Nurgle's Cauldron

FragalyseQt - 0.5.3

Что это такое:

свободный (AGPLv3) и кроссплатформенный (Linux, macOS, *BSD, Windows - x86, ARM, RISC-V...) софт для неинвазивного (исходные файлы НЕ ИЗМЕНЯЮТСЯ) анализа данных капиллярного электрофореза, способный обрабатывать результаты, независимо от оборудования, на котором они было получены (поддерживаются в т.ч. древние и недокументированные версии ABIF), а также корректировать базовую линию, подавлять шумы, определять размер фрагментов, бинировать аллели, фильтровать статтеры, поддерживает панели GeneMapper, GeneMarker и NCBI OSIRIS.

В этом релизе:
- выравнивание маркера молекулярной массы с возможностью игнорирования пиков-спутников и блобов,
- улучшенное шумоподавление и коррекция базовой линии,
- возможность раздельного просмотра результатов по каналам,
- возможность сокрытия боковой панели,
- общее улучшение производительности.

Репозиторий: github.com/Dorif/fragalyseqt
Релиз: github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_ladder

P.S.: отдельные благодарности за поддержку коллегам из @webhostmost и моей жене ( @Dr_Elena_Bahova ).
P.P.S.: на скриншоте часть моего собственного профиля Global Filer, полученного на картридже SeqStudio с истёкшим сроком и представлявшего трудности для анализа, которые по итогу были преодолены.
____

What's this:

free (AGPLv3) and crossplatform (Linux, macOS, *BSD, Windows, x86, ARM, RISC-V...) soft for non-invasive capillary electrophoresis data analysis, capable of handling CE data independently from machine they were obtained at (even extremely old and undocumented versions of ABIF are supported), correct baseline, denoise signal, sizecall fragments, bin alleles, filter stutters and supports panel definitions from GeneMapper, GeneMarker and NCBI OSIRIS.

In this release:

- ladder alignment and ladder channel blobs and satellites overcoming,
- better noise filtering and baseline correction,
- split view for electrophoresis results,
side panel hiding,
- overall performance improvement.

Repo: github.com/Dorif/fragalyseqt
Release: github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_ladder

P.S.: special thanks for support to my colleagues from @webhostmost and to my wife ( @Dr_Elena_Bahova ).
P.P.S.: screenshot represents a part of my own Global Filer profile obtained at expired SeqStudio cartridge having problems with analysis which were successfully overcomed.

#foss #fragalyseqt

Новый релиз FragalyseQt - 0.5.2

Что это такое:

свободный (AGPLv3) и кроссплатформенный (Linux, macOS, *BSD, Windows - x86, ARM, RISC-V, работает всё) софт для неинзвазивного (исходные файлы НЕ ИЗМЕНЯЮТСЯ) анализа данных капиллярного электрофореза, способный обрабатывать результаты, независимо от того, на каком оборудовании они было получены (поддерживаются даже древние и недокументированные версии ABIF), а также корректировать базовую линию, подавлять шумы, проводить сайзколлинг фрагментов, бинирование аллелей, фильтрацию статтеров, поддерживая панели GeneMapper, GeneMarker и NCBI OSIRIS.

В этом релизе:
- интеграция SOAP API для возможности интеграции с LIMS, автоматизации и использования с веб-инструментами,
- пакетная обработка и экспорт данных,
- сохранение и переоткрытие сессий с использованием SQLite DB (append-only, в следующей версии - PostgreSQL & ImmuDB).

Репозиторий: github.com/Dorif/fragalyseqt
Релиз: github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_soap_db

P.S.: отдельные благодарности коллегам из @webhostmost и моей семье.
____

What's this:

free (AGPLv3) and crossplatform (Linux, macOS, *BSD, Windows, x86, ARM, RISC-V - proven to work) soft for non-invasive capillary electrophoresis data analysis, capable f handling CE data independently from machine they were obtained at (even extremely old and undocumented versions of ABIF are supported), correct baseline, denoise signal, sizecall fragments, bin alleles, filter stutters and supports panel definitions from GeneMapper, GeneMarker and NCBI OSIRIS.

In this release:

- batch processing and export,
- SOAP API for integration with LIMS, automation and web based tools,
- SQLite DB integration for session storage and restore (append-only, PostgreSQL and ImmuDB coming in next release).

Repo: github.com/Dorif/fragalyseqt
Release: github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_soap_db

P.S.: special thanks to my colleagues from @webhostmost and my family

#foss #fragalyseqt

New release of FragalyseQt - 0.5.1

What#s this:

free (AGPLv3)and crossplatform (Linux, macOS, *BSD, Windows, x86, ARM, RISC-V - proven to work) soft for non-invasive capillary electrophoresis data analysis, capable f handling CE data inependently from machine they were obtained at (even extremely old and undocumented versions of ABIF are supported), corresct baseline, denoise signal, sizecall fragments, bin alleles, filter stutters and supports panel definitions from GeneMapper, GeneMarker and NCBI OSIRIS.

