Параллельно с противостоянием «прогрессивных» и «реакционных» арабских режимов, конец 1950-х ознаменовался кровавым конфликтом между коммунистами и пан-арабистами в Сирии и Ираке.

Когда Сирия слилась с Египтом в Объединённую Арабскую республику (1958–61), президент ОАЭ Гамаль Абдель Насер потребовал от сирийцев распустить все политические партии. С этим согласилось даже руководство Баас, хотя некоторые отделения не подчинились решению. Коммунисты отказались расходиться и в очередной раз ушли в подполье. Багдаш не явился на заседание паралмента, где голосовали за объединение.

Противостояние обострилось в декабре 1958-го. Генсек Сирийской компартии Халед Багдаш критиковал Насера; последний начал сажать коммунистов в Сирии. Например, самый авторитетный ливанский коммунист и один из лидеров Сиро-ливанской компартии в 1930–50-х Фараджалла аль-Хелу погиб под пытками в Сирии/ОАР в 1959 г.

В те же годы коммунисты оказались в центре политической жизни Ирака. Военные свернли непопулярную монархию в июле 1958 года. Лидерами переворота были Абд аль-Карим Касем и Абд ас-Салам Ареф. Ареф, как и многие офицеры иракской армии, Ареф хотел объединения с ОАР. У Касема же были сомнения.

В итоге премьер-министр Касем посадил Абд ас-Салама Арефа. Но ему была нужна организованная поддержка в обществе. А в те годы, несмотря на годы преследований при монархии, Иракская компартия была самой организованной политической силой в стране. Как и Касем, иракские коммунисты были против немедленного слияния с ОАР.

При этом, в отличие от некоторых ливанских националистов, коммунисты в Ираке (и Сирии) не отрицали арабский характер своей страны. Просто они видели, как Насер преследовал их товарищей в ОАР. Египетских коммунистов Насер сажал ещё до ОАР, хотя им и нравилась его реформы и внешняя политика. Но режим Насера не терпел независимых политических организаций, будь то исламисты, либералы или коммунисты.

Этно-конфессиональный фактор также способствовал нежеланию иракских шиитов и курдов вступать в ОАР. Хотя тогда ещё не было политики идентичности формата 2000-2010-х гг., иракские шииты уже могли почувствовать дискриминацию. Ресурсы (земля и торговля) были сосредоточены в руках узкой элиты (в основном – суннитской), главным образом чиновников из городов (особенно Багдада, также Мосула) и племенных шейхов на периферии. В какой-то степени это было наследие поздней Османской империи, где огромные ресурсы оказались сосредоточены в руках чиновников-землевладельцев (обычно суннитов), проживающих в городах. Вдобавок, про-британский монархический режим в Ираке гарантировал привилегии шейхов и иных землевладельцев.

Существовала и прямая вражда по конфессиональному признаку: Adeed Dawisha утверждает, что Абд ас-Салам Ареф не любил шиитов и даже называл их оскорбительным словом. А шиитов среди коммунистов было много. Коммунистические идеи проникли даже в религиозную семинарию в священном для шиитов городе Наджафе. Там учился ливанец Хусейн Мурувва, в 1960-70-х ставший одним из лидеров Ливанской компартии (я переводил мемуары его кузена).

Так что на раннем этапе (1958–59) правления Абд аль-Карима Касема (1958–63) коммунисты служили для него важной опорой в противостоянии с пан-арабистами. В 1959 году Компартия отметилась в жестоком подавлении мятежа в Мосуле. Когда офицеры-насеристы из местного гарнизона попытались устроить путч, коммунисты ответили убийствами пан-арабистов в городе.

В июле того же года курды-коммунисты устроили резню туркоманов (иракских тюрок) в Киркуке. В этом городе туркмены исторически были в среднем богаче. Это придавало этнический окрас социальным противоречиям. Вдобавок, малоимущие курды в Киркуке охотно вступали в Компартию. Но в 1959 году они убивали как состоятельных, так и бедных туркмен.

Эти кровавые эпизоды не способствовали популярности коммунистов.

Когда в 1963 году пан-арабисты среди офицеров и иракское отделение партии Баас свергли и убили Абд аль-Карима Касема, баасисты устроили расправы над коммунистами. От этого удара Иракские компартия не оправились и всерьёз на власть больше не претендовала.