from PhD import *

Октябрь - начинается бешеная пора ретритов.

Сегодня мы с Кариночкой ездили на ретрит нашего консорциума SFB NeuroStem который нам организовали в спа-отеле в прекрасном городке Мауербах под Веной 🏡

Помимо обычных докладов и постерных сессий Том, менеджер консорциума, заготовил нам крышесносное развлечение. Всех студентов разбили на команды, каждая команда получила случайный набор биологических методов (у нас был пэтч-кламп и рэбис-трейсинг), моделей (у нас был С.елеганс) и крейзи-предметов (у нас была древняя ДНК). На основные этого набора надо было на пустом листе бумаге собрать научный постер на любую тему ограниченную лишь рамками приличия (рамок не оказалось).

Все пустились во все тяжкие и было великолепно и смешно 😆

Ну а завтра начинается четырехдневный ретрит моей лабы, и у меня есть эта ночь чтобы допилить презентацию к нему 🤪

В области геномных ML моделек долгое время был сильный провал в понимании как их вообще можно адекватно использовать после того как они натренированны: что и как тестировать, как их интерпретировать и т.д.

2 года назад Джейкоб Шрайбер начал разрабатывать свой пакет tangermeme который закрывает ровно этот гэп. И вот в конце концов его работа выходит в Nature Methods: www.nature.com/articles/s41592-026-03254-z.

Что в этом удивительного? Он буквально один единственный автор в этой работе! Шок что в 2к26 можно сделать NatMeth статью в одиночку. 👏

Частый вопрос на засыпку в свете Нобелевской премии: "каких вы знаете ученых, кто получил ее дважды?". А у меня для вас другой вопрос:

Знаете ли вы ученых, кто дважды не получил Нобелевскую премию?

Встречайте: Фэн Чжан.

В 2020 году мимо Фэна прошла Нобелевская премия за CRISPR. Премию получили Дудна и Шарпантье за открытие и концептуализацию способа редактирования генома. Фэн же на полгода позже опубликовал инженерную адаптацию этого метода к эукариотам.

И вот вчера была вручена Нобелевская премия 2026 за оптогенетику. Один из лауреатов - Карл Диссерот, у которого Фэн был аспирантом первого года на момент выхода их ключевой статьи в Nature Neuroscience. И снова его вклад - это инженерно-прикладное отлаживание открытого механизма.

Конечно, я не предлагаю давать премию второму автору в статье, там сейчас идет бойня за то, что комитет прокатил Эда Бойдена (первый автора). Это скорее пост-appreciation человека, который умело сёрфит на фронтире науки, переходя из области в область, и просто делает "так чтобы все работало".

Это ведь даже просто красиво

Ю-хууу, прошло 2 года и вот моя первая публикация в рамках моего аспирантского проекта! (если прям очень широко его трактовать, ха-ха) 🥰
И где-где, сразу в Nature Genetics: https://www.nature.com/articles/s41588-026-02748-y

Хотя мне-то скорее повезло немного дополнить крутую историю которую Алек, Розалина и Яков делали несколько лет. Описали огромное разнообразие клеточных типов в человеческих лицах, показали какие гены и энхансеры участвуют в нормальном и патологическом развитии лиц и как из этого всего рождается наше разнообразие и индивидуальность.

А мы тем временем с Надей и Михаэлой уже готовим небольшой сиквел-спинофф про то на какие глобальные регуляторные программы можно разделить эти энхансеры и как они эволюционируют 🔜🔜

За что я отдельно ЛЮБЛЮ свою лабораторию - так это за то как классно мы проводим время даже во время перерывов в рабочее время.

Особенно во время обедов:
🌼Играем в metazooa - игра загадывает некое животное, и надо его отгадать делая свои догадки. На каждую догадку игра дает ближайшего общего предка между ее животным и твоим.

🌼Играем в Хайф / Улей - офигенная игра 1:1 которую Кариночка привнесла в лабу. Так клево когда буквально вся лаба забивает очередь на матч и следит за парой находящейся сейчас за доской.

🌼Разгадываем Minute Cryptic - лингвистические загадки которые мы буквально брейнштормим все вместе. Я открыл их для себя совсем недавно, показал Тоби и Маттие, и далее оные распространились став нашей новой традицией. Очень приятно когда твои коллеги зажигаются чем-то чем зажегся ты.

Помимо этого просто регулярно играем в самые разные настолки или обсуждаем просто какие-то очень кринжовые темы.
Счастье.

Знаете сколько видов кошек существует на нашей планете? 💩

Что ж, с сегодняшнего дня на один больше! 🍒

Ученые из Боливии опубликовали в Cell Current Biology биоинформатический анализ 38 геномов котиков из рода Леопардовых. Помимо общей детализации и уточнения филогенетики в этом роду им удалось генетически подтвердить особенность одной из изучаемых кошек.

Еще в 2016 году один из сотрудников местного заповедника нашел на улице, казалось бы по внешним признакам, домашнего кота, который, однако, вел себя как дикий. Он связался с местной сотрудницей NatGeo биологом Паолой Ногалес-Аскаррунс,
которая после тщательного морфологического анализа отметила 🐰, что фенотипические признаки этого конкретного кота не идентичны ни одному из ранее задокументированных видов. 👹

Паоле потребовалось еще несколько лет чтобы устроить коллаборации с биоинформатиками и даже самой освоить какие-то шаги анализа (поступайте к нам в ИБ btw!), чтобы провести подробное финальное филогенетическое исследование этой кошки и ее со-родичей. 👯‍♀

Встречайте, Leopardus tilcayo! 🥬 (Видовое имя соответствует тому как местные называли эту кошку и само слово не значит ничего). L. tilcayo - новый вид кошачьих описанный впервые более чем за сто лет! 😉