In this release:

-deb (*ubuntu, Debian, Linux Mint...) and rpm (RHEL, Rocky, Alma Linux, Fedora...) packages are built and shipped for installation simplicity
-transition to the more classical GUI
-background of plot and input areas now does not depends from system Qt themes
-user can add new size markers using simple GUI tool
-joint baseline correction and denoising algorithm is ported from pybaselines directly into FragalyseQt code, lowering number of dependencies needed for installation and functioning.

Release: https://github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_packaging
Main repository: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

Special thanks for support to my familly ( @Dr_Elena_Bahova ) and colleagues from @webhostmost - we believe that software for high-stakes applications like fragment analysis should be free and open to be verifiable and credible.

#fragalyseqt #foss

Новый релиз FragalyseQt - 0.5.1

Что это такое:

свободный (AGPLv3) и кроссплатформенный (Linux, macOS, *BSD, Windows - проверяли, работает) софт для неизвазивного (исходные файлы НЕ ИЗМЕНЯЮТСЯ) анализа данных капиллярного электрофореза, способный обрабатывать результаты, независимо от того, на каком оборудовании они было получены (поддерживаются даже древние и недокументированные версии ABIF), а также корректировать базовую линию, подавлять шумы, проодить сайзколлинг фрагментов, бинирование аллелей, фильтрацию статтеров, поддерживая панели GeneMapper, GeneMarker и NCBI OSIRIS.

В этом релизе:

-начата сборка deb (*ubuntu, Debian, Linux Mint, Astra Linux...) и rpm (RHEL, Rocky, Alma Linux, Fedora, ROSA...) пакетов для простой установки
-ввиду разрастания функционала, произошёл переход к более традиционному графическому интерфейсу.
-фоновый цвет области отображения графиков и областей ввода теерь не зависит от системной темы Qt
-можно добавлять новые маркеры молекулярной массы с использованием простого графического интерфейса
-алгоритм совмещённой коррекции базовой линии и шумоподавления портирован из pybaselines непосредственно в код FragalyseQt, уменьшив количество зависимостей, необходимых для установки и работы.

Релиз: https://github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_packaging
Репозиторий: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

Отдельная благодарность за поддержку семье ( @Dr_Elena_Bahova ) и моим коллегам из @webhostmost - мы твёрдо убеждены, что софт для ответственных применений, к которым относится и фрагментный анализ, должен быть свободным, ибо только так достигается настоящая верифицируемость и доверие к результатам.

#fragalyseqt #foss

А вот и релиз новой ветки FragalyseQt. FragalyseQt 0.5 Southern, названной в честь Эдвина Саузерна, чьи работы изменили молекулярную генетику, повлияв в том числе и на эту программу.

Эта программа предназначена для анализа данных капиллярного электрофореза, поддерживая до восьми каналов флуоресценции.

В новом релизе были добавлены такие возможности, как:

1. Биннинг
2. Импорт панелей GeneMapper, GeneMarker и NCBI OSIRIS.
3. Фильтр статтер-пиков (с панелями GeneMapper и GeneMarker)
4. Экспорт результатов в формате CODIS XML.
5. Немецкий перевод (некоторым важно).

Программа была, есть и будет свободным программным обеспечением. Только свободное ПО может быть по-настоящему воспроизводимым и верифицируемым. От большинства конкурентов отличается также кроссплатформенностью - показана работа на различных дистрибутивах Linux, FreeBSD, OpenBSD, NetBSD, macOS,Windows. То же относится и к аппаратному обеспечению - FragalyseQt работает как на обычных компах, так и на ARM или RISC-V одноплатниках. При этом функционал и результаты не зависят от платформы.

Ссылка на релиз: https://github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_initial

Ссылка на основной репозиторий: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

Отдельные благодарности за поддержку семье и коллегам из @webhostmost

#fragalyseqt #foss

Работа над биннингом и экспортом в CODIS продолжается. Для чистых в плане ДНК и полученных на ЧИСТЫХ и СВЕЖИХ капиллярах образцов с чистыми и свежими реагентами (например, положительного контроля, как на скриншоте), выхлоп генотипирования даже совпадает между FragalyseQt и GeneMapper ID-X 1.7 (Спасибо Термо!). За исключением статтеров, конечно. Положительный контроль, ясное дело, не анеуплоидный - это было бы ОЧЕНЬ странно. А вот когда дело касается образцов, полученных на хреновых капиллярах (например, стоявших долго на плюсе с полимером внутри) - тут начинаются асхождения, пока в пользу GeneMapper ID-X 1.7. Надеюсь, что пока.)

Держу в курсе. Ждите новый релиз.

#fragalyseqt

Тем временем, подготовлен новый релиз FragalyseQt - 0.4.3.

