Трехмерный атлас опухолей
Это фрагмент лонгрида про новости биофармы в 2024 году

Мы уже писали о клеточных атласах в спецпроекте «Мультиомиксные технологии», упоминали и клеточный атлас опухолей TCGA. В этом году вышел важный апдейт другого проекта The Human Tumor Atlas Network (HTAN) — в журнале Nature было опубликовано сразу 12 статей с новыми данными. HTAN делает акцент на многомерных данных, динамическом наблюдении за клетками и трехмерной визуализации развития онкологических процессов. HTAN широко использует такие современные методы, как секвенирование отдельных клеток и пространственное мультиплексирование (spatial multiplexing — при котором не только определяется последовательность нуклеиновых кислот, но и их положение в клетке), что позволяет перейти на следующий уровень сложности изучения раковых клеток, недоступный при секвенировании нуклеиновых кислот из смеси клеток, как в случае TCGA. Кроме того, такие исследования позволяют восстановить временнýю последовательность процессов, то есть создать 4D-визуализацию опухоли.

Инициатива HTAN началась в 2018 году под эгидой The Cancer Moonshot (программа борьбы с раком, запущенная президентом Бараком Обамой в 2016, возглавлялась вице-президентом Джо Байденом). Программа ведется в 10 центрах в США (иллюстрация в комментарии).

В опубликованных статьях речь идет о следующих достижениях:
👉 Изучено, как взаимодействуют между собой аберрантные клетки в предраковых образованиях в случае колоректального рака, как затем в ходе опухолевой эволюции отбирается доминирующий клон, дающий начало злокачественной опухоли.
👉 На модели семейного аденоматозного полипоза изучено, как происходит взаимодействие иммунной системы с формирующимся полипом. Проанализированные данные включают в себя геном, транскриптом, протеом, метаболом, метилом и липидом.
👉 На моделях рака молочной железы и колоректального рака показано, как опухолевое микроокружение взаимодействует с иммунной системой и как происходит инвазия и метастазирование опухолевых клеток в новые органы (на примере печени). В комментах — короткое видео с наглядными картинками.

Такие исследования очень важны: во-первых, визуализация всегда помогает лучше понять природу происходящих процессов, во-вторых, всё лучше постигая сложность устройства раковых опухолей, процессы их возникновения и динамику развития, ученые приближаются к созданию новых, более совершенных лекарств.