Научная жизнь Эльмиры

Адвент-календарь, о котором мечтали многие из нас

Плюшевые мишки — это банально! У PCR.SHOP всегда есть нетривиальное решение.

Да-да, это наша эксклюзивная мягкая игрушка из новогодней коллекции💥

Узнали? 😁 Подсказываем: самый выносливый тип микроскопических беспозвоночных, обитает повсеместно: от высоких гор, горячих источников до морских глубин и даже в космосе!

Плюшевая тихоходка станет отличным подарком для специалистов в разных областях биологии и медицины.

Нравится? Оформите предзаказ на нашем сайте ⬇️

Бесплатный вебинар о научной карьере

"Goal Oriented Webinar: The 3 Most Important Questions."

7 декабря 12 pm ET (20:00 по Москве)

Регистрация: bit.ly/3Ee5MXZ

Пару лет назад я написала для Биомолекулы @biomolecula статью о курьезном случае использования системы CRISPR-Cas фагами для выяснения отношений друг с другом. Но, похоже, фаги, тем или иным образом получившие системы CRISPR-Cas и использующие их для борьбы с "коллегами по цеху", точно не единичны, хотя и редки. Недавно группа нобелевского лауреата Дженнифер Даудны опубликовала в Cell результаты метагеномного анализа фаговых геномов из разных сред. Нашли много интересного, в частности, оказалось, что фаги смогли разжиться системами CRISPR-Cas всех шести типов, которые на данный момент выделяют, хотя часто в фаговых системах оказываются утраченными какие-то компоненты. Тем не менее, похоже, демо-версии CRISPR-системы многим фагам вполне хватает. Впрочем, всего лишь 0,4% известных на данный момент фагов имеют CRISPR-систему; для сравнения, CRISPR-Cas есть в геномах 40% бактерий и 85% архей. В той же работе у одной группы фагов был найден очень крутой эффекторный белок Casλ, который имеет все предпосылки для того, чтобы найти применение в редактировании генома: по своим рабочим характеристикам он не уступает Cas12a, зато гораздо мельче размером. По аминокислотной последовательности этот белок ни на что не похож, а РНК, с которой он взаимодействует, имеет совершенно уникальную вторичную структуру.

Некоторые из вас написали, что хотели бы больше услышать про FIMM и Университет Хельсинки.

По этому случаю мем, присланный моей подругой с текстом:

«вот зачем в Финляндии выдают меч за защиту PhD»

Да-да. В Финляндии есть такая традиция: за защиту диссертации выдают меч и шляпу.

Кстати, степень здесь называется Doctoral degree, а не PhD, как во многих странах.

Шляпы изготавливаются индивидуально, поэтому с кандидата заранее снимаются мерки.

К бархатной ленте на шляпе прикрепляется металлическая эмблема университета или факультета, присуждающего степень.

Для хранения шляпы выдаётся специальный ящик.

Выдают только сертифицированный гражданский меч, на котором выгравирована эмблема института.

Университет Оулу описывает меч и шляпу так:
the Doctoral Hat is “a symbol of liberty…scholarship and freedom of research”
the Doctors Sword is “a symbol for the scientist’s fight for what he or she, in rigorous research, has found to be good, right and true”.

Подробнее.

#ЭльмираоFIMM #заметки

Application is now open for the DKFZ PhD Program 2022/23 Winter Selection. The Helmholtz International Graduate School for Cancer Research in Heidelberg is the interdisciplinary and international PhD program for all students working at the German Cancer Research Center (DKFZ). Our PhD students conduct research at the forefront of basic, computational, epidemiological and translational cancer research. The application deadline is 15. December 2022. https://www.dkfz.de/en/phd-program/index.html?campaign=phd%2Ffbphd

а еще
http://circos.ca/ (надо заморочиться)
https://ggplot2.tidyverse.org/ (надо знать R)
https://plotly.com/ (кроссплатформенная штука, вроде как)
https://cytoscape.org/ (частично дескптопная, но скриптинг тоже поддерживает, и тоже на js)

Ещё для визуализации есть библиотеки
https://d3js.org/
https://threejs.org/

Но нужно немного разбираться в JavaScript.

Хммм!

Интересный сервис, который предлагает по абстракту подобрать подходящий журнал.

В комментариях пишут, что у некоторых издательств есть подобные инструменты:

Springer

Elsevier

MDPI

Сработает ли это лучше чем presubmission inquiry? Сомневаюсь.

Воспользовались бы этим сервисом? Пользуетесь ли presubmission inquiry?

Open source visual analytics application

Graphia может создавать графики и визуализировать данные из таблиц, а также анализировать данные.

Через полчаса лекция Dominique Bonnet про нишу костного мозга. Читала много ее работ, они просто великолепны.

ZOOM:

https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_LMQxqHq3Qj6OVOx8KpaMpg

А у меня, кстати, число цитирований перевалило за 100 🤓

Ну и ещё у меня новый лабжурнал 😁


Кстати, кто чем пользуется для проверки Хирша и статей ученого?

Scopus, scholar, WoS, orcid,..?

Как же все по-другому устроено в FIMM.

Некоторые из вас голосовали за истории из жизни/о жизни.

Я сейчас работаю в FIMM, University of Helsinki и вот, что меня больше всего радует:

⭐️Lab meeting-и каждую неделю в фиксированное время. Все регулярно получают фидбек по своей работе.

⭐️Lunch зона, в которой несколько раз в неделю проходят семинары и доклады и встречи (на прошлой неделе был семинар про data reproducibility, через 2 недели будет social event)

⭐️Доступность и разнообразие приборов благодаря плотному взаимодействию лабораторий между собой

⭐️Доступ к biorender и куче других платных ресурсов

⭐️Дежурство в лаборатории, что позволяет поддерживать ее в чистоте и помогать лаборантам!

#ЭльмираоFIMM #заметки

#плюшки_молодым_ученым

Если вдруг кто не знает: все актуальные конкурсы (как для молодых, так и не очень) ученых от издательства MDPI можно смотреть на вот этой страничке. Туда ученых из РФ пускают участвовать без проблем.

https://www.mdpi.com/awards

Лауреатами Премии имени Гамова стали Александра Жернакова и Игорь Алабугин
https://pcr.news/korotko/laureatami-premii-imeni-gamova-stali-aleksandra-zhernakova-i-igor-alabugin/

В рамках конференции RASA запланирован круглый стол на тему релокации российских, украинских и белорусских ученых в 2022 году.

Будет затронута тема сохранения связей с учеными, оставшимися в России.

Участниками дискуссии станут:

Профессор Свободного университета Любовь Борусяк

Профессор Игорь Ефимов (Northwestern University, Чикаго)

Профессор Наталья Берлова (University of Cambridge, Великобритания)

Профессор Александр Кабанов (University of North Carolina, Чапел Хилл)

Профессор Аскольд Иванчик (Institut Ausonius, CNRS, France / Институт всеобщей истории РАН)

Доктор физико-математических наук, профессор РАН Сергей Попов

Доктор биологических наук, член Academia Europaea Михаил Гельфанд

Александра Борисова, директор по коммуникациям ассоциации RASA

🗓 20 ноября, с 10 до 11 утра по Лос-Анджелесу (19 -00 по Берлину, 20-00 по Москве)

Формат: смешанный online/F2F