Будет ли в google shopping засчитано конверсию, если клиент попал на сайт по одному линку на один товар, а купил другой?

Будет! На уровне кампании будет засчитана конверсия, будет на уровне групп товаров, но не найдете конверсию на уровне товаров. Так как по этому товару не было перехода или показа под эту конверсию.
Но на кампанию верно причислится конверсия!!!! Ведь это она сделала эту продажу, точнее привела человека, который потратил деньги.