Я много занимаюсь 3D-геномикой и, как и в других разделах геномики, в этой области очень большая часть анализа делается не только статистическими/ML/биоинформатическими методами, но ещё и при "ручном" отсмотре данных в программе-визуализаторе (IGV, UCSC и т.п.). Для 3D-данных есть два стандартных инструмента – Juicer/Juicebox и CoolTools/Cooler. Недавно мне написала команда из ITMO, которая разрабатывает альтернативу - по словам авторов, в разы быстрее и исправляет некоторые недочёты этих инструментов.

С удовольствием распространяю ссылку на их софт: https://github.com/ctlab/HiCT_JVM/releases

Фидбек можно писать напрямую автору: @ntwwwnt

Вот описание от авторов:

Базово – это быстрый просмотрщик карт контактов: можно интерактивно перемещаться по Hi-C карте, менять масштаб, смотреть большие сборки, работать с разными разрешениями и дополнительными слоями данных. Особенно интересно, что по FASTA можно построить дотплот и визуализировать дотплот поверх Hi-C данных или открыть выше диагонали одну карту, а ниже диагонали – вторую. К тому же, это не просто read-only визуализатор, в HiCT доступны операции ручного скаффолдинга: можно и работать с самой сборкой – поменять порядок и ориентацию контигов. Дополнительно есть ещё очень много настроек визуализации, сложно, но функционально.
Используется свой формат данных, за счёт чего и достигается высокая скорость работы, но на вход можно подать и привычные для этой области .hic или Cooler.