TGViewer
Channel Public Channel
Вениамин Фишман

Вениамин Фишман

@fishmanvs

Генетика через призму AI, а также о науке (и в целом о жизни) в РФ и за рубежом
Subscribers
1.36K
Photos
418
Videos
75
Links
185

Showing posts older than #824 · Back to latest

Older Posts 20 shown
Post #823 1.71K
Вениамин Фишман В России принят закон, запрещающий передачу генетических данных человека иностранцам — PCR News https://pcr.news/stati/v-rossii-prinyat-zakon-zapreshchayushchiy-peredachu-geneticheskikh-dannykh-cheloveka-inostrantsam/
Хочется написать несколько слов об этой инициативе. Я не юрист, но кажется что этот закон делает ещё более сложной и без того непростую область исследований в области медицинской генетики в РФ.

Во-первых, мне не понятно, считается ли публикация отдельных новых вариантов, связанных с болезнями, передачей генетической информации. Как будто если почитать закон, то формально - считается, ведь когда мы пишем
A>G в позиции 13 365 555

мы формально передаём всему миру информацию о "последовательности нуклеиновых кислот". Как без этого научное сообщество будет обмениваться информацией о причинах редких болезней? Особенность этих болезней в том, что носителей поломок конкретного гена может быть всего десяток на весь мир, и без обмена данными о конических случаях мы никогда не соберём статистику.

Во-вторых, я категорически не согласен с гораздо более явно прописными ограничениями на обезличенную публикацию частот вариантов. Эти данные нужны для медицинских целей (понять, является ли найденный вариант патогенным или доброкачественным), причём нужны в особенности для РФ - в Европе и США есть свои хорошие базы. Сложно представить, как такая усреднённая обезличенная информация могла бы использоваться во вред жителям РФ, но уж если предположить, что кто-то задался целью ее получить, закон ему не помешает - миллионы бывших и сегодняшних жителей РФ сформировали большие диаспоры в самых разных городах мира, от Берлина до Нью-Йорка. Но, ещё раз, само предложение, что эти данные могут быть использованы во вред, совершенно необосновано, аналогичные зарубежные базы (гномад, 1KG и т.д.) уже давно доступны публично.
  • 👍 51
  • ❤ 1
Post #821 3.3K
Всем привет!

Летом в Новосибирске пройдет конференция «Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология», BGRS/SB-2026 (6 по 11 июля)

Новосибирск летом прекрасен!

Мы будем активно участвовать в секции по 3D-геномике. Приезжайте пообщаться, рассказать о вашей работе - мы рады видеть коллег и колабораторов, а также новых гостей!

Дэдлайн подачи тезисов 6 апреля. Регистрация:
https://bgrssb.icgbio.ru/2026/profile/

Планируется сформировать спецвыпуски статей по итогам докладов (можно будет подать заявку - из журналов планируют ВОГиС,
IJMS, Gene Expression, Journal of Bioinformatics and Computational Biology - к слову об отчетах по РНФ и не только)

После конфы можно поехать в авторский тур на Алтай (11-17 июля) - никогда не ездил сам, но коллегам нравится (https://bgrssb.icgbio.ru/2026/altai/). Конференция будет проведена в гибридном формате, предоставляя возможность участвовать как лично, так и дистанционно (с онлайн-докладом).

Больше информации: https://bgrssb.icgbio.ru/2026/
  • 🔥 24
  • ❤ 3
Post #820 1.5K

Forwarded from Innovation & Research

➡️ Стартовал сбор заявок на Научную премию Сбера 2026!

🚀 Дан старт пятому сезону Научной премии Сбера. Эта престижная награда вручается учёным за выдающиеся достижения, которые открывают новые перспективы для развития науки и технологий в стране.

Ключевое нововведение — впервые в номинациях «AI в науке» открыта возможность самовыдвижения.


➡️ Общий призовой фонд в 2026 году составил рекордные 111 млн рублей!

Лауреаты будут определены в следующих основных номинациях:

▪️ «Физический мир» (физика, химия, астрономия, науки о Земле и технические науки),

▪️ «Науки о жизни» (биология, медицина и сельскохозяйственные науки),

▪️ «Цифровая вселенная» (математика, компьютерные науки, информатика и искусственный интеллект).

Каждый победитель получит 30 млн рублей.

⚡️ Для молодых учёных до 35 лет включительно представлены три номинации «AI в науке» по направлениям основных номинаций Премии. В них могут участвовать коллективы до трёх человек, добившиеся ярких научных результатов с применением искусственного интеллекта за последние 5 лет. Победители разделят призы, составившие в этому году 7 млн рублей.

Подать заявку можно на сайте Премии до 30 апреля 2026 года включительно.

