Kardymonchik Channel

👀 Как провести осеннюю субботу с пользой для ума? Сходить на Всероссийский фестиваль Наука 0+ и узнать, где дружат ИИ и молекулярная биология.

Куда идти?
К 11:30 в аудиторию В4 Шуваловского корпуса МГУ по адресу Ломоносовский просп., 27, корп. 4.

О чем лекция?
За последнее десятилетие собраны огромные массивы молекулярно-генетических данных, секвенированы сотни тысяч геномов человека и других организмов, найдены новые цели для разработки лекарств. Параллельно в области искусственного интеллекта появляются СhatGPT, Kandinsky, Midjourney и другие прорывные модели, с помощью которых за секунду можно написать текст или создать любую картинку. Где пересекаются эти, казалось бы, далекие друг от друга области? Расскажет Ольга Кардымон, руководитель научной группы «Биоинформатика» Института искусственного интеллекта AIRI.

😁 Увидимся в МГУ!

Нобелевская премия по физиологии и медицине только что выдана Каталин Карико и Дрю Вейссман за мРНК вакцины от ковида. Очень быстро в этот раз награда нашла своих героев. И да, не все в этом мире делается при помощи ИИ. Хотя сколько моделей было натренировано для короновируса и ковида… плохих и … интересных)

С апреля GENA-LM скачивается около тысячи раз каждый месяц. А вот статистика за сентябрь - более 2-х тысяч скачиваний только с Hugging Face! 🤗

Так) Стартуем!!!👨‍💻👩‍💻🧑‍💻👩‍💻🧑‍💻

Второй год в рамках AIJ Contest наша команда предоставляет задачу по биоинформатике. В этом году задача подготовлена совместно с ИЦИГ СО РАН и под бдительным контролем Вениамина Фишмана (AIRI, ИЦИГ).

Предлагаем участникам попробовать свои силы в детекции хромосомных перестроек по Hi-C картам: увидите представление генома не по последовательностям букв, а по картинкам, отражающим 3D-укладку в ядре.

Что важно:

🍀 Уже можно регистрироваться здесь и изучать задачу. На следующей неделе можно начинать делать сабмиты первых решений. Срок конкурса - до 7 ноября

🍀 Все задачи в рамках AIJ Contest 2023 здесь . Вас никто не ограничивает только задачей по поиску хромосомных перестроек - можете испытать свои силы во всех задачах сразу и выиграть весь призовой фонд

🍀 Официальный пресс-релиз про соревнование здесь .

Всем участникам желаю удачи и до встречи на ознакомительном вебинаре!

Готовлюсь выступать на баттле «Биоинформатик vs ИИ» за сторону ИИ (хотя какой тут баттл… Мир, дружба, жвачка …и вместе в светлое будущее). И что я вижу? В Science вчера вышла статья про AlphaMissence - модель, для предсказания патогенности мутаций в кодирующих областях генома, объединившая в себе и Alphafold, и Enformer! Вот здесь ! Жду окончания баттла, чтобы дочитать спокойно об этой подающей надежды архитектуре.

Ps. Нет там никакого энформера, видимо померещилось перед докладом, где его упоминала. Evoformer в архитектуре.

Наткнулась на хороший пост, рассказывающий, что такое языковые модели и как они используются для работы с геномными данными. Для тех, кому надо «просто и понятно», рекомендую Large Language Models in Molecular Biology на Medium

Прилетела прямо в руки) приятно

Наконец-то, 8 июля 2023 вышла книга «Artificial Intelligence for Healthy Longevity» под редакцией А. Москалева, И. Стамблера и А. Жаворонкова. В начале 2021 Алексей Москалев пригласил нас поучаствовать в создании этой книги и написать главу про AI в геномике и эпигеномике. Пока раскачались, пока написали - уже начало 2022. Дальше больше года редакторской работы по объединению всех глав, структурированию материала и в 2023 книга вышла в свет. С нетерпением жду бумажный вариант, знаю кто с интересом ее прочитает и оценит. И я рада, что удалось поучаствовать в этом проекте.

