Осязаемая наука / ОсяЗАЙКА

У проекта SciTopus обновился список научпоп-каналов. В этот раз он вырос до 600 каналов. Над обновлением работали несколько десятков популяризаторов науки, анализируя больше 1,5 тыс. каналов.

Публикация новых роликов автоматическая: t.me/SciTopus

А список проекта переехал на их сайт: scitopus.com/youtube-list

Распечатал конструктор ДНК в НЕНАТУРАЛЬНОМ виде.

Лишь спустя два года неуверенного использования 3Д-принтера до меня дошло, что можно печатать какие-нибудь биологические модельки, например, ДНК (а не только коробки). И когда я загуглил 3D модель ДНК, конечно же, такой титанический труд уже кто-то проделал.
Оказывается, можно распечатать собственный ДНК-конструктор: отдельно сахарофосфатный остов, отдельно азотистые основания.

Что я собрал? Моя первая двойная спираль получилась нетрадиционной*: у меня были только гуанины (черные) и аденины (красные) — пришлось спарить их. На фото можно видеть что у каждого гуанина торчит один штырек — это его неспаренная водородная связь. Думаете, плохая модель раз она нарушает принцип комплементарности? Ан нет, про неканонические основания есть большая наука и именно такое спаривание аденина и гуанина наблюдается, правда, для РНК.

_____________________________________________________________
(запрещена на территории Российской Федерации)

30 октября, в День памяти жертв политических репрессий, вспомним генетиков, которые были арестованы по ложным обвинениям и расстреляны либо умерли в заключении или в связи с преследованиями.

Николай Иванович Вавилов (1887-1943) – академик АН СССР, создал учение о мировых центрах происхождения культурных растений, учение об иммунитете растений, открыл закон гомологических рядов в наследственной изменчивости, создал крупнейшую в мире коллекцию семян культурных растений, основатель Института генетики АН СССР. Арестован в 1940 г., приговорен к расстрелу, в 1943 г. умер от истощения в тюрьме.

Николай Константинович Кольцов (1872-1940) — чл.-корр. АН СССР, один из создателей отечественной школы экспериментальной биологии, первооткрыватель внутриклеточного цитоскелета, автор гипотезы о матричном синтезе хромосом и их эпигенетических изменениях, гипотезы о химическом и радиационном мутагенезе, создатель Института экспериментальной биологии. Был арестован в 1920 г., впоследствии амнистирован. В 30-е годы подвергался травле. В 1939г. отстранен от руководства институтом. Умер от сердечного приступа.

Сергей Сергеевич Четвериков (1880-1959) – генетик-эволюционист, сделавший первые шаги в направлении синтеза менделевской генетики и эволюционного учения, его представления легли в основу синтетической теории эволюции. В 1929 г. был арестован и сослан. После сессии ВАСХНИЛ 1948 г. его работы были подвергнуты запрету.

Григорий Андреевич Левитский (1878 -1942) – чл.-корр. АН СССР, цитолог, морфолог растений, генетики, ввел термип «кариотип» в современном его понимании. Соратник Н.И.Вавилова. Был арестован в 1933 г., в 1937 г. и в третий раз — в 1941 г. по «вавиловскому делу». Умер в тюрьме.

Георгий Дмитриевич Карпеченко (1899-1941) — известен работами в области отдаленной гибридизации, показал возможность преодоления стерильности межвидовых гибридов. В 1941 г. арестован и расстрелян.

Георгий Адамович Надсон (1867-1939) – академик АН СССР, генетик, микробиолог, доказал возможность искусственного получения мутаций под действием ионизирующего излучения. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Израиль Иосифович Агол (1891-1937) – академик АН УССР, исследовал генетические изменения под влиянием рентгеновского излучения, занимался философскими вопросами естествознания. Арестован в 1936 г., расстрелян.

Соломон Григорьевич Левит (1894-1938) — основоположник советской медицинской генетики, создатель Медико-генетического института. С 1936 г. стал подвергаться травле, снят с поста директора института, в 1938 г. арестован, расстрелян.

Георгий Кардлович Мейстер (1873 -1937) – академик и вице-президент ВАСХНИЛ, специалист в области селекции зерновых и зернобобовых культур. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Константин Андреевич Фляксбергер (1880-1942) — специалист по генетике и селекции пшеницы. Арестован в 1941 г., умер от истощения в тюрьме.

Леонид Ипатьевич Говоров (1884-1941) — генетик растений и селекционер. Арестован в 1941 г., расстрелян.

