from PhD import *

8 лет работы над референсом всех позвоночных: Vertebrate Genome Project 🐟🐢🐅🐓

Завершена первая фаза масштабного проекта VGP: с 2018 по 2026 авторы сделали высококачественные сборки геномов 816 ныне живущих видов позвоночных - как минимум по одному из каждой клады. В том числе для сборок использовали PacBio HiFi, Oxford Nanopore и Hi-C.

Из интересного:

🦖 Реконструировали геном общего предка всех челюстноротых (464 млн. лет назад). Птицы оказались ближе всех к нему — перестроек в их геноме за миллионы лет было меньше всего.

🧏 Мутации в генах FOXP2 и NOVA1 (связаны с речью) оказались не уникальны для человека: похожие нашлись и у рыб, и у летучих мышей. Но у людей сложилась особенная комбинация этих мутаций.

👫 В сумме охарактеризовали 21 систему определения пола. Например, у утконоса и ехидны по 5 X-хромосом! А также открыли совершенно новые, ранее неизвестные половые хромосомы у пятнистой панцирной щуки и западноатлантической рыбы-свистульки 👀

📕 Анализ видов под угрозой вымирания показал следы инбридинга (близкородственное скрещивание). При этом численность популяции таких видов была низкой, кажется, аж последние 10 млн. лет.

Теперь начнется 2я фаза проекта - переход от "по виду в каждом отряде" к "по виду в каждом семействе". В финале проекта, после 4х фаз, ожидается получить сборки всех ~70 000 ныне живущих видов позвоночных. А в 2018 году все началось с всего лишь 15 опубликованных геномов.

Уже опубликовано более 200 работ на основе данных VGP, и в целом этот ресурс будет очень полезен для понимания эволюции, поиска лекарств и сохранения биоразнообразия 😊

The Vertebrate Genomes Project Phase I: A global reference genome resource | biorxiv 2026

Заказываю линзы онлайн - в поле выбора диоптрий правый глаз слева а левый глаз справа 🙄

Вроде и не ошибка, но братцы, верстайте свои сайты не нелогично)

Тут вчера Лена из Статистики и R вместе с Настенькой и графиками и Романом Kotelok устроили баттл по датавизу: R vs Python 📊
Было очень весело! Заходите посмотреть запись:)

📎 Баттл по датавизу | Youtube

Антропики тут выкатили новую модель: Fable 5️⃣, мол еще быстрее, выше и умнее.

В том числе в своем анонсе пишут что она еще успешнее в новых научно-биологических задачах, от drug design до single-cell genomics. Но проверить это пока что довольно сложно.

Дело в том что в целях безопасности Fable'у довольно строго ограничили возможность вообще касаться тем биологии и кибербезопасности. Настолько строго, что это стало поводом для новой волны мемов.

Сперва один пользователь не смог получить от него информации про то что такое митохондрии. То же самое оказалось для сердца. Да и даже одно слово "Cancer" или набор эмодзи "🦠🧬" заставляли его передать управление Opus 4.8 - другой, более слабой модели. Дошло до того что один пользователь вообще не смог с ним пообщаться т.к. у него в памяти было отмечено что юзер является биологом.

В общем слово дня: kneecapping: умышленное ослабление (путем простреливания коленных чашечек...)
В связи с этим устрою в комментариях подборку мемов на эту тему 👉👉

Игрался тут со статистиками в Strava и нашел одну очень прикольную спортивную метрику - число Эддингтона: число дней E когда вы преодолели не менее Е километров 🏃‍➡️. У меня оно равно 14, т.к. было 14 дней в которые я пробежал 14 и более километров ⭐️.

Изначально Эддингтон использовал его для велопробегов 🚴. У него оно кажется было равно 84, а вообще велосипедисты могут целиться на красивое звание обладателя Е-100: проехать не менее 100км не менее 100 раз (рис. 2) 🏆.

А прикольно это число тем что многие наверно уже узнали в нем h-индекс Хирша - меру публикационной продуктивности ученого 📚!

Оказывается это все вообще частные случаи квадрата Дарфи (см. последнюю картинку). На его основе можно строить такие метрики для всего чего сможете придумать!

Например:
📍Индекс кулинарного разнообразия: количество блюд n которые готовил n или более раз
📍Индекс садовода: количество растений n которые прожили n или более дней
📍Индекс траты жизни на рилсы: количество дней n в которые посмотрел n или более рилсов

Можете кидать свои идеи в комментарии:)
А я предлагаю создать ультимативную метрику успехов по жизни: количество таких метрик n которые у вас равны n или более 😁

А у Карины тут вышла статья про 🪸 динамику роста кораллов 🪸 в Science Advances!

Вот вы, например, знали что кораллы проявляют исследовательское поведение и формируют защитные стенки когда натыкаются на что-нибудь неприятное. И даже могут ретрактироваться в случае чего.

И все благодаря тому что всем было давно известно, что микроКТ-съемка убивает коралл, поэтому сделать ее можно только один раз, а Игорь придумал что можно таки подобрать условия чтобы следить за ростом одного и того же коралла день за днем.

И ребятам пришлось следить 😅
Они растили кораллы в Венском океанариуме и одним днем возили их снимать на microCT-scanner в Брно (это в соседней стране если что). Каждые две недели. На протяжении почти года.

📎 Coral growth, retraction, defense, and regenerative strategies revealed by live microCT | Sci Adv May 2026

Не буду сопровождать пост фотками т.к. несмотря на сокращения финансирования науки это все ещё не канал с интимками, но...


Базовое напоминание сделать / обновить ваши 💉 вакцины от клещевого энцефалита!! 🪳