дискуссию с коллегами и рецензентами более аргументированной!

P.S. На этом не останавливаемся – продолжение следует!

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Соревнования по биоинформатике: где можно поучаствовать

Начался учебный год, а с ним и хакатоны! Сделали небольшую подборку из того, куда можно подать заявку уже сейчас


🦖 Хакатон по персонализированной медицине Hackatomics 2026
hackatomics.rudn.ru

Коллеги из РУДН и Томского НИМЦ проводят хакатон в Москве (сателлит ASCA Congress 2026).

☁️ 10-14 октября
☁️ Москва, НИИ молекулярной и клеточной медицины + Факультет ИИ РУДН (Подольское шоссе, 8)
☁️ Призовой фонд 450 000 рублей
☁️ Дедлайн регистрации 22 сентября

🌑Регистрация и подробности


🦖 Соревнование по машинному обучению в геномике: EPIC
epic.autosome.org

Команда создателей IBIS запустила соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge). Подробнее об EPIC мы рассказали в этом посте.

☁️ Формат: команды от 1 до 10 человек (регистрация через GitHub)
☁️ Бонус: участники, обошедшие бейзлайн, войдут в коллективный соавторский консорциум итоговой статьи
☁️ Дедлайн 30 ноября

🌑 Подробности и регистрация
🌑 Технический чат участников


🦖 Хакатон «БХТ 2026» от Клуба «Ученые и будущее»
kub.academy

Скоро стартует новый сезон хакатона. Регистрация еще не началась, но уже можно подписаться на новости, чтобы не пропустить подробности.

☁️ 1-4 декабря
☁️ Санкт-Петербург,
отель Domina Пулково
Пулковское ш., 14, стр. 7

🌑Подробности проведения


🦖 Хакатон «Геном|Q»
genomiq.medgenetics.ru

☁️ 1-2 декабря
☁️ Томск, пр. Ленина, 26, Точка кипения

Параллельно на той же площадке пройдет вводный курс по интерпретации геномных данных с лекциями от профессионалов.
genomiq.medgenetics.ru/register/school/

P.S. Сейчас на сайте указаны даты предыдущего события. Следите за обновлениями!

🌑Регистрация и подробности


🦖 Соревнования CAMI III Longitudinal Human Gut
cami-challenge.org/

Доступны задачи по сборке метагеномов, таксономическому профилированию, геномному и таксономическому биннингу.

☁️ этап сборки закрывается 14 октября 2026 года, остальные этапы – 31 января 2027 года

🌑Подробности


Выбирайте подходящий формат, собирайте команды и участвуйте!

P.S.S. Если вы знаете еще мероприятия – пишите в комментариях, мы добавим к посту!

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Соревнование по машинному обучению в геномике: EPIC
epic.autosome.org

Команда создателей IBIS запустила соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge).

Задача – по одной только последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию (с точностью до нуклеотида и цепи). Модели предстоит работать с данными пяти немодельных организмов: тихоокеанской устрицы, калифорнийского осьминога, амбарной огневки, молочайного клопа и тихоокеанского катрана.

Что внутри:
• Уникальные неопубликованные данные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке (Sascha Duttke).
• Разрешено использование и дообучение любых геномных моделей (AlphaGenome, Evo2 и др.)
• Команды от 1 до 10 человек, регистрация через GitHub
• Две метрики: факт инициации (AUPRC) и ее сила (Spearman)

Бонусы и соавторство:
• Все участники, обошедшие базовый бейзлайн, войдут в консорциум EPIC как коллективные соавторы итоговой статьи в рецензируемом журнале.
• Медалисты получат личное соавторство.

Для разминки уже доступен датасет по Nematostella и скрипты для локальной оценки.

🌑 Соревнование уже стартовало и продлится до 30 ноября 2026 года.

☁️ Подробности и регистрация
☁️ Технический чат в Telegram

Собирайте команду и подключайтесь к задаче!

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Если вы подали заявку на программу «Биоинформатика для биологов. Ступень III», напоминаем: решить и отправь отборочное тестовое задание можно до 10 сентября, 23:59 МСК.
bioinf.me/education/bioinf_iii_step

Как устроено тестовое задание на программу?