Николай Константинович Беляев (1899 -1937) — генетик и селекционер. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Василий Николаевич Слепков (1902-1937) – генетик, ученик А.С. Серебровского, исследовал искусственный мутагенез. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Владимир Петрович Чехов (1896-1937) – систематик и генетик растений, изучал влияние рентгеновских лучей на мутагенез. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Лев Вячеславович Ферри (1904-1944) – генетик, ученик А.С. Серебровского. Арестован в 1932 г., в результате преследований покончил с собой.

Г.Г. Фризен (1905- 1942) — расстрелян.

Время движется быстрее ДНК-полимеразы на цепи ДНК, а я продолжаю постить одни тизеры.
На фото — агарозный гель после ДНК-электрофореза — технологии разделения молекул ДНК по их размеру. Образцы — это продукты ПЦР, который, по моей задумке, размножает небольшой кусочек ДНК с большой и закольцованный молекулы ДНК — плазмиды (как в биошоке!). ПЦР проходил на моем устройстве и на дорогом лабораторном.

Я же проверял, как хорошо справится свой домашний прибор ПЦР-амплификатор с коротким и относительно простым фрагментов ДНК.

Рыжие светящиеся полоски это продукт («да», «есть», «все хорошо») — молекула ДНК вполне определенного размера - такого как я задумал. Светодиоды — яркие и синие без ультрафиолета подсвечивают ДНК связанную с краской.

Слева направо две группы по три полоски — одни и те же образцы, но одна тройка была поставлена на дорогом научном устройстве, а другая тройка — на моем домашнем. Читателю предлагается догадаться, где какая и сделать вывод.

Таймлапс подосиновика. Растет.

Но наблюдение за растениями рядом (UPD: зеленый клевер!) доставляет особое наслаждение.
То, как раскрываются листья утром, как они сворачиваются ночью, как циркадный ритм у некоторых растений сбоит из-за лампы камеры — заставляет задуматься, — растения не сидят неподвижно на месте.

https://www.youtube.com/watch?v=aoHjunXwlO8

(не мое)

Позволю себе запостить более информативное фото собранного устройства для визуализации ДНК.
Видны крокодильчики, которые я отобрал у электрофорезника, синий светодиод и оранжевая прозрачная крышка от какой-то коробки.

Синий светодиод видно через оранжевую пластинку потому..., (ну потому что потому).... он не лазер, он светит все длины волн, но остренький пик у него именно в синем. Смотреть на него без пластмасски невозможно — он очень яркий.
Еще, без этой пластинки свет ДНК не видно — не хватает контраста, все пересвечено.

Fun fact: Прозрачные цветные пластинки пропускают только свет того цвета, которым они выглядят. То есть оранжевая пластинка пропускает только оранжевый, и не пропускает все остальное. Пластинка не идеальная, поэтому наверное какое-то небольшое количество синего, зеленого и других она пропускает. Диапазон всегда какой-то есть.

А вы как думаете, почему видно синий диод — виновата неидеальная пластинка или неидеальный диод?

(продолжение)

Оказывается, что этидий бромид возбуждается не только в жестком ультрафиолете, но и — внимание! — в обычном синем цвете, просто это в 10 раз хуже, чем УФ, и все забивают на это свойство.

Я вооружился мощным синим светодиодом доступным в чипе и дипе, прогнал форез остатков ДНКи в течение 5 минут на своем форезнике дома — просто чтобы днк зашла в гель и смешалась с этидием геля — и стал орудовать светящемся синим светодиодом под гелем. Смотрел на это через оранжевую прозрачную пластмасску.

На фото в третьей лунке видно небольшое оранжевое свечение — это и есть еще не разбежавшаяся смесь ДНК — та же, что и в прошлом посте. Еле заметна краска в 5й лунке :)

Мораль. Я нашел научную статью, узнал что-то, что я не знал до этого, повторил это и у меня получилось.

День, когда я поверил в науку.

Без преувеличения. В прошлом посте я показал, как поставил электрофорез ДНК дома и он хорошо прошел. Но вот незадача, визуализировать мне пришлось уже в лаборатории на дорогой ультрафиолетовой лампочке - трансиллюминаторе (50-500к рублей). ДНК, связанная с подмешанным в гель этидией бромида, флюоресцирует оранжевым.

Дома значит тоже надо ультрафиолетовую лампу ставить? Оказалось, что можно обойтись без нее. Нашел в великолепной статье, что авторы задались тем же вопросом что и я:

как визуализировать ДНК дома и сохранить две почки?

