Kardymonchik Channel

Не люблю гендерные праздники. Но никого не призываю разделять со мной эту не любовь)
Поэтому, всех, не отягощенных бременем Y хромосомы, поздравляю с прекрасным весенним днем. Мира нам и помните, что вы можете всё!

Мои вам цветы!

📝 А тем временем вышла вторая статья из спецпроекта Биомолекулы и АИРИ «Как языковые модели покорили мир белков» .

Статья получилась очень интересная и качественная. Мария Кадукова и Павел Буслаев проделали колоссальную работу. Коллеги, спасибо огромное! 🙏

Но! это супер лонг рид) как раз для праздничных дней, где-нибудь в парке, принимая солнечные ванны на лавочке с чашкой любимого напитка:)
Надеюсь, вам так же понравится, как и мне 🌸

Пару недель назад с Вениамином Фишманом поучаствовали в записи подкаста «В мире ученых». Делюсь видео версией нашей беседы на YouTube

В честь Дня российской науки прочитала лекцию на тему «Как оставаться биологом в IT» в московских школах 1543 и 192.

1543 встретила 4-мя слушателями в 8:30 утра. Судя по встречающим, было приглашено сразу много спикеров, пришедшие школьники не сильно проявляли интерес к ИИ для ДНК и белков. Лекция была ровно 45 мин и ни одного вопроса… подумала что это ерунда какая-то, в следующий раз не пойду в роли аниматора к этим избалованным детям.

А вот 192 сегодня невероятно порадовала: полный зал. Дети - живые. Масса вопросов с первых же минут. С интересом к каждому слову. И про языковые модели для ДНК поговорили, и про генерацию белков, и про гигачат и Кандинский. Спрашивали про ИИ в медицине и материаловедении. А в конце лекции устроили мне «интервью у Дудя» вопросами в стиле
сколько сейчас зарабатывают биоинформатики и датасайнтисты и стоит ли покупать акции «Генетико».

Мне понравилось! Очень классные! К таким еще приду)

А пока думаю, что делать с накопившимися благодарностями в рамках и без… зачем их вообще дают? Можно на словах… так душевнее..

Поделюсь своим стандартным утренним диалогом дома последние пару месяцев.

Звонит будильник.
- Алиса, стоп. Разбуди меня через 10 мин.
…
- Алиса, стоп. Включи свет.
…
Коту:
- привет! Пойдем есть.
…
- Сбер, включи радио.
…
Без ИИ, по-старинке: варю кофе и кашу, оставляю настаиваться, принимаю душ.
…
- Сбер, какая сегодня погода?
….
- Алиса, что с пробками?

…. Сегодня собираюсь уходить из дома и слышу как из кабинета доносится от старой (3 года от покупки) беспроводной не умной колонки:
- …Please, charge….
….так грустно и трогательно…

И так мне ее жалко стало… почти как пожилых людей, ностальгирующих о молодости… так и хочется призвать беречь и уважать пожившие технологии и внесшее свой вклад в развитие современного мира. Мысленно обнимаю каждый свой неумный гаджет и от души благодарю 🙏🏻

Прочитала лекцию на зимней школе Плавучего Университета.

Вообще, была приятно удивлена: отдельный трек по ML в океанологии, который с азов просто невероятно понятно и просто рассказывает Михаил Криницкий. И у Миши еще есть силы в рамках курса с практикой хакатон запустить. И все это, похоже, один готовит!

На треке «Морская биология» были прекрасные доклады о применении ML для детекции разных организмов. Мне осталось только немного расширить кругозор нашими инструментами.

В общем, если тянет позаниматься ML в морской биологии - вам в Плавучий Университет!

Видели святящиеся петуньи?

Вообще получить светящееся растение - это колоссальный многолетний труд работы с геномом растения. Мы видели результат таких экспериментов в ИБХ РАН, очень впечатляет. А вот в Штатах впервые начали продавать такие петуньи.

