Про белковые языковые модели (БЯМ, или PLM) мы уже рассказывали довольно давно. А как их можно применять на практике? Например, чтобы «прощупать» последовательность белка и понять, какие аминокислоты эволюция разрешает поменять, а какие почти наверняка лучше оставить на месте.

Для каждой позиции БЯМ рассчитывает вероятность всех 20 аминокислот. Если модель уверенно выбирает один вариант — позиция консервативна, ее лучше не трогать! Если вероятности распределены между несколькими аминокислотами, значит, здесь возможны замены.

Так получается карта толерантности — своеобразная карта допустимых изменений в белке, которые мы можем использовать как ориентиры.

На рисунке показан пример для харибдотоксина (пептид из яда скорпиона Leiurus quinquestriatus): хорошо видны консервативные цистеиновые остатки (под буквой С), образующие дисульфидные связи.

Но это лишь начало! Дальше начинается самое интересное: как использовать эту карту, чтобы не просто находить допустимые замены, а создавать белки с нужными свойствами.

Об этом вы узнаете в нашей новой статье!

#Биомолекула_инфографика