(читай дальше, у меня ограничение)

Пока весь год работаю над большим видео, могу спойлернуть, что я поставил полноценный электрофорез ДНК (!) дома (!!) и он прошёл (!!!). Потребовалась только одна деталь с алиэкспресса за 300 рублей и провода. Эта схема-трансформатор выдает честные 105В, что достаточно для lab-quality электрофореза.

Пока проблемы с визуализацией: я смог посмотреть как он прошел только уже в лаборатории, обычного УФ фонарика.
Может быть оранжевый фильтр поможет?

Можно ли ДНК назвать двойным винтом? -- спрашивают в камментах.

Не, мб, не оч прик.

Вопреки русской Википедии и этим интернетам, английский термин helix синонимичен spiral. Оригинальное греческое ἕλιξ определяется как "anything twisted, winding, or spiral", включая математическое определение "a spiral line". Беру с английского, так как уверен, что для перевода двойная спираль ДНК использовали именно английский термин.

Почему в английском используется helix, а в русском спираль? Спекулирую, что слово-калька хеликс редко употребимо. Интересно, что такая попытка есть, но не звучит имхо, а спираль от spiral получается наиболее близким термином.

В статье Вилкинса, которая идет следом за Вотсон-Крик-ской статьей о двойной спирали в том же выпуске Nature (!), сравнивается со spiral staircase — и бой-о-бой если переводчик ни взял лучший вариант перевода именно с этого сравнения.

Еще вопросы есть?)

Вообще, я недавно вернулся из экспедиции в Приокско-Террасный заповедник, откуда мы набрали образцы почв, чтобы изучить бактериальный состав почв из заповедных мест. Мы жили в небольшом домике в заповеднике и ходили копать килограммы почвы в лес, параллельно ботанически описывая лес.

А на фото моя коллега Алина раскладывает землю для сушки. Сухая земля пойдет на физико-химический анализ, а отдельные пробирки с почвой (не на фото, лежат в морозилке) пойдут на культивирование бактерий и выделение ДНК для секвенирования.

Осязаемо?

Знаете как выглядит ДНК?

НЕ в представлении художника! ДНКу можно наблюдать в виде белого осадка после очищения фенол-хлороформом, осаждая спиртом.
На фото примерно 5 мкг ДНК еще пока неназванного вируса — бактериофага — бактерии термальных термальных источников Thermus thermophilus. Спектроскопия говорит, что вообще не самая чистая ДНК получилась :(

Хотите заняться ОСЯЗАЕМОЙ наукой 10-11 июля?

Мои коллеги проводят очень интересное мероприятие — «Анализ свойств новых геномных редакторов».
Это реальный научный анализ: шаг за шагом и на реальных данных,
опыт — уникальный!
Тема — геномные редакторы, за которые нобелевку дали всего 3 года назад.

https://studymeta.ru/events#upcoming

«На нашем интенсиве вы сможете узнать о том, какие бывают системы редактирования геномов, для каких целей они применяются, и о том, что такое PAM и почему CRISPR-Cas системы не могут без него обойтись. Вы сможете сами проанализировать данные и охарактеризовать новые CRISRP-Cas эффекторы, и попутно сможете ознакомиться с еще одним способом применения методов секвенирования ДНК в научных исследованиях»

———————————————
А если вы дочитали досюда, то я вас еще раз приглашу посмотреть ролик на моем ютуб канале и написать комментарий!)
Для новых роликов чуть - чуть не хватает сил, времени и мотивации.

ВИРУСЫ ЖИВЫЕ И ТОЧКА! Олсо, откуда взялась жизнь?

Вижу, что большая часть подписчиков пришли только что от других научно-популярных блогеров!

Привет! Я Леша и я биолог!

Посмотрите ролик в закрепе о вирусах и какими разными бывают нуклеиновые кислоты.
Напишите в комментариях, что вы думаете!

Осязаемая наука / ОсяЗАЙКА pinned «Новый ролик на новом канале! https://youtu.be/M5NJLpQG3Ug»

Коллеги-научпоперы придумали объединить активные аудитории научно-популярных телеграмм каналов! Достаточно лишь…
нажать на ссылку

https://t.me/addlist/J9zysqZsgN0wNGYy

Это новая функция телеграмма. У вас появится новая вкладка вместе с «все чаты» со всеми научно-популярными канальцами!

Новый ролик на новом канале!

https://youtu.be/M5NJLpQG3Ug

Можно ли спастись от отравления бледной поганкой?

Решил попробовать Дзен

https://dzen.ru/media/id/6390899f902388020b006ac0/kak-spastis-ot-blednoi-poganki-ia-vsego-neskolko-raz-videl-vjivuiu-blednuiu-639089f772e65e7b7a85034a