Решил упростить себе задачу и подготовить список настроек, которые надо обязательно проверить при настройке одиночного mysql/mariadb сервера. Я не буду давать описания настроек и советовать какие-то значения, потому что это очень большой объём информации. Вы сами сможете её найти в интернете и подогнать под свою ситуацию.

Первое, что надо сделать - сбалансировать потребление памяти сервером. Не обязательно делать это вручную. Можно воспользоваться скриптом mysqltuner. Перечислю параметры Global + Thread, из которых складывается потребление памяти:

Global:
innodb_buffer_pool_size
innodb_log_file_size
key_buffer_size
innodb_log_buffer_size
query_cache_size
aria_pagecache_buffer_size
Эти значения просто суммируются.

Thread:
sort_buffer_size
join_buffer_size
read_buffer_size
read_rnd_buffer_size
max_allowed_packet
thread_stack
Эти значения суммируются и умножаются на max_connections.

Как я уже сказал, не обязательно их все править. Можно воспользоваться mysqltuner или оставить дефолтные значения, а вручную указать наиболее критичные - innodb_buffer_pool_size, max_connections. Остальные параметры mysqltuner подскажет, как подогнать под основные. Innodb_buffer_pool_size подбирают таким образом, чтобы с учётом всех остальных параметров суммарное потребление оперативной памяти не выходило за отведённые для Mysql Server пределы.

Обязательно проверяю:
bind-address = 127.0.0.1
Если не требуются подключения извне, привязываю к localhost.

Проверяю расположение логов и чаще всего сразу добавляю лог медленных запросов:
log_error = /var/log/mysql/error.log
slow_query_log
slow_query_log_file  = /var/log/mysql/slow.log
long_query_time = 2.0

Указываю нужную кодировку. Сейчас вроде бы везде utf8mb4 по умолчанию стоит, раньше utf8 ставили.
character-set-server = utf8mb4
collation-server   = utf8mb4_general_ci

Важные параметры, которые заметно влияют на производительность:
open_files_limit
table_open_cache 
Они привязаны к количеству соединений и таблиц в базе. Для того же Bitrix эти параметры имеют высокие значения и часто упираются в системные лимиты ОС для отдельного процесса. Их нужно тоже увеличить. Например вот так:
# mkdir /etc/systemd/system/mysqld.service.d
# touch limit.conf
Содержимое файла:
[Service]
LimitNOFILE=65535

Ещё один параметр, на который стоит обратить внимание:
innodb_temp_data_file_path
Он регулирует размер и рост файла с временным табличным пространством. Этот файл иногда может вырастать до огромных размеров и вызывать нехватку свободного места. Имеет смысл его сразу ограничить до разумных пределов. Вот пример ограничения размера в 2 ГБ и роста частями по 12 Мб
innodb_temp_data_file_path = ibtmp1:12M:autoextend:max:2G

Это основное, на что я обращаю внимание. Более детальные настройки делаются, если возникают какие-то проблемы.

#mysql