Объяснительная, почему заключения бывают пустыми

Диагностическая ценность секвенирования методом NGS находится в районе 35%. То есть около 2/3 пациентов остаются без установленной молекулярно-генетической причины заболевания даже после полного экзома или генома. От таких сложных и дорогостоящих методов диагностики часто ожидают большего. По крайней мере, мы регулярно сталкиваемся с недовольством и пациентов, и врачей при выдаче "пустого" заключения🐱 Но если причину заболевания не удалось установить сейчас, это не значит, что ее не удастся найти в будущем.

Глобально можно выделить четыре ситуации, в которых причина заболевания не будет найдена.


⭕️Искали не там, где находилась причина заболевания
У всех методов есть ограничения и не все исследования одинаково хорошо способны выявлять различные типы генетических нарушений. Полное экзомное секвенирование обычно не позволяет выявлять варианты в некодирующих областях, например интронах и регуляторных участках. Или материал, из которого выделили ДНК, выбран неверно: соматические генетические изменения можно обнаружить только непосредственно в пораженной ткани, и в венозной крови их может не быть. Заболевания импринтинга вообще требуют специальных подходов, и стандартный NGS не всегда позволяет их диагностировать.
📝Что делать? Проверить, какие типы вариантов и гены охватывало исследование, и при необходимости выбрать другой метод. Универсального совета, какой именно тест выбрать, здесь нет: все зависит от клинической картины и уже пройденного пациентом диагностического пути.


⭕️Искали где нужно, но не нашли
Особенно сложные для секвенирования и выравнивания регионы (например, участки с паралогами и псевдогенами или GC-богатые регионы) это прямое ограничение метода NGS. Такие участки могут присутствовать в данных, но корректно секвенировать, картировать и интерпретировать их бывает сложно. Коллинг вариантов тоже неидеален: вариант может присутствовать в исходных данных, но быть пропущен алгоритмом или отфильтрован на последующих этапах анализа. Сюда же можно отнести низкоуровневый мозаицизм. Даже если исследована подходящая ткань, при низкой доле молекул с вариантом алгоритм не всегда может отличить его от артефакта секвенирования.
📝Что делать? Проверить качество покрытия интересующих регионов и при необходимости использовать другой метод. Как правило, информацию о покрытии, ограничениях метода и качестве данных можно найти в заключении или запросить у лаборатории.


⭕️Нашли, но не распознали как причину заболевания
Чаще всего это происходит потому, что связь того самого гена с конкретным фенотипом пока не установлена. При этом новые ассоциации генов с фенотипами регулярно описывают и публикуют (до 200 в год). Бывает и другая ситуация — важные симптомы могли еще не проявиться или не быть распознаны на момент исследования. Тогда связать найденный вариант с заболеванием тоже бывает сложно.
📝Что делать? Провести переанализ данных через 1-2 года, обязательно с обновленной клинической информацией. В таком случае можно не проводить "мокрую" часть исследования снова. Полученные ранее данные можно заново обработать и интерпретировать в той же или другой лаборатории.


⭕️Причина заболевания вообще не генетическая
Доказать это практически невозможно, потому что генетический анализ может только найти причину, но не исключить.
📝Что делать? Рассматривать и негенетические причины заболевания: интоксикации, травмы, новообразования, аутоиммунные процессы и другие приобретенные состояния.


В этом списке мы не затрагивали человеческие ошибки, хотя они, безусловно, случаются на любом этапе диагностики. Даже если все сделано правильно, существуют объективные причины, по которым путь к диагнозу может затянуться. Диагностика редких заболеваний — это не одномоментный тест, а процесс, который зависит от качества клинических данных, возможностей выбранного метода и текущего уровня фундаментальных знаний в медицинской генетике.

#медген_ученый_вариант | @variant_scientist