#tools
Время на прочтение - 5 минут
Сложность - 1/10
В это время года всё подходит к концу и начинается новый цикл бытия. Заодно хороший момент, чтобы поделиться некоторыми закладками и дополнить крайне популярный гайд по выбору растворителей и прошлогодние ссылочки.
Общие инструменты👾
➖draw.io - очень удобный и бесплатный инструмент для отрисовки диаграмм. Можно даже не устанавливать и работать из браузера.
➖Google NotebookLM - странно, что люди как-то редко о нём пишут. По сути это RAG, который можно собрать из ваших данных. Загружаете статью, получаете презентацию, карту идей и т.д. Бесплатно (пока что) и качественно.
➖Parallel Platform - поиск и анализ веб-данных, оптимизированные специально для ИИ-агентов, а не для людей, что даёт выше точность, более плотный контекст и ниже стоимость запросов. Тут без великой силы кошелька уже не обойтись.
➖LM Studio или Ollama - бесплатные инструменты, чтобы погрузиться в мир LLM без знания кода и оценить все возможности новой технологии. Однако тут может потребоваться компьютер чуть лучше калькулятора.
Обычный синтез⚙️
➖ChemSynthesis или SynArchive или Chemistry By Design - бесплатные базы данных по синтезу некоторых основных соединений. Reaxys или SciFinder не заменят, но при отсутствии альтернатив - неплохое подспорье.
➖Guide for the Selection of Green Chromatography Solvents - старый, но ещё актуальный гайд по подбору элюентов для хроматографии. Если нет времени и сил для прикидочного ТСХ, можно использовать для ментальной аппроксимации Rf.
➖How to Predict pKa - с предсказаниями pKa всегда какая-то неоднозначная ситуация. Если под рукой нет ACD/Labs или Marvin, можно использовать подобные инструменты. Хостинг внешний, поэтому молекулы лучше использовать аккуратно.
➖ACS Green Chemistry Institute - периодически я ссылаюсь на этот ресурс. Можно найти многочисленные руководства по выбору реагентов, растворителей и оценке "зелености" вашего химического процесса.
Ретросинтез/Хемоинформатика👨💻
Ввиду ограниченности академических решений, для праздного ретросинтетического интереса, можно обратить внимание на:
➖ASKCOS (MIT) - веб-инструмент для ретросинтеза и планирования маршрутов, функциональность ограничена, но концептуально полезен.
➖IBM RXN - облачная платформа для ретросинтеза и прогнозирования реакций, с упором на ML-подходы.
➖AiZynthFinder - open-source инструмент для ретросинтетического планирования, активно используется в академии как точка отсчета в бенчмарках.
➖SynPlanner - ретросинтетический инструмент, демонстрирующий применение MCTS для поиска химических схем. Полезен для понимания базовых принципов работы современных RT-алгоритмов; включает ссылки на обучающие Jupyter-ноутбуки.
➖Practical_cheminformatics_tutorials - отличный набор Jupyter-тетрадок для знакомства с RDKit и базовыми приёмами хемоинформатики.
➖NCI/CADD Group Chemoinformatics Tools and User Services - сервисы для идентификации молекул, конвертации форматов и мелких, но полезных задач.
Развлечения🙂
Ну и не всё же быть серьёзным:
➖Compound Interest: Infographics - те самые постеры про «химию вокруг нас».
➖ReactionGuessR или ReactionFlash — если хочется поразмять мозги и поугадывать именные реакции.
⚡️ PokeDrug - результаты вайб-кодинга вашего покорного слуги. Предлагается пройти небольшой квиз и проверить, сможете ли вы отличить покемона от лекарства
На абсолют не претендую, если вам кажется что мир должен знать о каких-то ресурсах - добро пожаловать в комментарии⏬
If none of this helps, feel free to label it “nice to have” and move on - that’s what we do with most tools anyway.
Пост - 60 минут