Различие между мутацией и полиморфизмом.
https://t.me/OncHematology/86

Классическое различие между мутацией и полиморфизмом заключается во встречаемости: изменения в последовательности ДНК, встречающиеся менее чем у 1% популяции, называют мутацией, а полиморфизмом — варианты с частотой >1%.
Однако частота ещё не позволяет сделать вывод о клинической значимости, “редкий” не равно “патогенный”, а граница в 1% является, на самом деле, условной величиной.
Чтобы лучше разобраться в вопросе, сделаем большой шаг назад.

Классические задачи по генетике настойчиво пытались научить нас предсказывать, какие дети родятся, если мужчина гемофилик встретит женщину с полидактилией. Но почему-то очень мало говорится о том, чем занимаются генетики большую часть своего времени.
А они сравнивают.
Сравнивают данные, полученные в результате генетического исследования пациента, с референсной последовательностью и геномами множества других людей.

Как появилась первая референсная последовательность? — с того момента, как появились технологии, позволяющие читать последовательность ДНК, зародилась идея прочесть геном человека. В 1990 году начался международный проект "Геном человека", а вскоре у него появился конкурент — коммерческий проект по расшифровке ДНК человека компании Celera Genomics. Каждая научная группа использовала ДНК нескольких различных добровольцев. То есть одного человека, чья ДНК стала бы считаться референсной, нет (с оговоркой, что 70% все-таки принадлежали одному добровольцу под кодовым именем RP11). Большая часть добровольцев, конечно же, была европейского происхождения.
В 2004 году был готов финальный вариант первого генома человека.

Как получали данные о последовательности ДНК? — если говорить упрощенно, то сначала ДНК разбивали на фрагменты, затем определяли последовательность каждого фрагмента, а после восстанавливали единую последовательность путём объединения перекрывающихся участков.

Как отдельные фрагменты ДНК-секвенирования объединились в единую последовательность? — фрагменты соединялись на основе общих нуклеотидных последовательностей. Грубо говоря, фрагменты подбирали так, чтобы конец одного фрагмента совпадал с началом следующего (перекрытие). Затем их объединяли с другими перекрывающимися фрагментами и восстанавливали все более крупные сегменты.

Однако местоположение не всех фрагментов можно легко узнать. Особую сложность представляют участки ДНК, состоящие из множества повторов. Мне понравилось сравнение с пазлом: полосу голубого неба собрать сложнее всего, потому что рисунок на каждой детали одинаковый и непросто понять, в какой последовательности они должны располагаться.
Подобных повторяющихся участков в геноме множество. К ним относятся тандемные повторы — короткие мотивы, повторяющиеся множество раз подряд, и диспергированные (рассеянные) повторы — участки, копии которых разбросаны по всему геному. Существуют и другие примеры непростых для анализа задач, но современные методы все успешнее справляются с решением подобных трудностей.