TGViewer
Channel Public Channel
Вениамин Фишман

Вениамин Фишман

@fishmanvs

Генетика через призму AI, а также о науке (и в целом о жизни) в РФ и за рубежом
Subscribers
1.34K
Photos
418
Videos
75
Links
184
Recent Posts 18 shown
Post #943 310

Forwarded from Институт AIRI

Объединяем исследователей для обучения ИИ долгосрочному планированию

Владислав Куренков, руководитель научной группы «Адаптивные агенты» Института AIRI, запустил открытое сообщество людей, работающих над системами планирования ИИ, чтобы вместе решить одну из самых неподатливых для искусственного интеллекта игр — NetHack.

У каждого участника будет свой способ получить программу, свои инструменты и своя стратегия, а общая инфраструктура позволит видеть результаты друг друга, сравнивать их между собой и продолжать разрабатывать решения друг друга.

Владислав рассказал, почему NetHack весьма полезна для обучения ИИ:
«Одна партия в NetHack — это десятки тысяч ходов. Жизнь у героя одна, сохранений нет, подземелье каждый раз новое, а игра по дороге ничего не подсказывает. Если вы сыграли плохо, то выясняется это тогда, когда ничего исправить уже нельзя. Когда мы запускаем наших ботов играть, то вторая по частоте причина их "смерти" — голод, потому что они не позаботились о еде за несколько тысяч ходов до финального момента. На таких же ошибках спотыкаются ИИ-агенты, когда пишут код: отдельный шаг они выполняют прекрасно, а на длинную дистанцию держать планку не могут. И NetHack в этом плане становится весьма полезной для обучения ИИ».


📎Подробнее про сообщество, игру и «интеллект» агента — в интервью «Ъ-Науке».
  • ❤ 12
Post #942 366
Вдруг получится также круто, как с Go =)
  • ❤ 6
Post #941 969
Компания Basecamp research, которая создаёт закрытый (частный) датасет, секвенируя геномы огромного количества видов организмов и обучая на этом модели ДНК, сегодня объявила о привлечении 140 миллионов USD в форме инвестиций.

The aim is for its models to go straight from a patient's disease to a new medicine, skipping the long step by step process drug companies use today.


Все больше инвесторов склоняются к мысли, что применение unsupervised подходов к анализу геномных данных станет следующим большим прорывом в области ИИ.
LinkedIn BREAKING: Basecamp Research just raised a MASSIVE $140m Series C to design new medicines with AI! The round was led by S32, and… BREAKING: Basecamp Research just raised a MASSIVE $140m Series C to design new medicines with AI! The round was led by S32, and NVIDIA and Anthropic have now come in as investors too, after working closely with Basecamp on its AI models. The London startup…
  • 🔥 12
  • 👍 3
  • 😱 2
  • 😁 1
Post #940 984

Forwarded from Nariman

  • 🔥 40
  • 💅 11
  • 😁 5
  • ❤ 2
  • ⚡ 1
  • 🤩 1
  • 👨‍💻 1
Post #938 3.04K
Новая языковая модель ДНК GPN-Star - построенная на информации о выравниваниях геномов - вышла в Nature.

https://www.nature.com/articles/s41586-026-11005-5

На некоторых задачах выдает результаты лучше, чем aGenome - в том числе для интерпретации некодирующих вариантов у пациентов с наследственными заболеваниями.

Конкретно на картинке с барплотом - классификатор
OMIM pathogenic versus gnomAD v.3 common non-coding variants
  • 🔥 23
  • ❤ 12
  • 👍 7
  • 🤩 2
  • 🤡 2
  • 🎉 1
Post #937 1.49K
Вениамин Фишман Загадка от коллег из лабы. Что произошло с этой чашкой? Вводные: обычная трансформация компетентных клеток E. coli, прошло 48 часов после высеивания на чашку.
Ответ на загадку (многие ответили почти правильно в комментариях)

Орфография и пунктуация автора эксперимента сохранены:

Муха залетела посидеть, я ее выгнала, но она успела отложить яйца.
На следующий день увидела ползающие овальные "колонии". Они все съели и умерли. И на третий день после трансформации чашка выглядела как на фото.
  • 😁 40
  • 🔥 8
  • 🤯 1
Post #936 1.36K
Загадка от коллег из лабы. Что произошло с этой чашкой?

Вводные: обычная трансформация компетентных клеток E. coli, прошло 48 часов после высеивания на чашку.
  • 🔥 15
  • 🤔 10
  • 🤨 4
Post #935 5.15K
Дорогие коллеги!

Команда IBIS (https://ibis.autosome.org) запускает соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge): по последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию — с точностью до нуклеотида и цепи — у пяти немодельных животных: устрицы, осьминога, амбарной огнёвки, молочайного клопа и катрана. Данные — неопубликованные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке, тестовые хромосомы закрыты до объявления победителей.

Разрешены только геном и наши треки, плюс предобученные геномные модели (AlphaGenome, Evo2 и др.).

Две задачи: есть ли инициация (AUPRC) и её сила (Spearman); медали по каждому виду и в общем зачёте.
Все, кто обошёл бейзлайн, входят в консорциум EPIC — коллективного соавтора итоговой статьи; медалисты — соавторы лично.

Для разминки открыт датасет по Nematostella и скрипты офлайн-оценки. Старт — 4 сентября, дедлайн — 30 ноября 2026.

