Но и у этого проекта возникли проблемы, когда французская сторона потребовала, чтобы павильон был полностью собран во Франции и из местных материалов. Причины, по которым организаторы выставки поставили такое условие до конца неясны, так как, например, для финского павильона той же выставки, выполненного под руководством Алвара Аалто, деревянные панели были вырезаны в Финляндии из местных пород дерева и установлены уже в Париже. Можно сделать вывод, что для финского павильона такого рода ограничений в виде использовании только французских материалов не было предусмотрено. Возможным объяснением тому, что Япония была поставлена в такие условия было начало Второй Мировой в Восточной Азии и исключение Японии из Лиги Наций на фоне активных визитов английской дипломатии Чемберлена в Мюнхен к Гитлеру (золотая архитектурная медаль выставки ожидаемо дождалась Германии и Шпееру).
Но вернемся к павильону Японии. В сложившейся ситуации для контроля над строительством павильона был направлен Дзюндзо Сакакура, только вернувшийся домой из Франции. Одной из причин, по которой для курирования проекта был направлен он, указывалось знание французского контекста и языка.  Однако его амбиции были шире. "Непредвиденные обстоятельства, связанные с состоянием участка", привели к тому, что Сакакура изменил дизайн павильона. Новый проект был выполнен в модернистском стиле. Как отмечает исследовательница Дана Бантрок, в таком виде он был «осуществлен лишь благодаря хитрости». Его отличительной особенностью было смелое сочетание принципов Ле Корбюзье (так, в частности, архитектор отказался от лестниц и заменил их пандусами в духе Виллы Савой), модернистских форм и японской строительной традиции. Критики отмечали цветовое решение, а также использование неокрашенных натуральных материалов – вполне в традиции «сёин-дзукури» и «сукия-дзукури», традиционных японских стилей в архитектуре и оформлении интерьеров.
Архитектор Серж Чермаев в своей статье о павильоне пишет: «…национальные характеристики преобладают, но они предполагают затейливое путешествие из Японии в Европу и обратно в Японию. Японская элегантность в деревянном строительстве в этом павильоне выражена через сталь». Активный отклик на павильон был, как в Европе, так и в Японии. Как уже было отмечено, одним из желаний японского руководства было строительство чего-то традиционного, каковым был проект Кендзиро, но Сакакура играл не по правилам. Первоначально в японской прессе павильон был высмеян, но всё изменилось после того, как он получил «Гран-При» выставки. Через год Сакакура получит должность главного архитектора строящегося Синьцзина, новой столицы Маньчжоу-Го. В том же году архитектор напишет приглашение Корбю присоединиться к проекту, но начавшаяся война в Европе оставит это приглашение без ответа.