Когда мы разрабатывали отборочный кейс для новой программы, мы ушли от привычных форматов. Перед нами стояли три задачи:

• Сделать задание устойчивым к ИИ, чтобы проверить самостоятельность мышления
• Проверить именно практические навыки, а не сухие теоретические знания
• Создать кейс, который станет ценным проектом в вашем портфолио

В итоге получилось задание, полностью воспроизводящее реальный тест при приеме на работу биоинформатиком. Внутри – работа с реальными данными, поиск и анализ литературы, а также самостоятельное формирование выводов.

🌑Подробная инструкция по выполнению уже на почте у всех зарегистрированных участников.

Выполнять задание можно вплоть до дедлайна, но комиссия проверяет работы и приглашает на собеседования в потоковом режиме – чем раньше вы пришлете готовый проект, тем быстрее пройдете на этап интервью.

Ждём ваших решений! ❤️

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Объявлен дополнительный прием на бюджетные места в магистратуру Томского НИМЦ
tnimc.ru/obrazovanie/applicants/magistracy/

Это первая в России магистерская программ с фокусом на мультиомику единичных клеток (направление 06.04.01 Биология).

Программа сфокусирована на актуальных методах анализа биомедицинских данных. В течение двух лет магистранты подробно разбирают геномику, транскриптомику, технологии single-cell и пространственные омики под руководством ведущих исследователей.

🌕 Формат обучения очный и дистанционный
🌕 Срок обучения 2 года
🌕 Места: 12 бюджетных, 10 платных

Вступительные испытания проходят в форме онлайн-собеседования по двум предметам: клеточная биология и английский язык. Подать документы можно в электронной форме через портал Госуслуг.

💙 Подробная информация о программе и правилах приема
💙 По всем вопросам пишите в сообщения ВК или в Телеграм Томского НМИЦ

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Пока завершается прием заявок на программу «Биоинформатика для биологов. Ступень III», запускаем нетворкинг в комментариях!

Если вы в поиске проектов, стажировок или работы в биоинформатике – скидывайте свое CV и пишите о своем опыте. Если вы завлаб, HR или фаундер биотех-стартапа – заглядывайте в комментарии и пишите кандидатам напрямую.

Как поучаствовать:

• Расскажите о себе в комментариях: специализация, стек, текущий академический статус и ссылка на CV / GitHub / hh.ru.

• При необходимости используйте шаблон CV. Он адаптирован под требования ATS-систем.

🌕Заходите в наш чат «BIOINF | Education & Career»! Там регулярно появляются свежие предложения с тегом #вакансии. А если вам интересна статистика и анализ данных в R, то заглядывайте в «BioStat <- R | Чат по статистике и R».

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

@bioinformatics_institute

Сегодня заканчивается набор на программу «Биоинформатика для биологов. Ступень III»
bioinf.me/education/bioinf_iii_step | Прием заявок до 23:59 МСК

Рынок биоинформатики стремительно меняется. Программа поможет укрепить текущие навыки и получить новые, которые могут быть востребованы уже сейчас или в будущем на текущем месте работы. Также темы курса часто встречаются в вопросах собеседования на позиции разного уровня.

🌑 С 26 сентября по 28 ноября

🌕 Программа состоит из 5 дисциплин:
• Практикум по биоинформатике
• Избранные главы ML
• Продвинутый Python
• Архитектура Linux и контейнеры
• AI в биоинформатике

🌑 Этапы поступления:
• заполнить анкету до 6 сентября, 23:59 МСК
• решить отборочное тестовое задание до 10 сентября, 23:59 МСК. Как устроено тестовое задание мы рассказали в этом посте.
• пройти собеседование (август – сентябрь). Комиссия проверяет тестовые задания по мере их поступления, поэтому раннее решение ускорит получение приглашения на интервью.

🌑 Стоимость:
• 85 000 рублей – для физических лиц
• 75 000 рублей – для выпускников Института биоинформатики. Специальная стоимость доступна всем, кто успешно окончил наши программы переподготовки или интенсивы и получил диплом или удостоверение о повышении квалификации.

⭐️ Доступна беспроцентная рассрочка – оплату можно разделить на два равных платежа.

