Post #863
1.09K
Самолёт до Сан-Паулу - как маршрутка. Притормозил в аэропорту, половина вышла, половина зашла, у оставшихся в самолёте проверили билетики и отправили до Сантьяго
- 😁 64
- 🔥 11
Channel Public Channel
ВЕ Вениамин Фишман
@fishmanvs
Генетика через призму AI, а также о науке (и в целом о жизни) в РФ и за рубежом
- Subscribers
- 1.36K
- Photos
- 418
- Videos
- 75
- Links
- 185
Showing posts older than #864 · Back to latest
Older Posts 18 shown
Post #861
1.18K
Я покидаю Алматы и отправляюсь дальше, в солнечный Сан-Паулу. По пути сделаю небольшую остановку в Стамбуле. Пишу этот пост с борта самолёта - в очередной раз восхищаюсь возможностью выходить в интернет во время полёта (не теряется рабочий день!) и сетую, что эта возможность недоступна в перелётах внутри России.
П. С. Подписчики тонко подмечают, что и на земле на территории РФ связь временами не очень )) ну и правильно, чтобы не обидно было тем, кто много летает
П. С. Подписчики тонко подмечают, что и на земле на территории РФ связь временами не очень )) ну и правильно, чтобы не обидно было тем, кто много летает
- ❤ 54
- 🔥 19
- 👍 9
Post #860
1.25K
Итак, после нескольких лет и десятка международных путешествий я, наконец, освоил метод переключения с Mirpay на Google pay на своем телефоне. Весь секрет оказался в том, что нужно вытащить российскую симку... А сколько часов, проведённых в аэропортах, из которых я банально не мог уехать без карты, мне стоило это знание...
А ещё в Алматы построили новый аэропорт! И он прекрасен, один из лучших аэропортов, особенно на контрасте с тем, как тут было раньше
Это я к чему. Лечу в Бразилию на конференцию ICLR и на следующие пару недель блог превращается из научного в туристический ) кто не хочет видеть фото обезьянок и постеров с ICLR - выключайте оповещения )
Telegram Вениамин Фишман Я пишу это сообщение в самолёте, но прочитаете вы его уже когда прилечу в Катар.
Аэропорт Алматы мне совсем не понравился. Оказывается, что пройти через досмотр и паспортный контроль у них можно только после того, как открывается стойка регистрации на рейс… А ещё в Алматы построили новый аэропорт! И он прекрасен, один из лучших аэропортов, особенно на контрасте с тем, как тут было раньше
Это я к чему. Лечу в Бразилию на конференцию ICLR и на следующие пару недель блог превращается из научного в туристический ) кто не хочет видеть фото обезьянок и постеров с ICLR - выключайте оповещения )
- 🔥 67
- 👍 7
- ❤ 3
Post #859
985
Forwarded from Институт AIRI
🚀 Открываем приём заявок на Лето с AIRI 2026!
Юбилейная Летняя школа по искусственному интеллекту пройдёт в Первом университетском лицее имени Н.И. Лобачевского при МГУ в городе Усть-Лабинск, Краснодарский край. Даты проведения — с 21 июля по 4 августа.
На школе вы сможете лично пообщаться с известными учёными в области ИИ и найти единомышленников, зарядиться вдохновением и получить новые знания для будущих исследований. В программе — лекции, семинары, постерная сессия, работа над проектами и, конечно, внеучебные активности.
Подать заявку на участие можно по ссылке до 24 мая включительно.
Обучение, питание и проживание обеспечивают организаторы — на вас только транспортные расходы.
Подавайте заявки и делитесь постом с друзьями и коллегами!
Юбилейная Летняя школа по искусственному интеллекту пройдёт в Первом университетском лицее имени Н.И. Лобачевского при МГУ в городе Усть-Лабинск, Краснодарский край. Даты проведения — с 21 июля по 4 августа.
На школе вы сможете лично пообщаться с известными учёными в области ИИ и найти единомышленников, зарядиться вдохновением и получить новые знания для будущих исследований. В программе — лекции, семинары, постерная сессия, работа над проектами и, конечно, внеучебные активности.
Подать заявку на участие можно по ссылке до 24 мая включительно.
Обучение, питание и проживание обеспечивают организаторы — на вас только транспортные расходы.
Подавайте заявки и делитесь постом с друзьями и коллегами!
- ❤ 9
- 🔥 4
Post #858
1.34K
Я несколько раз рассказывал на этом канале о Biomni и многие мои коллеги уже успели попробовать этот интсрумент для решения своих задач.
Напомню, что Biomni - коммерческий проект, финансируемый LLM-гигантом антропик.
