В 1558-63 гг. в заволжских степях разразилась страшная смута. Шла война между Исмаил-бием и его противниками во главе с мирзой Гази бен Ураком. На фоне войны начался страшный падёж скота, затем начали массово умирать от голода сами ногаи, наконец пришли и эпидемии. Родители массово продавали детей на рынках Астрахани в рабство русским, армянским и персидским купцам.

Можно сказать, что Мангытский Юрт стал первой жертвой климатического кризиса, достигшего своего пика в первой половине XVII в. От него очень пострадали впоследствии и Московское царство, и Османская империя, и немногим меньше другие европейские страны, и империя Мин в Китае. Но именно ногаям оправиться не было суждено.

По итогам ногайской смуты от орды в полмиллиона человек, гипотетически способной выставить 100 тыс. конных воинов (практически - тыс. 50) осталось менее половины. Да и те раскололись: в 1563-65 гг. война закончилась откочевкой антимосковски настроенных племён под защиту Крымского ханства на правый берег Волги и впоследствии к подножью Кавказа. Они и стали Малой Ордой. Уцелевшие подданные Исмаил-бия стали Большими Ногаями. Но это была лишь тень государства, всего полвеком ранее претендовавшей на господство на руинах Улуса Джучи.

В 1569 г. турки и крымцы совершили поход от Азова до Астрахани, надеясь восстановить Астраханское ханство и Мангытский Юрт пол руководством халифа, но эта попытка провалилась.