За историю метрополитенов стихия привела к затоплению одновременно трёх и более линий дважды. В Париже в 1910 затопило 4 ветки, а в Праге при потопе, начавшемся 14.08.2002, под водой оказались середины всех 3 линий.

По ссылке - большая статья с разбором причин, которая, впрочем, однозначного указания "главного виновника" не даёт. Чаще всего, к столь сложным ситуациям приводит целый комплекс таковых. One more - in English.

Достаточно упомянуть, что официальная цифра ущерба составила 7 млрд крон (ок. 300 млн евро), а восстановление затянулось более, чем на год.

При этом весь период, пока центральные части всех 3 линий были выключены из работы, город не без напряга, но в буквальном смысле слова вывез трамвай, сеть которого в центре Праги пострадала от былых "оптимизаций" относительно слабо.

В ряду других последних крупных стихийных заливов подземки - Нью-Йорк 2012 и Чжэнчжоу в 2021, где последний даже привёл к жертвам. Правда, в обоих случаях пострадавшие части непосредственно систем были существенно короче