from PhD import *

А у нас сегодня в Вене массовые демонстрации в защиту финансирования науки.

На прошлой неделе правительство запланировало снижение средств на ближайшую трехлетку на 6% по сравнению с предыдущей (и на 14% по сравнению с тем что требовалось для развития науки).

По оценкам должно быть около 15к сотрудников и студентов университетов. Наш ректор делал рассылку с призывом присоединиться. Например, у нас этот день не будет засчитан за прогул работы или учебы.

Пока мы только сформировали колонну MedUni и двигаемся присоединяться к другим университетам

> ИИ-ученые
Nature тут выложили back-to-back 3 AI-учёных: Robin от FutureHouse, Co-Scientist и ERA от Google DeepMind / Research 🤖

Разговоры про ИИ в науке ходят уже давно и одним из популярных способов критики всегда оставался тезис о том, что наука это не только про *делать*, но и про *думать*, и только люди способны ориентироваться в пространстве идей и вопросов и находить самые интересные из них. И вот эти три работы как раз исследуют возможности ИИ-автоматизированной генерации научных гипотез 💡. Robin и Co-Scientist сами разработали и предложили несколько вариантов терапий от сухой возрастной макулярной дегенерации и острого миелоидного лейкоза (в обоих случаях показали успешные in vitro проверки, которые все еще неисчетно далеки от каких-либо клинических испытаний)

Мне особенно понравилась часть где Co-Scientist'у поставили задачу понять механизм широкого распространения и быстрого переноса генов вирулентности и устойчивости к антибиотикам между различными видами бактерий 🦠 (например, между E. coli и K. pneumoniae). Через 2 дня Co-Scientist предположил что специальные хромосомные островки (cf-PICI) цепляются за хвосты бактериофагов и так путешествуют по миру. Прикол заключался в том что это недавно и открыли, но работа тогда еще не была опубликована.

Также принято говорить что ИИ-агенты галюцинируют до безобразия 🤪. Однако, во-первых, во всех работах стараются заявить что им удалось сократить эти галюцинации. А во-вторых, некоторый уровень галюцинаций это ведь ровно то что и отличает нобелевские открытия от обычного лабораторного копошения.

ERA - тоже интересный шаг вперед от гугла. DeepMind сделали себе имя обучая ИИ играть в компьютерные игры, но там понятные правила и понятные условия победы / поражения. Здесь же они превратили задачу написания научного софтвера в такую же "scorable task" 📈, например, с помощью использования уже готовых методов и датасетов для бенчмаркинга (e.g. OpenProblems). Так, например, ERA придумал новые методы батч-коррекции scRNA-seq данных которые обошли человеческие решения, например, комбинацию ComBat и BBKNN. Но справедливости ради ему так и поставили задачу - проанализировать существующие методы и попробовать их прокомбинировать. Ну и сомневаюсь что эти методы в итоге войдут в обиход.

В любом случае пока что можно не переживать, это все еще human-in-the-loop наука 👨‍🔬, где человек нужен чтобы и запустить этого агента и чтобы провести in vivo / in vitro валидацию (хотя про ИИ здесь тоже как-нибудь напишу). Но теперь ИИ нам позволяет не только по-быстрому накидать код или текст, но и целиком исследовать какую-нибудь гипотезу. У меня уже случилась ситуация, где я не очень успевал проверить все идеи в данных одного нашего коллаборатора, и он поручил их Kosmos'y (сукцессор-новация Robin'a).

Почитать про то какие возможности ИИ уже предлагает ученым можно в эссе от вице-президентов Google и DeepMind: Gemini for Science: AI experiments and tools for a new era of discovery 🦾.

📡 А еще заходите к Nature принять участие в опросе Do you hate or love AI? :)

—
Why AI cannot do good science without humans | Nature editorials
Teams of AI agents boost speed of research | Nature news

На днях в рамках цикла открытых лекций магистерской программы по мультиомике единичных клеток Томского НИМЦ рассказал про 🧬 single-cell 3D геномику!

На лекции шла речь о том, что конформация хроматина — ключ к пониманию и механистическому описанию регуляции экспрессии генов. Single-cell Hi-C и родственные методы позволяют увидеть, как разные ген-регуляторные программы реализуются в разных клеточных типах, а комбинация scHi-C с мультиомиксными подходами даёт возможность изучать эти программы сразу на нескольких уровнях.

📎 Запись вот здесь :)

Спорт высоких достижений - всё?

Сегодня случилось нечто невероятное - два спортсмена финишировали Лондонскиий марафон (42.2 км) менее чем за 2 часа!

