Завершена первая фаза масштабного проекта VGP: с 2018 по 2026 авторы сделали высококачественные сборки геномов 816 ныне живущих видов позвоночных - как минимум по одному из каждой клады. В том числе для сборок использовали PacBio HiFi, Oxford Nanopore и Hi-C.
Из интересного:
🦖 Реконструировали геном общего предка всех челюстноротых (464 млн. лет назад). Птицы оказались ближе всех к нему — перестроек в их геноме за миллионы лет было меньше всего.
🧏 Мутации в генах FOXP2 и NOVA1 (связаны с речью) оказались не уникальны для человека: похожие нашлись и у рыб, и у летучих мышей. Но у людей сложилась особенная комбинация этих мутаций.
👫 В сумме охарактеризовали 21 систему определения пола. Например, у утконоса и ехидны по 5 X-хромосом! А также открыли совершенно новые, ранее неизвестные половые хромосомы у пятнистой панцирной щуки и западноатлантической рыбы-свистульки 👀
📕 Анализ видов под угрозой вымирания показал следы инбридинга (близкородственное скрещивание). При этом численность популяции таких видов была низкой, кажется, аж последние 10 млн. лет.
Теперь начнется 2я фаза проекта - переход от "по виду в каждом отряде" к "по виду в каждом семействе". В финале проекта, после 4х фаз, ожидается получить сборки всех ~70 000 ныне живущих видов позвоночных. А в 2018 году все началось с всего лишь 15 опубликованных геномов.
Уже опубликовано более 200 работ на основе данных VGP, и в целом этот ресурс будет очень полезен для понимания эволюции, поиска лекарств и сохранения биоразнообразия 😊
The Vertebrate Genomes Project Phase I: A global reference genome resource | biorxiv 2026