Надеюсь, что коллеги из ИБХ скоро предложат свою продукцию с доставкой по России… вижу эту прелесть на даче у родственников… Им больше по стилю подойдет)

https://youtu.be/O0SVtJ41h8g?si=wmglOWX6tzdkzbkT

Про диффузию для белков

Для биологов:

если вы уже пробовали генерировать картинки с помощью Kandinsky или Midjourney - значит вы уже соприкасались с диффузионными генеративными моделями. По простому: модель обучается на огромном количестве картинок, зашумляет их, затем из этого шума выводит то, что вы у нее просите

Для датасайнтистов:

белок - это не картинка. Он, конечно, для вас выглядит как симпатичные яркие спирали и «червячки» со стрелочками, но - нет. Очень важно знать структуру с определенными углами и расположением атомов, так что диффузия белков - задача не для Stable Diffusion

Так вот…

как показали в ряде препринтов и работ в последние 1,5-2 года, делать белки диффузией можно! Причем можно генерировать как по 3Д- структуре (модель учится на зашумленных координатах атомов и углах), так и по тексту (аминокислотные сиквенсы). В обоих случаях белки генерируют как в безусловном режиме (просто из шума что-то получается похожее на белок и даже возможно этот результат синтезировать в белок), так и при условной генерации - когда мы настраиваем процесс генерации в нужном нам направлении для получения определенного белка с потенциально интересующими нас свойствами.

Для тех кто не понял зачем это нужно:

вообще-то это супермногообещающая разработка в создании новых белковых молекул, не существоваших ранее, для решения различных биотех задач: лекарства под нужные цели, белки-катализаторы различных процессов и многое другое. Потенциально такая генерация может существенно изменить подход к созданию новых препаратов.

Дегтя, чтобы можно было выдохнуть от прочитанного:

В большинстве случаев генерируется пока «так себе»белки. Чтобы получить тот самый эффективный - нужно проверить огромное количество в «мокрой» лабе как и на возможность в целом синтезировать в вещественный белок, так и его дальнейшую функциональную активность.

Ну и несколько ссылок на интересные статьи:

🍀 RFDiffusion

🍀 EvoDiff

🍀 Folding diffusion

🍀 Анимация принадлежит великим в Baker Lab

Я тут периодически озвучиваю, что надо бросить все и заниматься генетикой, научиться всем биоинформатикам хотя бы готовые DL инструменты запускать… так быстрее пойдет дело и с лекарствами, и профилактикой, и с долголетием… но вместо того, чтобы все бросить и заниматься действительно важным, мы считаем у кого сколько статей в A* и какая умная колонка лучше музыку подбирает… я, конечно, утрирую. Все эти A* перейдут рано или поздно и в нашу область и свое дело сделают. Но! Белорусские ученые! Зачем нужен 3д -принтер для котлет?… https://t.me/banki_oil/13738

Друзья! Я так редко пишу здесь, но почему-то вы продолжаете меня читать и подписываться. Спасибо что разделяете мои интересы!

Хочу поздравить вас с Новым годом! У кого-то он уже наступил, а кто-то еще ждёт, провожая 2023. Желаю вам мира, любви, здоровья и удачи. Остальное в ваших и наших силах достичь.

Привет, новые возможности и новые испытания! Я к вам готова!

Мне периодически делают замечание, что я близко к сердцу воспринимаю работу и слишком лично отношусь ко всему происходящему. Но я не понимаю как иначе, я же большую часть жизни вовлечена в рабочие вопросы, которые сильно пересекаются с моими собственными интересами… а иначе зачем это всё… а когда видишь прекрасных коллег вокруг, которые разделяют твои интересы, заражают своими идеями и очень рады периодически очно встречаться - границы между работой и жизнью просто исчезают. Мне, кажется, ни один психолог уже не поможет) да и не надо.

Хвастаюсь командой мечты) а еще здесь Манвел, который кинул «зерно» в нужную «почву», чтобы мы все вместе собрались. Вот так выглядят простые биоинформатики в AIRI )

Ребята, спасибо!🫶

Если вам интересна биология и вы еще не читаете «Биомолекулу» - очень рекомендую это исправить. А для легкого старта предлагаю свежую и первую статью в совместном спец проекте с AIRI “ИИ в биологии”. Объемное введение получилось в цикл статей, но, на мой взгляд, очень интересное!

🥯 - тг-канал «Биомолекулы»

🥐 - сайт «Биомолекулы» со статьями

🥖 - если не нашли ссылку на первую статью в тексте этого поста, кликайте сюда

Урааааа!!! 🍾🍾🍾

Пока я общалась в Noodome на тему «ИИ в медицине и генетике» Сбер назвал лауреатов научной премии 2023 года!

