Соревнования CAMI III
https://cami-challenge.org/

Сейчас открыты соревновательные задачи третьего раунда международной независимой оценки алгоритмов – CAMI III Challenges. В основе испытаний лежит датасет Longitudinal Human Gut, включающий короткие (Illumina) и длинные (Nanopore) чтения микробиома кишечника человека от 9 доноров.

Участники могут протестировать свои пайплайны в четырех основных категориях:

🦖 Трек 1. Assembly
Необходимо создать сборку из коротких, длинных или гибридных чтений (single-sample, cross-sample или по отдельным пациентам).
Дедлайн: 14 октября 2026 года (закрывается раньше остальных, чтобы организаторы предоставили единый эталон сборок для следующих этапов).

🦖 Трек 2. Taxonomic Profiling
Надо определить относительную представленность организмов (бактерии, археи, вирусы, эукариоты и плазмиды). Принимаются профили на основе классификаций NCBI и GTDB R226.
Дедлайн: 31 января 2027 года.

🦖 Трек 3. Genome Binning
Стоит задача сгруппировать контиги или чтения по отдельным геномам (MAGs).
Дедлайн: 31 января 2027 года (готовые сборки от CAMI будут доступны с 15 октября).

🦖 Трек 4. Taxonomic Binning
Необходимо разнести контиги или чтения по таксономическим группам определенного ранга.
Дедлайн: 31 января 2027 года.

Требования к участникам:
• Результаты загружаются в стандартных форматах CAMI через личный кабинет на портале.
• Для воспроизводимости необходимо указать точные версии софта, параметры и использованные базы данных.

🌕 Полные правила и загрузка данных

✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram

#bioinf_online
@bioinformatics_institute