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-35176-1_11

P.S. как верно подметил Никита Иванисенко, за это время пора уже новую главу писать. Что-то устарело, много нового появилось

Пока некоторые кураторы программ в одном ведущем ВУЗе РФ считают, что студентов надо учить гуглить, я уверенно заявляю что студентов надо учить писать промты и после критически проверять полученный результат. Вот по первому пункту есть курс от создателей chatGPT. Намереваюсь пройти (хотя бы по диагонали). https://t.me/dl_stories/780

Меня часто спрашивают, где можно поучиться анализу геномов. Вот очень крутой курс придумали коллеги из Сколтеха. Осенью, по субботам, целый день с геномами растений и людьми, которые в этой теме точно глубоко и по-настоящему… что может быть лучше. И бесплатно. В общем, до 1 августа прием заявок здесь

Если вы вдруг пропустили семинар OpenBioML по семейству языковых моделей ДНК GENA-LM - не беда. Уже доступна запись на ютубе: https://youtu.be/AiVTdcdpq-g

Сегодня к нам в гости приходил сам великий и прекрасный Антон Чугунов!!! Ученый-биолог, занимающийся моделированием белков в ИБХ, автор образовательных курсов, учредитель и главный редактор «Биомолекулы», а еще человек - «делать». Со студенческой скамьи восхищаюсь Антоном и очень рада, что появилась идея совместного проекта.
А еще Антон в этом году сделал совершенно новый классный курс на Физтехе "Новости компьютерного моделирования биосистем". Все лекции выложил на ютуб, чтобы как всегда хорошо было всем) а 7-8 лекции про современные AI - подходы. В общем, рекомендую очень! А Антону большое спасибо за проделанную работу и открытый доступ к знаниям.

Ссылки по темам лекций:

1. Моделирование рецепторов
2. Моделирование ионных каналов
3. Моделирование больших и сверхбольших систем
4. Без коронавируса не обошлось
5. Фолдинг и взаимодействие молекул
6. Новые технологии молекулярной динамики
7. AlphaFold и RoseTTAFold — нейросетевое шаманство?
8. Белковый дизайн — технология будущего

Или всё это в плейлисте

Завтра вечером Вениамин с Юрой расскажут про семейство GENA на журнальном клубе биоинформатиков из discord. Приходите послушать: https://t.me/airi_research_institute/287

Кстати, мы тут поняли, что Гена стал Джиной на английском) первое женское имя в названиях наших моделей

Как же тяжело упрощать информацию в живой беседе. Нет-нет и случайно соврешь. Не потому, что хочешь обмануть, а лишь потому, что неудачно сократил или пример выбрал. И обычному слушателю это непонятно, а сама, когда переслушиваю, ловлю, что вот тут не совсем так, но близко. А вот тут могла бы и удачнее пример использовать. А вот здесь какое-то дурацкое слово: и не русское, и не английское. И отдельно озадачивает, когда после, на мой взгляд, максимально упрощенного и переформулированного материала для широкой публики после лекции подходят слушатели и говорят: «Спасибо, Ольга! Невероятно интересно. Но ничего не понятно)))» Ох, когда-нибудь натренирую навык и просто, и понятно, и не соврав ни разу. А пока делюсь крайним интервью о себе любимой, группе и наших проектах: https://t.me/dl_stories/772
Интервью записывалось по заранее собранным вопросам в анонсе подкаста.

Не могу не поделиться этой новостью. Вообще-то, это невероятный успех победить в таком соревновании. Часто пиарят разработки на основе ИИ, которые выглядят как что-то очень крутое, но если начинать вникать и копать - то находишь решения и получше, и в большом количестве. А тут ребята показали, что могут лучше, чем другие команды в мире решать задачи навигации роботов. Это очень круто! Возвращает к пониманию, что мы способны не догонять в своих разработках, а задавать тренды. Коллеги, поздравляю! https://t.me/airi_research_institute/284

Съездила сегодня на завод Biocad. Теперь я знаю как из 120 мл клеток яичников китайского хомячка с вектором нужного содержания получают 12 кг антител. Очень впечатлило.

Продолжаем рассказывать про выступления исследователей AIRI на ПМЭФ 👀

На сессии «AI Journey: путешествие в мир искусственного интеллекта», которая начнется завтра в 14:00, спикеры обсудят сразу несколько актуальных вопросов:

– Какие новейшие разработки и тренды можно выделить в области AI/ML?
– Какие результаты могут быть достигнуты в направлении AGI?
– Как применяется искусственный интеллект сегодня и как он влияет на нашу жизнь?

Подключайтесь к онлайн-трансляции📼

Подключайтесь, будет интересно

Друзья, пока мы досчитываем эксперименты с GENA на архитектурах Memup и RMT, быстро подготовили препринт по уже проделанной работе с остальными моделями семейства. Здесь вы найдете и подробное описание как обучали модели, и чем отличаются между собой, и сравнение на 5 задачах: поиск промоторов, аннотация сайтов сплайсинга, профилирование хроматина, полиаденилирование и определение энхансеров и дрозофилы. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.12.544594v1 .

На этой неделе столкнулась с критикой разработок нашей команды и меня лично. Но что можно сказать лучше, чем говорят цифры. Языковая модель ДНК GENA за последний месяц в 2-х архитектурах суммарно набрала более 1 000 скачиваний. А мы еще не успели статью дописать…https://huggingface.co/AIRI-Institute