Правление Баас в Сирии началось с военного переворота 8 марта 1963 г. Планировал его секретный Военный комитет Баас, о существовании которого не знали даже руководители партии. Ожесточённая борьба за власть между офицерами-баасистами продолжалась до конца 1960-х.

При этом в захвате власти участвовали не только баасисты, но и некоторые другие офицеры. В первую очередь – сторонники египетского президента Гамаля Абдель Насера. Они мечтали вернуть Объединённую Арабскую республику 1958-61 гг.

Это был далеко не первый переворот в Сирии. Именно сирийские офицеры положили конец ОАР осенью 1961 г. Так началась последняя в ХХ в. попытка Сирии вернуться к парламентскому режиму. Но уже на следующий год лидер переворота-1961, Абд аль-Карим ан-Нахляуи, попытался взять власть в свои руки. Однако его не поддержали другие клики офицеров, так что гражданских вернули к рулю.

Но ненадолго. В феврале 1963 г. произошёл переворот в Ираке. Там пан-арабисты среди офицеров при поддержке местной Баас свергли и убили Абд аль-Карима Касема (лидера переворота 1958 г., который покончил с Хашимитской монархией в Ираке). Хотя иракские баасисты у власти тогда не удержались, их «революция» вдохновила некоторых сирийцев.

Это было ещё до того самого раскола Баас. Так что вскоре после переворота 8 марта в Сирии начались переговоры об объединении с Египтом и Ираком. Успехом они не увенчались. В т. ч. потому, что между Насером и лидерами Баас не было доверия: оказавшись на высоких постах в ОАР, баасисты осознали, что это лишь фикция, а все решения принимает Насер. Насер же, видимо, не простил им коллективной отставки в 1959 г.

Чтобы укрепить свою власть, баасисты начали чистки в армии. Своих постов лишались и идейно близкие им пан-арабисты, не связанные с Баас. В то же время, в 1960-х офицеры-баасисты приводили в армию, госаппарат и партию своих друзей и родственников.

Баасисты установили однопартийную диктатуру. Они преследовали оппонентов и силой подавляли протесты. Старые элиты, которые правили в 1940-50-х, тщетно пытаясь загнать военных обратно в казармы, были лишены гражданских прав и умерли в эмиграции.

Однако и среди баасистов единства не наблюдалось. В сущности, дробление на фракции по личными и идейным мотивам стало частью партийной жизни ещё а 1950-х, на фоне роста Баас. Так что к концу 1950-х основатели партии Салах ад-Дин аль-Битар (глава МИД Сирии в 1950-х) и Мишель Афляк (идеолог) были авторитетами далеко не для всех баасистов. Офицерам, часто выходцам с сельской периферии, эти столичные интеллигенты с их философскими теориями были не близки.

С точки зрения идеологии, к начале 1960-х в Баас оформляются крайне-левые тенденции, вдохновлённые марксизмом. Они во многом расходились с отцами-основателями. Мишель Афляк подчёркивал важность единства арабских стран и секуляризма (в сочетании с уважением к исламу как культурному и духовному наследию арабов), но не верил в классовую борьбу как движущую силу истории, а его социализм не предполагал плановой экономики и т.д.

Крайне-левые баасисты считали идеи Афляка слишком абстрактными, непоследовательными и вообще мелкобуржуазными. А многие офицеры больше интересовались развитием Сирии (и особенно нищей периферии, откуда многие были родом), нежели немедленным объединением арабских стран.

Хотя в середине 1960-х ведущей фигурой в Сирии был Амин аль-Хафез, его власть оказалась неустойчивой. 23 февраля 1966 г. его свергли другие офицеры-баасисты, среди которых были Салах Джадид, Хафиз аль-Асад (алавиты) и Салим Хатум (друз). Гражданские основатели Баас бежали из страны. Так начался самый известный раскол баасистов. Афляка принял режим Баас в Ираке, установившийся в 1968 г. Битара убили в Париже (видимо, сирийские спецслужбы).

Вскоре Салим Хатум попытался устроить свой переворот, но у него не вышло.

Конец 1960-х ознаменовался схваткой между Салахом Джадидом (с его союзниками в лево-радикальном крыле Баас) и Хафезом аль-Асадом. Асад захватил власть осенью 1970, назначился президентом в 1971 и правил до своей смерти в 2000. Несмотря на косметические реформы, режим оставался репрессивным и жестоким.