Достаточно редкая ошибка ЕГАИС и не все знают куда бежать и что делать. Прежде всего смотрим в лог, файл utm/transport/l/transport_info.log
И находим там строки:
java.security.KeyStoreException: invalid KeyStore state: found 3 private keys sharing
Вместо трех может стоять другое число, по числу ошибочных сертификатов.
Проблема достаточно редкая и найти ее описание не просто, хотя оно есть в базе знания Рутокен: https://dev.rutoken.ru/display/KB/RU1009
Суть проблемы в том, что при формировании нового RSA-ключа старый не удаляется и возникает задвоение ключей, о чем и написано в логе. В результате на ключе оказывается три объекта: ГОСТ и 2 RSA ключа. Попытка ручного удаления RSA-ключей также завершается ошибкой.
Если вы будете продолжать попытки формирования ключа с помощью УТМ ЕГАИС дублей станет больше (и число в сообщении лога увеличится).
Решение простое – скачать и применить утилиту, указанную на странице базы знаний Рутокен.