Лауреаты пятого сезона будут награждены в Москве в конце года.
Post #819 1.54K
Вениамин Фишман Читаю статью о ДНК-моделе OmniNA. Идея очень интересная - буквы ДНК пишутся следом за их текстовым обписанием с NCBI (например: this is genome assembly of rhesus monkey иди this is CDS of human EF1a). И на такой смеси ДНК и букв тренируется GPT-модель. Потом…
П.С. Не путайте OmniNA с другой моделью, которая вышла почти в то же время: OmniDNA (https://arxiv.org/abs/2502.03499).

В OmniDNA к ДНК тоже добавляют разные модальности - причем не только текст. Она даже картинки (sic!) по ДНК может генерить. Но в OmniDNA дополнительные модальности добавляют уже после файнтюнинга.
arXiv.org Omni-DNA: A Unified Genomic Foundation Model for Cross-Modal and... Large Language Models (LLMs) demonstrate remarkable generalizability across diverse tasks, yet genomic foundation models (GFMs) still require separate finetuning for each downstream application,...
  • 👍 4
  • 🤯 3
Post #818 1.37K
Читаю статью о ДНК-моделе OmniNA.
Идея очень интересная - буквы ДНК пишутся следом за их текстовым обписанием с NCBI (например: this is genome assembly of rhesus monkey иди this is CDS of human EF1a). И на такой смеси ДНК и букв тренируется GPT-модель.

Потом модель может делать как на картинке - выдвать по ДНК описание того, что это за последовтаельность.

Также можно файнтюнить модель прямо текстом: вводится инструкция, потом последовательность ДНК, потом задается вопрос. Получается такой вариант GPT, который адаптирован к работе с ДНК.

Вообще мне кажется, что пока прогресс ДНК-моделей именно в получении биологических сигналов не очень большой это может стать основным направлением их использования - интеграция с текстами, чтобы людям было удобно решить биологические задачи. Чтобы с этим могли комфорртно взаимодействовать "мокрые" биологи, описывая свои вопросы текстом, без написания кода.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.14.575543v1.full.pdf
  • 🔥 6
  • 👍 4
  • ❤ 2
Post #817 1.55K
Во многих регионах России, в том числе в Сибири, мы живём в условиях йододефицита - количество этого важного элемента, которое мы получаем с пищей, недостаточно. Интересный слайд я увидел сегодня на очередной сессии института Терапии в Новосибирске - согласно их исследованию, йододефицит у подростков Новосибирска неуклонно уменьшается. Это связано, видимо, как с улучшением качества питания населения, так и с государственными программами йодификации продуктов питания
  • 👍 22
  • ❤ 7
Post #816 1.59K
Bioinformatics Institute Продолжается прием заявок на программу переподготовки «Биоинформатика для биологов» Института биоинформатики | Сайт Студентов ждет год обучения онлайн, много практики по программированию, анализу данных NGS, статистики, R и ML, научный проект с реальными…
Это не личная рекомендация - попросили сделать репост. Я, честно говоря, ничего не знаю про эту программу, но в целом выского мнения об институте биоинфоматики. Если у кого-то есть отзыв, основанный на личном опыте, поделитесь в комментариях.
  • 😁 8
  • ❤ 6
  • 👍 3
Post #815 1.71K

Forwarded from Bioinformatics Institute

Продолжается прием заявок на программу переподготовки «Биоинформатика для биологов» Института биоинформатики | Сайт

Студентов ждет год обучения онлайн, много практики по программированию, анализу данных NGS, статистики, R и ML, научный проект с реальными данными и сокурсники из разных городов мира.

Стоимость – 83 000 руб. в семестр. Можно оформить рассрочку и налоговый вычет. При окончании выдаем диплом о профессиональной переподготовке.

Ждем студентов, аспирантов и уже состоявшихся специалистов естественно-научного профиля. Нагрузка при обучении большая, но по отзывам выпускников – оно того стоит на 100%.

Подробная программа и этапы поступления: bioinf.me/admission

Будем ждать ваших заявок!

#bioinf_education #bioinf_online @bioinformatics_institute
  • ❤ 10
  • 👍 2
Post #814 1.42K
Вениамин Фишман Что будет с мотивами сайтов связывания TF, если на них не будет действовать отбор? Эксперимент - перемешаем все буквы в геноме и будем искать мотивы связывания используя известные PWM. Ваше предсказание: для большинства TF после перемешивания:
Голосуем! Ответ (шок-контент) завтра на этом канале =)
  • 👍 13
  • ❤ 1
Post #812 1.47K

Forwarded from Алексей Хохлов

Объявлен очередной конкурс на получение повышенных стипендий Президента РФ для аспирантов (75 тыс. руб. в месяц). Прием заявок с 29 января до 27 февраля (14:00 по Москве) в электронном виде на сайте:

https://aspirant.extech.ru/

В этот раз предполагается назначить 800 стипендий. Соискатели стипендий выдвигаются научным руководителем. Объявление и конкурсную документацию можно посмотреть здесь:

https://aspirant.extech.ru/documents/100/view
Post #811 1.7K
Вениамин Фишман Randomizing human genome Классная работа вышла в Science. При помощи prime editing вставили Cre-рекомбиназу в тысячи L1 повторов, а потом сгерировали сотни различных хромосомных перестроек и оценили, как они влияют на работу генов. Пару лет назад мы опубликовали…
Сегодня на лабораторном семинаре разобрали статью из Science, о которой я писал несколько дней назад. Впечатляет, насколько толерантен геном к изменениям - по крайней мере in vitro. Авторы находят не только крупные делеции и дупликации, но и даже дицентрики, которые достаточно долго присутствуют в культуре.