Ссылки:
https://epic.autosome.org
https://t.me/+lfC17rwA3xszNmZi
  • 🔥 19
  • 🏆 3
  • ❤ 2
  • 👍 2
  • 😁 1
  • 💩 1
  • 🤡 1
  • 😎 1
Post #934 1.01K
С удовольствием распространяю объявление о новом геномном конкурсе от коллег. Опыт проведения таких соревнований у них большой, так что не сомневаюсь, что будет интересно!
  • ❤ 9
Post #933 1.52K
Внимание медгенетикам - альфагеном выложил скоры для 9 миллиардов геномных вариантов. Доступ по API

https://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlas

AlphaGenome Atlas is an integrated data resource that predicts the functional impact of all 9 billion possible single nucleotide variants (SNVs) across the human genome. By unifying coding and non-coding predictive models, it streamlines the prioritisation and interpretation of variants.

Unified Variant impact scoring: Combines coding and non-coding predictions into a single, standardized AlphaGenome Variant Impact (AVI) score.
Genome-wide scale: Access precomputed variant effect predictions spanning the entire human genome.
Zero-code exploration: Spot-check individual variants and dive into granular genomic context directly in your browser.
Seamless agentic integration: Connect effortlessly with AI agent workflows to scale analyses and transition to Atlas website visualisations.

More details:
- 🌐 Portal: https://lnkd.in/gEd_9YjY
- 🎥 Video: https://lnkd.in/gjCs3y6F
- 📖 Blog: https://lnkd.in/gdBM4D7T
- 📄 Preprint: https://lnkd.in/gt2pQeZv
- 🧬 Motif heatmap: https://lnkd.in/gn826x7c
Google AlphaGenome AlphaGenome – Access Google DeepMind’s unifying genomics model for deciphering DNA function.
  • 🔥 13
  • ❤ 6
  • 👍 5
  • 👀 2
Post #931 1.5K
Завтра я докладываю статью на нашем лабораторном journal club. Пока искал что рассказать - нашел свежую статью из Nature. Ребята культивировали органоид человеческого мозга в чашке 5 лет (!).

У меня один вопрос - как они описывали бы заявку в РНФ?
  • 😁 40
  • 🤣 19
  • 😢 6
  • 🔥 2
  • ❤ 1
Post #930 1.58K
Post #929 1.51K
Одна из самых интересных - и необычных - работ нашей группой, под кодовым названием "человек-паук".

Действительно, а что будет если целый геном далёкого от человека вида окажется внутри наших клеток? Казалось бы, ужас из самых страшных кошмаров антиГМОшников. Однако спешим успокоить - не говоря уже о том, что в норме клетки прекрасно защищены от проникновения длинных молекул ДНК снаружи, даже если такое произойдёт, весь приобретённый генетический материал клетка упакует в плотный неактивный компартмент.

Как клетки опознают чужую ДНК и понимают, что с нее не нужно считывать гены? Сможем ли мы когда-нибудь "пересаживать" большие фрагменты геномов от одного вида к другому (как, например, делает вот эта группа, которая пытается пересадкой генома хлоропластов "научить" клетки животных фотосинтезу)?

В общем, наука тогда бывает очень занимательной!
  • 👍 26
  • 🔥 16
  • ❤ 2
Post #928 1.49K

Forwarded from Институт AIRI

«Лето с AIRI 2026» не заканчивается! Делимся лекциями и семинарами ⏯

Мы записали всё, о чём на протяжении двух недель говорили исследователи и эксперты на летней школе. Собрали целый багаж знаний — 76 видео! — из разных областей ИИ и делимся им с вами, чтобы все могли послушать и узнать для себя что-то новое и интересное.

📎Сохраняйте ссылки на плейлисты: VK Видео, YouTube — и пересылайте их тем, кому тоже может быть полезно)
  • ❤ 17
  • 🔥 6
  • 🤩 3
  • 👍 1
Post #927 1.25K
Меня спрашивают часто, что можно почитать/посмотреть для тех, кто хочет побольше узнать про ML.
Рекомендую лекции коллег!
  • ❤ 10
Post #926 1.92K
Вот уже несколько лет коллеги-медицинские генетики из центра имени Д.О. Отта в Санкт-Петербурге проводят конференцию с совершенно волшебным - под стать настроению места проведения - названием "Поэзия генома".

С большим удовольствием распространяю информацию об этом мероприятии.
  • ❤ 21
  • 👍 9
  • 🤩 3
  • 😁 2
Post #924 2.19K
Возвращаюсь с конференции в Москве в Сириус. С собой везу образцы на сухом льду. Мало того, что рейс задержали на 10 часов (а после досмотра лед уже не досыпать), так ещё и посадили на два часа в Грозном. Как хорошо, что там есть оборудование для временного хранения экспериментальных образцов!
  • 😁 101
  • ❤ 21
  • 💔 13
  • 🤯 9
  • 🤣 6
  • ❤‍🔥 5
  • 🔥 1
  • 🤩 1
  • 💯 1
Older posts →

About this channel

How can I read @fishmanvs without a Telegram account?
TGViewer shows the public web preview Telegram publishes for Вениамин Фишман: recent posts, photos, videos and the subscriber count, with no app, login or account.
How many subscribers does Вениамин Фишман have?
Вениамин Фишман (@fishmanvs) has 1.34K subscribers on Telegram, refreshed roughly every 30 minutes.
Does Вениамин Фишман know I viewed it here?
No. Public channel previews carry no viewer identity, and TGViewer has no accounts or tracking of what you look up.
Threads Profile ViewerView any public Threads profile without an account.Open ThreadLook →Writing with AI? Make it sound human.Metric37 rewrites AI drafts so they read naturally. Free AI detector, 1,500 words free.Try Metric37 →