В этом релизе реализовано одновременное открытие множества файлов (каждый в своей вкладке и может быть проанализирован независимо), также реализована крайне экспериментальная поддержка файлов FRF, получаемых с капиллярника Нанофор-05 производства "Синтол" (пока их можно только просматриватть, работа над возможностью сайзколлинга ещё ведётся, но даже это может быть полезно для некоторых применений).

Следующий релиз уже будет посвящён поддержке панелей для тест-систем и биннингу пиков.


Ссылка на релиз:
https://github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/jeffreys_polycephalic_hydra

Отдельная благодарность коллегам из @webhostmost за всестороннюю поддержку.

#fragalyseqt

Провёл лекцию по получению синтетической ДНК. Синтез фрагмента гена RecA (около 50 п.о., маркер NEB 1 kb слева, полимераза Phusion Plus) фага Thermus spp. YS40 получился тоже замечательно!
Последовательности олигов для синтеза прилагаю:

YS40_RecA_F ATGAACAACGAAAAGATCAA
YS40_RecA_R1 CTAATGATCTGCTTGATCTTTTCGTTGTTC
YS40_RecA_R2 TTCGCGTAGCTGCTAATGATCTGCTTGATC
YS40_RecA_R3 TTAGAGAATTTCTTCGCGTAGCTGCTAATG

#dna #днк

Спустя около года перерыва, Папа Нургл выпускает новую версию FragalyseQt.

В новой версии:

-структура соответствует PEP517, можно установить с помощью pip и запускать введя fragalyseqt
-доступен сайзинг по локальному и глобальному методам Саузерна
-гибкий интерфейс
-привязка кнопок "Открыть файл", "О программе", "Экспорт Данных Внутреннего Анализа" и "Экспорт в CSV" к комбинациям клавиш Ctrl+O, F1, Ctrl+I, Ctrl+E соответственно.

#fragalyseqt

https://github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/jeffreys_extended

Ну вот Папа Нургл и Мама Иша стали родителями во второй раз.) В принципе, в прошедшем году было очень много разных изменений и суеты, но главное - вот.) Ждите новых постов (наконец-то!).

А сегодняшний рассказ Папы Нургла посвящён открытым учебникам, а конкретно - проекту OpenStax.

Собственно ссылка: https://openstax.org/

Проект примечателен, собственно, открытыми и АКТУАЛЬНЫМИ учебниками для разных профилей и уровней подготовки по: биологии, химии, сестринскому делу, математике, ИТ, бизнесу, социальным наукам. Прям в ПДФ, не онлайн. Это доступно ВСЕМ под открытыми лицензиями.

Но самое прикольное, что если вы сделаете себе преподавательский аккаунт - вам будут доступны и учебные задания. Тоже открытые. Прям бери и лекции веди.

В основном, конечно, материалы доступны на английском, но имеются переводы на испанский, и, ВНЕЗАПНО - польский.

Я лично потыкал интересующие меня предметы и остался доволен.

#opensource #books #textbooks #manuals #учебники

Вот любят у нас иногда порассуждать в духе "если что хорошее сделал - патентуй, деньги заработаешь". Ноооо... Так ли это?

1. Если патентуешь как частное лицо - тебя ждут прямо-таки заградительные цены на любой чих по патенту. Не факт, что на патентование хватит денег.
2. Если патентуешь как частное лицо или в составе госорганизации не прям крупной страны (как Россия или США, например) или в составе частной фирмы не прям-таки великого масштаба (как ThermoFisher Scientific, NEB, Qiagen...) - на защиту патентов не будет ресурсов, бо разбирательства в случае чего дорогие.
3. Если патентуешь в составе госорганизации - ты теряешь контроль над тем, что сам и создал. Мало того - если ты займёшься чем-то другим или перейдёшь на другое место работы - с большой вероятностью твоё дело загнётся, бо о поддержании созданного у нас не особо парятся. Кроме того, на планах поднять материальное благосостояние тоже смело ставим крест: выплатят премию (и то не факт), может быть будет миллипиздрический процент с доходов (вообще не факт), ну и цааааарское одолжение - по одному дню отпуска за патент! Ради этого прям точно стоит горбатиться и трепать себе нервы(нет). Ну и как только ты меняешь работу - сам же и лишаешься возможности пользоваться тем, что создал.

Подводя итоги:

1. Патенты имеют смысл для директоров, руководителей R'n'D и юристов в крупных компаниях. В остальных случаях от них больше проблем.
2. Если вы не относитесь к предыдущему пункту, но хотите закрепить первенство в чём-то: пишите нормальную научную статью в рецензируемый журнал или создавайте публичный репозиторий. Это и закрепление первенства, и демонстрация проверяемости.
3. Хотите на идее заработать? Идите с нею в крупную компанию, готовую договариваться, платить и защищать.

Вот такой вот археотек у нас всё ещё используется в Институте Физиологии и Генетики Растений. Эти амплификаторы ещё водные, причём один из них - вообще на пробирки 1,5 мл и в виде водяной бани! Второй - один из первых советских/российских ещё пущинского производства.

#археотек #archeotech