На днях прямой конкурент антропика - openAI - запустила похожий инструмент: специальную нейросеть для биомедицинский исследований GPT-Rosalind
https://openai.com/index/introducing-gpt-rosalind/
Пока GPT-Rosalind доступна для партнеров программы, но скоро должна стать доступна всем. Ещё Open-AI выпустила набор плагинов Life Sciences research, который вроде как доступен всем, но я не смог подключить его в платной версии ChatGPT. Если у кого-то получилось, напишите инструкцию.
В целом, это прекрасно. Чем больше конкуренция, тем быстрее будут развиваться эти, безусловно крайне полезные, инструменты.
Telegram Вениамин Фишман Вчера попробовал biomni (https://biomni.phylo.bio/) и остался в полном восторге! Кучу рутинных биоинформационных задач, которые раньше делали студенты и аспиранты, теперь можно делать с помощью этого сервиса!
Мой тест кейс был такой - колабораторы отправили… Напомню, что Biomni - коммерческий проект, финансируемый LLM-гигантом антропик.
На днях прямой конкурент антропика - openAI - запустила похожий инструмент: специальную нейросеть для биомедицинский исследований GPT-Rosalind
https://openai.com/index/introducing-gpt-rosalind/
Пока GPT-Rosalind доступна для партнеров программы, но скоро должна стать доступна всем. Ещё Open-AI выпустила набор плагинов Life Sciences research, который вроде как доступен всем, но я не смог подключить его в платной версии ChatGPT. Если у кого-то получилось, напишите инструкцию.
В целом, это прекрасно. Чем больше конкуренция, тем быстрее будут развиваться эти, безусловно крайне полезные, инструменты.
- ❤ 16
- 🔥 9
- 💯 2
Post #857
1.66K
This post (sticker, poll or similar) has no web preview. Open in Telegram
- ❤ 70
- 🥰 11
- 🔥 8
- 😁 3
- 👾 1
Post #856
1.67K
Вениамин Фишман Сегодня в NAR вышла наша статья об организации хромосом типа ламповых щеток (ЛЩ) в ооцитах курицы! ЛЩ - удивительный объект, знакомый каждому биологу из школьных учебников. Все хромосомы как хромосомы, а эти образуются при активной транскрипции в ходе созревания…
П. С. Будем считать, что это была моя Пасхальная новость )
- 🔥 25
- 😁 8
Post #855
1.64K
В статье много интересного, а ещё она замечательна с методической точки зрения - тут и классическая геномика, и single-cell Hi-C, и цитология, и биофизическое моделирование - все современные методы использованы, чтобы получить не просто набор фактов, а физическую модель, объясняющую биологический процесс.
Спасибо замечательным коллегам за эту работу, в первую очередь Марии за сложнейшие эксперименты, Тимофею за то, что самостоятельно освоил кухню биофизического моделирования и группе Аллы Красиковой (и Алле лично), которая вдохновила нас изучать оогенез куриц и принимала активное участие во всех этапах - от методической помощи по выделению ооцитов до формулировки принципов, лежащих в основе упаковки ЛЩ.
П.С. На фото - я в гостях в лаборатории СПБГУ, где мы, благодаря гранту Тимофея, начинаем новую серию экспериментов, развивающих эту работу - теперь на ооцитах лягушек.
Спасибо замечательным коллегам за эту работу, в первую очередь Марии за сложнейшие эксперименты, Тимофею за то, что самостоятельно освоил кухню биофизического моделирования и группе Аллы Красиковой (и Алле лично), которая вдохновила нас изучать оогенез куриц и принимала активное участие во всех этапах - от методической помощи по выделению ооцитов до формулировки принципов, лежащих в основе упаковки ЛЩ.
П.С. На фото - я в гостях в лаборатории СПБГУ, где мы, благодаря гранту Тимофея, начинаем новую серию экспериментов, развивающих эту работу - теперь на ооцитах лягушек.
- 👏 40
- ❤ 19
- 🔥 9
- ❤🔥 5
Post #854
1.35K
Оказалось, что полимераза, которая постоянно ездит по активным генам, сшибает все белки на своем пути - кроме белковых комплексов-колечек, которые держат две сестринские хроматиды (когезин). Эти кольца полимераза разорвать не может, поэтому сдвигает их к концам активных генов.
В то же время рядом с активными генами накапливается огромное количество продуктов транскрипции, формируя избыточное давление. В результате, активно транскибирующиеся гены, свободные от колец, давлением выталкивает наружу, формируя петли. А между ними кольца крепко держат ДНК сестринских хроматид, формируя компактные хромомеры.
