Задумчивая крыса

Мы-то в MPRA-MNIST сравнили.

Да, кстати нет бенчмарка про bias correction. Есть голые утверждения, что ChromBPNet хорошо корректит bias днказы и атака. И это мол как-то чему-то помогает. Пока никто не видел ни единого примера, когда эти заявления основаны на метриках, а не на "бля буду, на картинке ВИДНО"

От бывшего же постдока Аншуля модель Cherymoya никакой коррекции не использует, а на бенчмарках, которые все же что-то меряют (не качество удаления bias, конечно) — лучше.

Upd. Точнее так — bias модель Аншуля действительно на избранных им кейсах вылавливает "мотивы", которые явно пришли из байеса эксперимента. Но — только на кейсах где он руками прям тюнил эту модель лярд лет. Если запускать на своих данных — как в анекдоте про динозавра всё.

Ой. А почему твой долбик-phd не сравнивал ReporterNet с LegNet? Который тобой же признанный SOTA для MPRA

Честно, как бы не не любил академию, это все равно недостаточно

Новая языковая модель ДНК GPN-Star - построенная на информации о выравниваниях геномов - вышла в Nature.

https://www.nature.com/articles/s41586-026-11005-5

На некоторых задачах выдает результаты лучше, чем aGenome - в том числе для интерпретации некодирующих вариантов у пациентов с наследственными заболеваниями.

Конкретно на картинке с барплотом - классификатор
OMIM pathogenic versus gnomAD v.3 common non-coding variants

Не перестаю удивляться. В модель directly засунули то, на основе чего и размечают в базе данных патогенные мутации. И она работает лучше чем модели без инфы об этом.
Действительно, достойно. Одна беда — phylop предсьавлчющий собой тривиально оцененную консерваьивность. И CADD, широкр известныц в узких кругах как фиговый классификатор патогенных мутаций – недалеко по качесиву от этой недосоты.


Напомню, на нормальных данных из CAGI7 модель демонстрирует пуссиплот кораблик

Дорогие коллеги!

Команда IBIS (https://ibis.autosome.org) запускает соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge): по последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию — с точностью до нуклеотида и цепи — у пяти немодельных животных: устрицы, осьминога, амбарной огнёвки, молочайного клопа и катрана. Данные — неопубликованные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке, тестовые хромосомы закрыты до объявления победителей.

Разрешены только геном и наши треки, плюс предобученные геномные модели (AlphaGenome, Evo2 и др.).

Две задачи: есть ли инициация (AUPRC) и её сила (Spearman); медали по каждому виду и в общем зачёте.
Все, кто обошёл бейзлайн, входят в консорциум EPIC — коллективного соавтора итоговой статьи; медалисты — соавторы лично.

Для разминки открыт датасет по Nematostella и скрипты офлайн-оценки. Старт — 4 сентября, дедлайн — 30 ноября 2026.

Ссылки:
https://epic.autosome.org
https://t.me/+lfC17rwA3xszNmZi

Редко дает мне моя малая Родина повод для гордости. Но тут прям горжусь

Злые языки сообщают, что вслед за лекцией п-на в Кишиневе отменена лекция мамы его продюсера и псевдоисторика Эйдельман.

Не принимает земля Молдовы куриософов, не принимает.

Готовимся к возвращению

И последний

Еще два

Башкой я закрыл название MPRA-MNIST, но тем не менее

If you wait — the future will be defined without your voice

First time, bro?

Задумчивая крыса pinned «Собственно да, админ другого канала це я. Предложение Саши разделяю) Пишите если кто волею судеб рядом)»

Меня пугает бесконтрольное расширение границ elixir на восток

Там еще в качестве кода было 5 строчек печатающих Hello World

В принципе, отражает и проблему разреженности полезной информации в геноме. И проблему вырожденности генома и кучи повторов.
Глубоко.