Как читать научные статьи в анализе NGS?

Чтобы понять, патогенен ли вариант у наших пациентов, нам часто приходится сначала проверить, насколько патогенны были те, о которых пишут в статьях. В итоге мы анализируем случаи из публикаций почти так же тщательно, как свой.

Поэтому важно уметь отличать сильные статьи от тех, где выводы переоценены или слабо обоснованы. Рассказываем о ключевых признаках хороших публикаций в области редких заболеваний и раздаем советы😏, как их читать критически.

Маленькая выборка не всегда плохо
Большая когорта пациентов в статье может восприниматься как более надежное исследование, однако это не всегда так. В медицинской генетике даже один хорошо изученный пациент или одна семья могут дать много ценной информации. А вот большая выборка без подробной клинической информации и семейной истории может не дать ничего нового.
📝Совет: смотрите не только на N, но и на методологию, полноту клинического описания.

Контрольная группа в генетике – это gnomAD
Мало найти подозрительный генетический вариант у пациента, нужно доказать, что именно он стал причиной заболевания. Одно из доказательств патогенности генетического варианта – это низкая частота его встречаемости среди здоровых людей. Сегодня для этого используют большие популяционные базы данных, прежде всего gnomAD. Если вариант встречается в gnomAD с высокой частотой – это сразу ставит под сомнение его патогенность. Хорошо, если авторы также проверили популяционную частоту в какой-то локальной базе, особенно если популяция мало представлена в gnomAD.
📝Совет: проверяйте в gnomAD последней версии все варианты, описанные в статье.

Наследование и de novo
Ещё одним доказательством патогенности варианта может быть сегрегация варианта среди больных членов семьи. Так как большинство вариантов унаследованы от одного из родителей, настоящую силу сегрегация имеет, если вариант есть у всех больных, при этом отсутствует у здоровых. Чем больше членов семьи исследовано, тем сильнее доказательство. При рецессивных заболеваниях сегрегацию показать сложнее, но если в семье есть несколько детей – важно, чтобы их статус был проверен.

Для тяжелых фенотипов семейной истории ожидать не стоит. В таких случаях для доминантных заболеваний важно доказать статус de novo варианта: отсутствие варианта у здоровых родителей. Для рецессивных заболеваний и обнаружении компаунд-гетерозигот мы обращаем внимание, показано ли, что варианты находятся на разных хромосомах. И при этом подтверждено отцовство и материнство. Трио-экзом или трио-геном приравниваются к анализу родительства.
📝Совет: смотрите, был ли установлен статус варианта (наследование, сегрегация, de novo) и подтверждено ли родительство.

Анализ альтернативных причин
В хорошем исследовании авторы не только стараются подтвердить свою гипотезу, но и проводят честный анализ альтернативных причин. Особенно это важно для заболеваний с широкой клинико-генетической гетерогенностью. Если исследователи сфокусировались только на одном гене, не проверив другие возможные причины, доверие к выводам снижается. Лучше всего если в статье исследовали геном, а ещё лучше трио геномов.
📝Совет: обращайте внимание, какие генетические и негенетические причины рассматривались авторами, какие методы секвенирования использовались, сколько генов было охвачено и насколько фенотип пациента специфичен.

Функциональные данные
Функциональные исследования помогают не только подтвердить патогенность варианта, но и понять механизм заболевания. Это не обязательное условие для доказательства патогенности, но это особенно важно, если отсутствуют другие данные. Функциональный анализ может включать оценку структуры мРНК, экспрессии, работу гена с вариантом в клетках или на модели животных.
📝Совет: оценивайте насколько функциональный анализ отражает связь генетического варианта с развитием заболевания, особенно при недоступности других доказательств каузативности.

💬Присылайте в комментарии статьи, и в следующих постах мы разберем их и покажем на практике, на что мы обращаем внимание.

#медген_ученый_вариант | @variant_scientist