☁️ Подробнее о программе: bioinf.me/education/bioinf_iii_step
☁️ По всем вопросам: admissions@bioinf.me

Ждём ваших заявок! ❤️

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Опубликовали лекцию Екатерины Титовой «Качественно нельзя количественно: стратегия карьерного роста в биотехе»!

Если вы не успели подключиться к трансляции, смотрите запись встречи с HR-консультантом Екатериной Титовой.

На лекции обсудили:
🌑 Кого сейчас ищут чаще – джунов, мидлов или сеньоров.
🌑 Что прокачивается с опытом, а какие требования появляются с нуля.
🌑 За что больше не платят и как ИИ меняет ценность навыков.
🌑 Тренды рынка 2027 и стратегия перехода из грейда в грейд.

💙 Смотреть запись: bioinf.me/guests

Сохраняйте себе и делитесь с коллегами! ❤️

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Недавно в Институте биоинформатики прошел онлайн-воркшоп «Альфа, альфа, альфа», где преподаватели Никита Ваулин и Александра Мамчур разбирали принципы работы и практическое применение AlphaGenome, AlphaFold и AlphaMissense. Сегодня предлагаем еще глубже погрузиться в тему моделирования белковых структур и их взаимодействий!

Наши коллеги из «Биомолекулы» совместно с Центральным университетом опубликовали материал о возможностях и эволюции этих инструментов.
biomolecula.ru/articles/alphafold-3-kak-diffuzionnye-modeli-prishli-v-predskazanie-struktury-belkov

Раньше пространственную структуру белков предсказывали преимущественно методом моделирования по гомологии – то есть сопоставляли изучаемую последовательность с известной структурой близкого эволюционного родственника.

Появление AlphaFold, а затем AlphaFold 2 в 2021 году стало прорывом для структурной биологии. Однако у этих инструментов оставалось существенное ограничение: они предсказывали преимущественно изолированные белки и намного хуже справлялись с олигомерами, а также комплексами белков с нуклеиновыми кислотами и малыми молекулами.

Одна из главных причин – эффект индуцированного соответствия. Связываясь с лигандом, белок меняет свою конформацию и подстраивает связывающий карман под молекулу-партнера. Поэтому для точной работы недостаточно знанию структуры белка в свободном состоянии – необходимо уметь моделировать их совместное сворачивание (кофолдинг).

Именно эту задачу решает AlphaFold 3, созданный для предсказания структур комплексных биомолекулярных систем. Подробный разбор того, насколько эффективно новая модель справляется с этой задачей, читайте в новой статье в рамках спецпроекта «Биомолекулы» и Центрального университета.

⭐️ Мы тоже держим руку на пульсе этой темы! В рамках нашей мини-серии «Alpha в статьях» ранее выходил разбор: «Как AlphaFold и RFdiffusion создают противораковые белки de novo». В нем мы показали, как модели от Google DeepMind помогают с нуля проектировать новые лекарственные молекулы.

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_education
@bioinformatics_institute

Аналитики Британского национального фонда исследований в области образования (NFER) совместно с экспертами рынка труда провели масштабное исследование компетенций будущего.

Их главный вывод: работодателей больше не впечатлить формальными дипломами. На собеседованиях ведущие компании всё чаще оценивают шесть фундаментальных навыков:
☁️ уметь планировать задачи,
☁️ работать в команде,
☁️ выстраивать коммуникацию,
☁️ мыслить критически,
☁️ решать нестандартные проблемы,
☁️ фильтровать полезные данные от цифрового шума.

В биоинформатике лучшим подтверждением этих навыков становится не корочка, а открытый репозиторий на GitHub и готовые кейсы в портфолио.

Именно поэтому мы сделали программу «Биоинформатика для биологов. Ступень III» максимально практико-ориентированной и насыщенной. Это сложное обучение, где мы учим глубоко понимать процессы.

В программе разбираем:
🌕 продвинутые методы (ATAC-seq, Hi-C, Ancient DNA, подходы АльфаGenome),
🌕 архитектуру Linux и контейнеры,
🌕 продвинутый Python,
🌕 избранные главы ML,
🌕 AI-инструменты в биоинформатике.