В то же время рядом с активными генами накапливается огромное количество продуктов транскрипции, формируя избыточное давление. В результате, активно транскибирующиеся гены, свободные от колец, давлением выталкивает наружу, формируя петли. А между ними кольца крепко держат ДНК сестринских хроматид, формируя компактные хромомеры.
- 🔥 43
- ❤ 16
- ❤🔥 1
Post #853
1.17K
Сегодня в NAR вышла наша статья об организации хромосом типа ламповых щеток (ЛЩ) в ооцитах курицы!
ЛЩ - удивительный объект, знакомый каждому биологу из школьных учебников. Все хромосомы как хромосомы, а эти образуются при активной транскрипции в ходе созревания яйца. Они похожи на гигантские "палки" с огромными торчащими наружу генами - петлями - по которым как паровозы едут молекулы РНК-полимеразы. Эти хромосомы становятся настолько большими, что их хорошо видно в самый простенький микроскоп. Благодаря этому, ЛЩ когда-то были излюбленным объектом биологов. Тем не менее, на один из важнейших вопросов - как же устроены эти огромные хромосомы и как они образуются - ответ так и не был получен.
Благодаря совместной работе с группой Аллы Красиковой из СПБГУ, мы сделали серию геномных экспериментов (Hi-C, метилирование, транскриптом) ЛЩ, а затем наши биофизики - Тимофей Лагунов и Виктор Константинов - построили физическую модель на основе полученных данных.
ЛЩ - удивительный объект, знакомый каждому биологу из школьных учебников. Все хромосомы как хромосомы, а эти образуются при активной транскрипции в ходе созревания яйца. Они похожи на гигантские "палки" с огромными торчащими наружу генами - петлями - по которым как паровозы едут молекулы РНК-полимеразы. Эти хромосомы становятся настолько большими, что их хорошо видно в самый простенький микроскоп. Благодаря этому, ЛЩ когда-то были излюбленным объектом биологов. Тем не менее, на один из важнейших вопросов - как же устроены эти огромные хромосомы и как они образуются - ответ так и не был получен.
Благодаря совместной работе с группой Аллы Красиковой из СПБГУ, мы сделали серию геномных экспериментов (Hi-C, метилирование, транскриптом) ЛЩ, а затем наши биофизики - Тимофей Лагунов и Виктор Константинов - построили физическую модель на основе полученных данных.
- 🔥 61
- ❤ 9
- 👍 9
Post #852
1.29K
Недавно были подведены итоги конкурса проектов отдельных научных групп РНФ (7-миллионников). Поддержали 454 проекта, конкурс был 1:13.
Когда-то я считал "проходной" балл для "маленьких" проектов на основе небольшой выборки, которая у меня была - балл оказался около 4.5. Если вы участвовали в текущем конкурсе РНФ, пришлите мне свои балыы (или рецензии, если лень считать), я добавлю в статистику.
-- пост обновляется --
Прошли -4.54
Не прошли - 4,67; 4.59; 4,46; 4,04
Когда-то я считал "проходной" балл для "маленьких" проектов на основе небольшой выборки, которая у меня была - балл оказался около 4.5. Если вы участвовали в текущем конкурсе РНФ, пришлите мне свои балыы (или рецензии, если лень считать), я добавлю в статистику.
-- пост обновляется --
Прошли -4.54
Не прошли - 4,67; 4.59; 4,46; 4,04
- 😢 10
- 😱 2
- 🙏 1
Post #850
1.36K
Я тут все ругаюсь на журналы, которые отказывают нам в публикации из-за аффилиаций. А некоторые - как NAR - по-другому реагируют на санкции, запрещающие получать деньги из РФ: предлагают опубликоваться бесплатно. Пожалуй, впервые санкции принесли пользу российской науке =)
- 🔥 86
- 😁 28
- ❤ 13
- 👍 5
- 🤯 3
Post #849
1.58K
В общем осталось этим великолепным ассистентам научиться стирать вещи и мыть полы. И тогда наступит, наконец-то, светлое будущее
- ❤🔥 30
- 😁 11
Post #848
1.57K
Поднял себе MCP сервер для отправки писем. Теперь GPT может за меня переписываться, отвечая на простые вопросы.
Как это работает: пишешь код, например, приложение на питоне, которое может что-то делать. В моём случае - искать, читать и отправлять письма с моего ящика Яндекса. Код, естественно, написал GPT.
Это приложение размещается на моем личном сервере, с возможностью вам обращаться к нему по http. В GPT создаётся application с указанием этого сервера. После этого, GPT может дёргать приложение чтобы прочитать или отправить письмо.
