Вчера попробовал biomni (https://biomni.phylo.bio/) и остался в полном восторге! Кучу рутинных биоинформационных задач, которые раньше делали студенты и аспиранты, теперь можно делать с помощью этого сервиса!

Мой тест кейс был такой - колабораторы отправили письмо и данные.

Задача была сформулирована примерно так:

"нам пришли RNA-seq-данные для трех плазмид с разными трансгенами, хотим посмотреть, какие варианты сплайсинга встречаются для каждого из трансгена. Вот тут (ссылка) на файлы .fq, вот тут (ссылка) карты плазмид, нам нужны картинки из IGV. Список какой образец какому соответствует в pdf-таблице в attachment"

Я взял это письмо, ни слова не меняя и засунул в biomni, нажал Enter.

Через пару часов - получил готовые картинки и биологический вывод (правильный) о том, что произошло. Эта штука сама разобралась как скачивать с нашего лаб. сервера данные, сама сделала из плазмидных файлов gtf для визуализации в IGV, .fa и индексы для выравнивания, сама разобралась по pdf-табличке, приложенной к письму, кого на кого выравнивать, все выровняла, разложила, сделала скриншоты из IGV и файл с сессией, чтобы было удобно загружать. Да, задача не сложная, но на такие несложные задачи и тратится основное время!