В результате, его даже судила инквизиция - за превышение полномочий. Де Ланда отделался семилетним покаянием в монастыре, а через два года был освобожден досрочно и снова вернулся в Мексику, в сане епископа. Впрочем, годы в монастыре остудили пыл монаха и в пытках он больше замечен не был. Вместо физического истребления он принялся обращать местное население в католицизм.

Оригинал его рукописи о жизни майя утерян, но сохранились копии. Де Ланда подробно описал географию и историю завоевания Юкатана, культуру и религию майя. Он описал местные календари (365-дневный хааб, 260-дневный цолькин), циклы в 52 года, а также игру пок-та-пок, ставшую прообразом баскетбола, и рецепт какао.

Де Ланда пытался расшифровать местную письменность, но, в отличие от Кнорозова не догалался, что знаки майя обозначают не буквы, а слоги. Он описал 29 знаков и ошибочно сопоставил их с буквами испанского языка, посчитав, что голова орла должна читаться как "а", а лист как "ле". Увидев ошибку де Ланды, Кнорозов и начал разрабатывать идею слогового письма майя.

В 2002 году на Юкатане был открыт памятник Диего де Ланде. Потомки колонизаторов считают его выдающимся этнографом. Но те местные жители, в чьих жилах течет кровь майя постамент не оценили - для потомков завоеванного народа он навсегда останется палачом.