Скрупулёзный - через фр от лат scrupulus = досл маленький острый камешек - уменьш от scrupus = острый камень/булыжник

Считается, что Цицерон был тем, кто использовал это слово в переносном значении "беспокойство", вероятно, из-за схожих ощущений, когда в обувь попадал мелкий камешек. В частности отсюда же и
англ scruple = угрызение совести; сомнение

Но сохранились и когнаты с более близким значением к дословному:
англ scruple = крупица; скрупул (античная мера веса = 1/24 унции в Древнем Риме, в средневековье - аптекарская мера веса = 20 гран)

Очевидно, уже отсюда берёт начало переносное значение "с большой аккуратностью, тщательно"

Зная этимологию этого слова, вы никогда не ошибётесь в его написании :)