Себастьян Саве пробежал его за 1:59:30, а Йомиф Кеджелча, хоть и пришел вторым, также выбежал его из 2х часов. Даже третий спортсмен, пришедший за 2:00:28 - финишировал быстрее прежнего мирового рекорда. Несколько лет назад у нас в Вене Элиуд Кипчоги стал первым в истории человеком выбежавшим марафон из 2х часов, но то было не в рамках официального зачёта и все-таки с некоторой помощью: с ним клином бежала команда пейсмейкеров, которая помогала ему держать темп и улучшала ему аэродинамику. Но Кипчоги показал что это возможно!

Также у женщин сегодня в Лондоне все 3 спортсменки на призовых местах обогнали предыдущий женский мировой рекорд. И вот я задумался:

А сколько мировых рекордов нам осталось? 😐

Как надо треннироваться чтобы суметь обогнать/перепрыгнуть/переметнуть/... уже имеющийся рекорд. И не окажется ли что мы поставим все рекорды и дальше физически эту планку будет не сдвинуть?🤨


Оказывается учёные тоже об этом давно думают. Berthelot et al. (2008) разобрали 3263 рекорда с 1896 года и показали, что прогресс идёт по затухающей экспоненте — к 2008 рекорды уже выжали 99% от своего теоретического потолка, а к 2027 половина из них вообще перестанет двигаться. Ganse & Degens (2021) прошлись по 120 годам австрийской лёгкой атлетики и нашли даже не плато, а прямо снижение: пик пришёлся на 1980–1999, дальше — хуже 😭.


Но есть и оптимисты — Tang et al. (2024) проанализировали 23 вида спорта за 2001–2020 и говорят, что лимит ещё не достигнут, рекорды продолжают улучшаться, просто медленно. Emig & Adam (2024) показали, что чисто физиологические параметры вышли на плато с ~2000 года, но рекорды снова посыпались с 2020-го благодаря карбоновым подошвам, системе Wavelight и др.

Вполне логично получается. Мы, кажется, и правда, все реже и реже будем видеть "чистые" рекорды. И теперь основная ответственность ложится на плечи инженеров, которым придется придумывать всё новые и новые решения, технологически помогающие спортсменам быть быстрее, выше, сильнее, но не нарушащие официальных правил всяких комитетов и в целом наших представляй о честности.

Интересно, как это повлияет на соревнования и что станет с Олимпиадой? С одной стороны люди не смотрят на рекорды, люди болеют здесь и сейчас за "своего" спортсмена который соревнуется с "чужим". С другой стороны, мировой рекорд должно быть ещё более почтеная и заветная мечта чем просто олимпийское золото. И скоро спортсменам придется остаться без нее. ☕️

А ещё на конференции нас вкусно кормили, возили на школьном автобусе, а в конце устроили концерт и поставили фотобудку.

Лайк конференциям от EMBL 👍
И в целом Гайдельбергу, но хотя не тому району города где у меня был хостел.

Сегодня выступил на конференции Brain (epi)genome в EMBO Heidelberg!

Рассказывал про то как Поликомб регулирует экспрессию генов в человеческих нейронах 🧠.

Посмотреть презентацию (и соответствующий ей препринт) можно тут: nvaulin.github.io/BrainEpiGenome2026

Во-первых, очень польщён тем что меня поставили первым докладом сразу после открывающей лекции! Как минимум это очень сильно бустит нетворкинг, потому что люди просто подходят пожаловать доп. вопросы и просто обсудить что-то по теме доклада. В конце конференции такой эффект думаю был бы минимальным.

Во-вторых, хочу сказать был удивлен количеством HiC данных у людей. Когда я начинал заниматься этой темой (а я начинал лет через 10 после того как HiC появился) - все ещё это был нишевый метод который люди не понимают. Сейчас на каждом докладе и на половине постеров он так или иначе всплывает: от изучения эпилепсии до регуляции ольфакторных рецепторов у мышей.

Есть постер про HiC мозгов муравьев!!! Не нашел докладчика - буду завтра ловить обязательно.

Из минусов - все двери бьются током.

Сегодня впервые участвовал в публичном забеге: 10К в рамках Vienna City Marathon 🏃‍➡️


Нам супер повезло с погодой, было солнечно и прохладно (после обеда обещают грозу!). И в целом в такой большой компании, на таком удобном маршруте - мне никогда так легко не бежалось. Буду ждать фоток, я там везде кайфую по полной.

Моя прошлая десятка была за 54 минуты, поэтому я сегодня был вообще в полном шоке увидев что пробежал за 47!
(официальное время по транспондеру 47:12)

В общем несколько личных рекордов, и юбилейная 75я активность в Strava! (Начал трекать ~год назад)

Ну все, теперь появился азарт, будем ловить слоты дальше 😆