И я очень-очень рада, что в этом году в номинации «Науки о жизни» лауреатом стал энтомолог Алексей Полилов! Ну наконец-то!!! Незаслуженно на хайпе молекулярной биологии и генетики в тени остаются зоология и ботаника. 🐜🐛🐞

Премия присуждена за фундаментальные исследования в области миниатюризации животных и введение в науку модельных объектов, открывающих новые перспективы в нейробиологии, микроробототехнике и искусственном интеллекте.

🦋 ссылка на работы А. А. Полилова

Вчера вышла Gemini - альтернатива GPT-4 от Google. И пока все изучают метрики и характеристики модели, предлагаю посмотреть варриант ее применения на задаче поиска информации в текстах статей. Понятно, что ролик рекламный, но:

1️⃣ Хорошо, что его сделали и показали что как-то работает

2️⃣ Такие ролики в целом объясняют людям из разных доменных областей как можно использовать инструмент, уходя от логики "загуглить вопрос"

Полезные ссылки:

🟢 Introducing Gemini: our largest and most capable AI model - статья о модели и ее метриках

🟢The potential of Gemini - еще немного роликов как можно использовать Gemini для разных задач

Традиционно на AIJ готовлю что-то из того, чем мы занимаемся, но пока еще не опубликовали. И этот год не исключение: аккуратно заспойлерю нашу следующую модель среди обзора крутых решений последних лет. Среда, 22 ноября, главная сцена, мой выход по плану в 15:25:
https://t.me/airi_research_institute/364

На одном ученом совете в одном передовом НИИ один скромный академик прокомментировал наш доклад: "Нострадамус предсказывал, Ванга предсказывала, а вот теперь вы предсказываете. Люди могут предложить то, чего не было, а это всё ...". Хорошего дня, коллеги! Продолжаем ванговать)))

Вышла статья по модели PROSTATA для оценки термостабильности белков в Bioinformatics (Q1). И вроде радостно, что добили, и немного грустно. Препринт опубликовали аккурат перед новым 2023 годом. Далее подали в Briefings in Bioinformatics, где один из трех рецензентов был крайне резко негативно настроен к любым предсказательным моделям. Получили свой реджект и отправили просто в Bioinformatics. Оба журнала у одного издательства (OUP). Досчитали метрики, исправили рунглиш и все сработало. Тем временем препринт уже цитировать начали. И все бы ничего, да только время жалко.

Кто эта унылая женщина? Я себя вижу иначе) не согласна с Портретиист ))) но! #сделано_в_AIRI ❤️

У нас в группе открыта позиция NLP researcher!

Позиция примерно middle-senior грейда, хотя, как часто бывает при поиске сотрудника, финальные условия достаточно гибкие и зависят от результатов собеседований. Ожидаем, что наш лучший кандидат усилит подгруппу, занимающуюся языковыми моделями для ДНК и будет плотно работать в связке с Вениамином Фишманом, чье описание вакансии я сейчас правлю для вас, но некоторые вещи оставлю без изменений. :)

«Не привожу формальных требований к скилам. Они +/- обычные для DS-позиции. На всякий случай: "я уже знаю, как на питоне запустить градиентный бустинг, правда ещё не очень представляю как эта штука работает, и считаю, что нормальное распределение - это когда результаты получаются нормальные" - нет, этого не достаточно. <…>

Для меня очень важно чтобы человек был мотивирован, относился к делу не как к работе "от сих до сих", а как к возможности на базе Института либо сделать великое открытие, либо подготовить почву для своего будущего стартапа. Опыт работы в академии и степень приветствуется, но не является обязательным.»

🧬 откликнуться на вакансию нужно тут

🧬 прочитать про семейство языковых моделей GENA-LM можно тут

🧬 вопросы по вакансии можно задать нашему прекрасному рекрутеру - Елене Мунировой (tg: @Elena_Munirova)

Пост для тех, кто хочет принять участие в AIJ Contest и побороться за призовой фонд 👀

Самое время погрузиться в хакатон и послушать рассказ про совместную задачу AIRI и ИЦиГ СО РАН по детекции хромосомных перестроек по Hi-C картам от авторов.

🧬 Завтра (17 октября) в 16:00 пройдет онлайн-трансляция, на которой Ольга Кардымон и Вениамин Фишман расскажут структуру задачи Rescue AI, метрики качества для оценки решений и baseline. На вебинаре также можно будет пообщаться с командой проекта и задать интересующие вопросы.

Подключиться на трансляцию можно по ссылке.

#хакатоны