Вопрос: могут ли описываемые в Панчаратре божества (Каларатри, Шеша, Хануман/Прана/Кала) быть аллегориями на соответствующие силы мироздания, а не реальными существами?

Ответ: с точки зрения самой Панчаратры и традиционных вайшнавачарьев нет. Каларатри, Ананта Шеша - не просто поэтические аллегории, это конкретные сознающие агенты, обладающие яйностью и вьяктиттвой ("личностностью"). Ананта Шеша описывается в шастрах как "масса тамаса, свёнутая кольцами" (т.е. у него есть тело, состоящее из тонкой материи занимающее значительное пространство в этой вселенной), а также как "адхара-шакти", сила, на которой покоится мироздание. Для обычного земного наблюдателя его тело остаётся непроявленным, но активно влияющим на мир, например, как сила гравитации или тёмная материя. Каларатри и Ананта Шеша тесно связаны друг с другом: согласно "Адбхута Рамаяне", тела обоих состоят из тамаса ("тёмной материи" - तस्यैव भगवतो विष्णोस्तामसी मूर्तिः (tasyaiva bhagavato viṣṇos tāmasī mūrtiḥ)), оба связаны с силами времени и гравитации и оба они находятся в этой вселенной с самого начала её генезиса. Они - две стороны одной медали как изначальное женское и изначальное мужское начала. И через них (из Кали через Ананта Шешу), как Время зарождается из безвременья Непроявленного, приходит деятельный Повелитель и Бог материального мира Шри Хануман (Махакал):

यस्येह कालतः सृजति संजिहीर्षतोऽमर्षविरचितरुचिरभ्रुकुटिकराळवदनात् ।अन्तरतः एकादशव्यूहस्त्र्यक्षस्त्रिशिखो रुद्र उत्तस्थौ ॥

yasyeha kālataḥ sṛjati sañjihīrṣato ’marṣa-viracita-rucina-bhru-kuṭi-karāḷa-vadanāt |
antarataḥ ekādaśa-vyūhas try-akṣas tri-śikho rudra uttasthau ||

В своих 11 фоормах он уже имеет конкретную локу (обитель) внутри брахманды (вселенной), которую можно достичь и получить его личный даршан.