Чтобы вы уверенно конвертировали эти знания в оффер, в курс встроен карьерный блок. Мы организуем встречи с потенциальными работодателями и проведем тренировочные собеседования.

bioinf.me/education/bioinf_iii_step | Прием заявок до 6 сентября, 23:59 МСК

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Напоминаем, что сегодня вечером состоится лекция «Качественно нельзя количественно: стратегия карьерного роста в биотехе»!
bioinf.me/guests | Сегодня, 1 сентября в 19:00 МСК, онлайн (Zoom)

HR-консультант Екатерина Титова расскажет:
🌑 Кого сейчас ищут чаще – джунов, мидлов или сеньоров.
🌑 Что прокачивается с опытом, а какие требования появляются с нуля.
🌑 За что больше не платят и как ИИ меняет ценность навыков.
🌑 Тренды рынка 2027 и стратегия перехода из грейда в грейд.

До встречи на лекции! ❤️

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Вышла первая публикация по итогам лектория Института биоинформатики «Разрушители статистических мифов»!
almclinmed.ru/jour/article/view/17669/1789
bioinf.me/stat_myths

В журнале «Альманах клинической медицины» опубликована статья «Мифологизация статистики в биомедицинских исследованиях» – о распространенных статистических практиках, которые давно стали привычными, но далеко не всегда имеют под собой достаточные методологические основания! Для нас особенно важно, что идеи и обсуждения, начавшиеся на лектории, теперь продолжаются уже в формате научных публикаций.

🦖 Читать статью
🦖 Обсудить публикацию можно в нашем чате по статистике и R
🦖 Посмотреть записи лекций можно на сайте лектория «Разрушители статистических мифов»

Надеемся, что эта статья поможет вам сделать статистический анализ более качественным, а дискуссию с коллегами и рецензентами более аргументированной!

P.S. На этом не останавливаемся – продолжение следует!

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Лекция «Качественно нельзя количественно: стратегия карьерного роста в биотехе»
bioinf.me/guests | 1 сентября в 19:00 МСК, онлайн

Екатерина Титова, HR-консультант, расскажет:
🌕Кого сейчас ищут чаще – джунов, мидлов или сеньоров.
🌕Что прокачивается с опытом, а какие требования появляются с нуля.
🌕За какие знания больше не платят
🌕Почему умение "просто сделать" уступает место ответственности за итоговый результат (особенно в эпоху работы с ИИ)

В конце заглянем в перспективу рынка 2027 года и соберем понятную пошаговую стратегию перехода из грейда в грейд.

Подключайтесь к событию, чтобы выстроить свою карьерную траекторию и узнать тренды рынка найма! ❤️

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute

Суббота началась у нас не с кофе, а с онлайн-встречи, которую мы очень ждали! Предучебный круглый стол по ИИ собрали специально для друзей Института биоинформатики.

За один день мы успели разобрать множество тем от экспертов:

Алексей Замалутдинов показал, как превратить Claude в полноценного начинающего биоинформатика и разгрузить себя от рутины. Главное свойство агента – если обычный чат-бот просто напишет вам команду bcftools, то агент сам ее запустит, увидит пустой VCF-файл и будет искать причину.

Илья Попов поделился инструментами Ollama для работы с Git, а во второй части встречи разобрал ключевые биоинформатические скиллы, необходимые для работы с ИИ.

Дарья Купаева рассказала про тонкости и безопасность работы с медицинскими данными, а также наглядно сравнила два главных сценария работы с LLM: дешевый по токенам терминал и браузер для сложных смысловых задач.

Георгий Сарапулов разобрал организацию научной работы с помощью агента Claude Code на примере своего проекта – как сочетать физические методы и глубокое обучение для оценки свободной энергии связывания, когда данных мало, а в структурах и аннотациях много шума и ошибок.

Было очень приятно собраться в таком кругу, обменяться личным опытом и подзарядиться перед стартом учебного года.

Кстати, погрузиться в тему нейросетей еще глубже вы сможете на нашей новой программе «Биоинформатика для биологов. Ступень III»! В блоке по ИИ вас ждут практическая работа с AlphaGenome, работа с агентами из кода, графы знаний и стандартизация применения AI в биомеде.

bioinf.me/education/bioinf_iii_step | Прием заявок до 6 сентября, 23:59 МСК

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online #bioinf_education
@bioinformatics_institute