Артем Шадский сделал отличную презентацию. Семинар можно послушать по ссылке

https://us06web.zoom.us/rec/share/XkyJwjKReun-rrWoTWvQmDO48_ayrAMSdn-jInUplkkJ4Tr-XwJktUG79HJH3PBj.STGv5FjU2tWw8zgf

Passcode: ?L73pd.B
Zoom Video Conferencing, Web Conferencing, Webinars, Screen Sharing Zoom is the leader in modern enterprise video communications, with an easy, reliable cloud platform for video and audio conferencing, chat, and webinars across mobile, desktop, and room systems. Zoom Rooms is the original software-based conference room solution…
  • ❤ 19
  • 👍 7
Post #810 5.89K
Несколько месяцев назад мы на этом канале разбирали препринт aGenome. А сегодня полноценная статья вышла в Nature!


Для тех, кто не знаком - это модель, которая предсказывает тысячи биохимических и транскрипционных сигналов по последовательности ДНК.

Одновременно вышло интервью от разработчиков:

https://youtu.be/V8lhUqKqzUc?si=0MeT6Wc-nydRT24q

Для меня самые интересные - последние 5 мин, где они обсуждают планы на будущее.

П. С. Из интервью: у топовой команды гугла ушло около 2 лет на разработку этой модели
YouTube AlphaGenome author roundtable Join the Google DeepMind Genomics team for a deep dive into AlphaGenome. In this video, Dhavi (Product Manager) is joined by Ziga (Genomics Lead) and AlphaGenome first authors Natasha, Jun, and Tom to share the story behind AlphaGenome, their unified DNA…
  • 🔥 11
  • ❤ 6
  • 👍 5
  • 😐 1
Post #809 1.65K
Древний вирус включается на стадии 1-2 клеток в ходе эмбрионального развития и продуцирует молекулы РНК, которая нужна для "пробуждения" генов эмбриона - включения транскрипции в ходе зиготической активацци.

Science - Endogenous retroviruses synthesize heterologous chimeric RNAs to reinforce human early embryo development

https://www.science.org/doi/10.1126/science.adv5257
Science Endogenous retroviruses synthesize heterologous chimeric RNAs to reinforce human early embryo development Zygotic genome activation (ZGA) failure leads to developmental arrest and poses a clinical challenge to women’s fertility. We observed that human embryos arresting at the eight-cell ZGA stage exhibited specific down-regulation of endogenous retrovirus ...
  • 🔥 13
  • 🤩 10
  • ❤ 7
Post #808 1.63K

Forwarded from Nariman

Самая необычная статья которую я когда либо видел

Она про Hi-C и искусство

Пересказывать её я не буду, но приведу несколько интересных цитат
"Abstract
Scientific data can be beautiful. ..."

"The process of chromosome folding has also inspired musicians; the composer Amir Bitran wrote a musical composition that was performed in Paris and Boston."

"DATA AVAILABILITY
Data sharing is not applicable to this article as no new data were created or analyzed in this study."

https://pubs.aip.org/aip/bpr/article/7/1/012101/3377878
AIP Publishing Seeing into Hi-C: How our scientific connectivity revealed the close connections in our DNA to be a work of art Scientific data can be beautiful. An example where the data itself have a particularly striking appearance even before any scientific meaning has been ascribed
  • 🔥 9
  • ❤ 7
Post #807 1.15K
От коллег
Post #805 2.04K
Randomizing human genome

Классная работа вышла в Science. При помощи prime editing вставили Cre-рекомбиназу в тысячи L1 повторов, а потом сгерировали сотни различных хромосомных перестроек и оценили, как они влияют на работу генов.

Пару лет назад мы опубликовали идеологически похожую работу, хотя, конечно, и не с таким масштабом

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36842155/
  • ❤ 12
  • 🔥 5
  • 👍 3
  • 🗿 3
Post #804 1.49K
Designing AI-programmable therapeutics with the EDEN family of foundation models

https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.01.12.699009v1.full

Очень интересная работа - новая претренированная языковая модель ДНК, которая может дизайнить функциональные последовательности - новые рекомбиназы, CAR для терапевтических T-клеток, антимикробные пептиды и т.д.

Внимательно ещё не разбирал, если кто читал - поделитесь впечатлениями
Older posts →
Threads Profile ViewerView any public Threads profile without an account.Open ThreadLook →Writing with AI? Make it sound human.Metric37 rewrites AI drafts so they read naturally. Free AI detector, 1,500 words free.Try Metric37 →