Про неочевидные случаи, когда может быть квалифицирована утрата права на УСН: 

1. Вывод о наличии филиала (в п.3 ст. 55 ГК РФ указано, что сведения о филиале должны быть внесены в ЕГРЮЛ и что филиал действует на основании положения – в рассматриваемом далее кейсе этих обстоятельств не было). 

Выдержки из Постановления Арбитражного суда Московского округа от 10.04.2026 N Ф05-2988/2026 по делу N А40-24563/2025 (Определением Верховного Суда РФ от 03.06.2026 N 305-ЭС26-5241 отказано в передаче дела в Судебную коллегию по экономическим спорам Верховного Суда РФ, проигрыш налогоплательщика):
«… судами обеих инстанций сделан вывод, что обособленное подразделение КПК "ТЭК" в Челябинске обладало признаками филиала согласно статье 55 Гражданского кодекса Российской Федерации:
располагалось вне места нахождения головной организации,
осуществляло функции головной организации,
имело стационарные рабочие места и
более 70% сотрудников кооператива осуществляли трудовую деятельность в обособленном подразделении кооператива в г. Челябинск;
помещение для подразделения арендовалось с большей площадью, чем для головного офиса организации;
клиенты взаимодействовали преимущественно с челябинским подразделением;
фактическое обслуживание пайщиков, включая оформление сделок и выполнение иных юридически значимых действий, осуществлялось через обособленное подразделение в г. Челябинске.
Учитывая установленные обстоятельства, суды обеих инстанций признали, что подразделение соответствовало определению филиала, что лишило кооператив права на применение упрощенной системы налогообложения в силу подпункта 1 пункта 3 статьи 346.12 НК РФ». 

2. В Постановлении Арбитражного суда Московского округа от 17.07.2025 г. № Ф05-8007/2025 по делу № А40-282446/2024 (Определением Верховного Суда РФ от 11.09.2025 г. № 305-ЭС25-8864 отказано в передаче дела № А40-282446/2024 в Судебную коллегию по экономическим спорам Верховного Суда РФ, проигрыш налогоплательщика) рассмотрена такая ситуация. Налогоплательщик оспаривал выводы ФНС о неправомерном занижении остаточной стоимости основных средств Общества с целью соблюдения критериев для применения специального налогового режима в виде УСН, в результате умышленного занижения цены приобретения нежилого здания путем заключения договора купли-продажи недвижимого имущества с взаимозависимым лицом, по цене ниже рыночной. Указанные выводы ФНС послужили основанием для признания налогоплательщика утратившим право на применение УСН и доначислений налогов по общей системе. 

3. Есть интересное дело, где ФНС сделала доначисления по причине неотражения дохода, полученного в результате существенного занижения цены сделки при приобретении недвижимого имущества у взаимозависимых лиц (ИП на УСН приобрел у двух взаимозависимых организаций торговый центр по цене более чем в 10 раз ниже рыночной), ФНС также был сделан вывод об утрате ИП права на применение УСН и доначислены налоги по общей системе налогообложения (НДФЛ и НДС), писал об этом здесь: https://t.me/victornalogi/69 

4. Продажа налогоплательщиком на УСН взаимозависимому лицу по цене ниже рыночной, после вменение дохода для целей налогообложения исходя из рыночных цен может произойти утрата права на УСН – дело № А70-16528/2019 

5. Вменение дохода лицу на УСН в случае дебиторской задолженности взаимозависимого лица - п.10 Обзора практики применения арбитражными судами положений законодательства о налогах и сборах, связанных с оценкой обоснованности налоговой выгоды, утвержденный Президиумом Верховного Суда РФ 13 декабря 2023 года, Постановление Арбитражного суда Уральского округа от 07.06.2022 по делу А71-16207/2020.