Как это работает на практике: я могу сказать gpt голосом "прочитай письмо из отдела кадров и напиши для них трудовые функции исходя из того, что ты знаешь о моей работе в лаборатории, по образу других писем, которые я отправлял в отдел кадров раньше". Через 5 минут коллеги получают готовый документ
Как это работает: пишешь код, например, приложение на питоне, которое может что-то делать. В моём случае - искать, читать и отправлять письма с моего ящика Яндекса. Код, естественно, написал GPT.
Это приложение размещается на моем личном сервере, с возможностью вам обращаться к нему по http. В GPT создаётся application с указанием этого сервера. После этого, GPT может дёргать приложение чтобы прочитать или отправить письмо.
Как это работает на практике: я могу сказать gpt голосом "прочитай письмо из отдела кадров и напиши для них трудовые функции исходя из того, что ты знаешь о моей работе в лаборатории, по образу других писем, которые я отправлял в отдел кадров раньше". Через 5 минут коллеги получают готовый документ
- 🔥 33
- 🤯 11
- 👏 3
- ❤ 1
Post #847
1.76K
Вениамин Фишман Всем привет! Летом в Новосибирске пройдет конференция «Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология», BGRS/SB-2026 (6 по 11 июля) Новосибирск летом прекрасен! Мы будем активно участвовать в секции по 3D-геномике. Приезжайте пообщаться…
Последний шанс подать заявку на конфернецию BGRS/SB-2026, в частности - на секцию по 3D-геномике. Если вдруг вы забыли о ней - ещё не поздно за вечер набросать короткие тезисы и приехать летом в Новосибирск!
https://bgrssb.icgbio.ru/2026/program/
https://bgrssb.icgbio.ru/2026/program/
- 👍 8
- 🔥 6
- 🤩 1
- 🫡 1
Post #846
1.79K
Вениамин Фишман Вчера попробовал biomni (https://biomni.phylo.bio/) и остался в полном восторге! Кучу рутинных биоинформационных задач, которые раньше делали студенты и аспиранты, теперь можно делать с помощью этого сервиса! Мой тест кейс был такой - колабораторы отправили…
Вчера сходил на созвон с основателями biomni. Очень приятные ребята. Планируют в ближайшее время существенно расширять функционал. Спросил их про монетизацию - сейчас для академии биомни почти бесплатный. У них такая стратегия: постараться как можно дольше сохранять биомни (почти)бесплатной для академических лаб, а деньги зарабатывать продавая подписку фармкомпаниям.
А ещё один из основателей рассказывал, что компания началась с того, что он сам себе сделал агента, чтобы быстрее читать литературу или выполнять простые биоинформационные задачи.
А ещё один из основателей рассказывал, что компания началась с того, что он сам себе сделал агента, чтобы быстрее читать литературу или выполнять простые биоинформационные задачи.
- 🔥 37
- ❤ 7
Post #845
1.49K
Институт AIRI Запускаем менторскую программу с исследователями AIRI 💡 Вот уже пять лет мы делимся знаниями в области искусственного интеллекта: представляем результаты исследований на конференциях, проводим лекции и семинары, организуем летнюю школу. В честь юбилея мы…
Кажется, я тоже попал в список менторов. Ну, со мной, скажем, можно и без этих сложностей поболтать, но в списке много других классных спецов
- 🔥 22
Post #844
1.38K
Forwarded from Институт AIRI
Запускаем менторскую программу с исследователями AIRI 💡
Вот уже пять лет мы делимся знаниями в области искусственного интеллекта: представляем результаты исследований на конференциях, проводим лекции и семинары, организуем летнюю школу. В честь юбилея мы запускаем формат менторских встреч.
AIRIум — это место, где опыт встречается с любопытством, а свобода мысли — с культурой научного наставничества. Мы собрали руководителей научных групп, которым вы сможете задать интересующие вас вопросы по своей задаче и получить вдумчивые экспертные ответы.
Выбирайте ментора и подавайте заявку на участие в конкурсном отборе по ссылке до 15 мая включительно.
Ждём вас!
Вот уже пять лет мы делимся знаниями в области искусственного интеллекта: представляем результаты исследований на конференциях, проводим лекции и семинары, организуем летнюю школу. В честь юбилея мы запускаем формат менторских встреч.
AIRIум — это место, где опыт встречается с любопытством, а свобода мысли — с культурой научного наставничества. Мы собрали руководителей научных групп, которым вы сможете задать интересующие вас вопросы по своей задаче и получить вдумчивые экспертные ответы.
Выбирайте ментора и подавайте заявку на участие в конкурсном отборе по ссылке до 15 мая включительно.
Ждём вас!
- ❤ 5