Вениамин Фишман

Сильная группа, всем рекомендую

Описание вакансии
Лаборатория рекомбинационного и сегрегационного анализа ИЦиГ СО РАН ищет биоинформатика или специалиста по статистической генетике.

Мы занимаемся количественной статистической генетикой человека, изучаем генетические факторы риска сложных заболеваний человека. Работаем с широким спектром признаков. Разрабатываем подходы к анализу больших геномных данных. Основные методы, применяемые в лаборатории: полногеномный анализ ассоциаций (GWAS), Менделевская рандомизация, региональный анализ ассоциаций, генетические корреляции, оценка полигенного риск (PRS). В данный момент в лаборатории также ведется работа с анализом транскриптомов и компьютерным зрением для анализа медицинских изображений. Для соискателя не обязательно владеть всеми перечисленными навыками, есть возможность выбрать наиболее близкое направление. Плюсом будет наличие у соискателя кандидатской степени, желания и возможности подаваться на гранты, а также интереса к работе со студентами/преподаванию.

Обязанности
Возможный список методов и обязанностей: GWAS, региональный анализ ассоциаций, Менделеевская рандомизация, статистические тесты и анализ омиксных данных, разработка программного обеспечения, написание грантов и научных статей, работа со студентами. Работа разнообразная, не обязательно иметь опыт со всеми этими методами.

Требования
Знание генетики
Опыт в R и/или Python
Опыт в командной строке и Линуксе
Знание базовой статистики и высшей алгебры
Надежный командный игрок
Не менее трех научных статей
Желателен опыт работы с GWAS
Желательно наличие кандидатской степени

Условия
Официальное трудоустройство на научную ставку
Можно удаленно, но по РФ
Можно парт-тайм
Командная работа по системе SCRUM
Гибкий график работы
Возможность подготовки статей уровня Nature Communications, NAR

Больше информации о лаборатории
Ссылки на профили сотрудников лаборатории: https://assa.icgbio.ru/open/person/921/, https://assa.icgbio.ru/open/person/13/, https://assa.icgbio.ru/open/person/3276/.
Ютуб-канал лаборатории: https://youtube.com/channel/UCWvCBcEcUClc4UxuzwHDmAw?si=AXUtxh1PmOFMXh21.
Онлайн-курс по статистической генетике от нашей лаборатории: https://www.youtube.com/playlist?list=PL-_cKNuVAYAUDyzFahlo-N70tRklxc692.

CV отправлять на адрес statgenomicslab@gmail.com

Получил письмо. Написано черным шрифтом на черном фоне. Текст (орфография, пунктуация и вообще содержание), а также вид на скриншоте - все сохранено (чтобы прочитать текст пришлось скопировать в блокнот):

"Здравствуйте! Я ФЕН, 2ой курс, биолог. Очень хочу к вам в лабораторию поработать. Мне очень интересно то, чем вы занимаетесь и хочется начинать набираться опыта. Вот мой номер: 89..... "

Deep generative models design mRNA sequences with enhanced translational capacity and stability

На прошлой неделе в Science вышла статья о дизайне ключенвых элементов РНК: 5' и 3' UTRs с параллельной кодон-оптимизацией на основе предобученых трансформеров (модель GEMORNA). Основное целеполагание - создание эффективных РНК-вакцин. Пока успел лишь бегло пробежать, но радует, что авторы провели экспериментальную валидацию и показали увеличение экспрессии в сравнении с другими методами кодон-оптимизации (см. график).

Статью мне ещё предстоит внимательно прочитать - возможно, отдельные элементы будут нам полезны для создания тканеспецифичных векторов для генной терапии или поиска UTRs при аннотации генов. А пока есть краткий пересказ от PCR-news

По отзывам, которые я слышал, Школа Анализа Данных (ШАД) от Яндекса делает один из самых сильных базовых курсов в области ИИ. В этом году коллеги обратили внимание на то, что в ШАД появляется отдельный набор по направлению ИИ в естественных науках, включая биологию и медицину:

https://yandex.ru/company/news/14-08-2025-01

интересно будет узнать отзывы и познакомиться с предподавателями, которые ведут курсы по геномике.

П.С. Набор на курсы до 10 сентября

Отличная статья от Марии о том, как коллеги делают in silico дизайн белков

Всем привет! На нашем Хабре вышла новая статья от научного сотрудника группы дизайна белков AIRI Марии Синдеевой с обзором того, как устроен дизайн белков и какую роль в этом играет глубокое обучение. Кроме того, Мария рассказывает об успехах их команды в этом направлении
https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/

10-14 ноября в университете Сириус пройдет Форум генетических технологий «Сириус. ТехноГенетика». Форум организуется первый раз, сейчас активно идет обсуждение того, что там будет. Планируется несколько школ и конференций - по клеточной биологии, генетике, синтетической биологии и т.д.

А я, вспомнив как замечательно когда-то проводили в Сочи "диалоги о геномике", заручился поддержкой Олега Гусева и Бориса Сагалаева и попробую организовать неформальное вечернее мероприятие. Обсудим насущные проблемы в геномике - и просто поговорим в хорошей компании за науку. Присоединяйтесь!

https://siriusuniversity.ru/admission/educational-modules-and-activities/genetika-i-nauki-o-zhizni/forum-geneticheskikh-tekhnologiy-sirius-tekhnogenetika/?clckid=68c25178

Кстати, примечательно название - Красная Воля. Это название жители выбрали в 1925 году - поскольку прежнее название "жидовка" являлось "националистическим и уничижительным". При этом жители посёлка отнюдь не евреи - 60% армян и 40% русских.

Не могу сказать, что мне хотелось бы жить в посёлке "красная воля", но это название уж точно лучше, чем то что было )

Приятный бонус поездки - можно вдоволь наесться дикой ежевики, кизила, яблок, груш - в этом месте их очень много, а на встречу иногда попадаются местные жители с ведёрками наперевес

Поскольку у нас сейчас есть большой грант от университета Сириус я часто бываю в Сочи и стараюсь на выходных выбраться в какое-нибудь красивое место загородом. На этих выходных ездили с семьёй гулять по диким тропам между сёлами Галицыно и Красная Воля.

Маршрут этот хорош тем, что он не проходит по сочинским заповедникам, а поэтому даже в разгар сезона по дороге не встретишь толпы туристов. Меж тем, добраться от университета очень легко - из Адлера до села Галицыно ходит обычный автобус. Проходя через деревню можно посмотреть на местные дачи, увидеть, как во дворах растут виноград, фундук, киви и даже банановые пальмы. Из Голицино хорошо натоптанная тропинка через лес ведёт к каньону Псахо, где придётся пересечь речку (совсем мелкую). А дальше, по руслу пересохшей реки, мы поднялись на пастбища возле Красной Воли. Виды там, нужно сказать, потрясающие - горы возвышаются со всех сторон, луг, на котором пасутся лошади и коровы, и никого вокруг.