А вот и альтернативные мнения о фаговой модели.

Не успею подробно разобрать все детали, но отмечу два принципиально важных момента:

1) да, есть много интересных бейзлайнов, которых не хватает в работе. С другой стороны, когда никто не мог сгенерировать синтетический геном живого* организма до тебя, а ты смог, кажется, что это не твоя задача доказывать что можно это сделать более простыми методами. Можно было бы - чего ж раньше не сделали.

* называется ли вирус живым - это какой-то страшный вопрос из старых ЕГЭ по биологии, который заслуживает отдельного разбора

2) утверждений о том, что белки с гомологией 70% часто могут иметь идентичную структуру и поэтому будут одинаково работать, наверное, верное (я не проверял). Но утверждение о том, что любые 30% замен нейтральные и не меняют структуру и функцию белка - точно не верное, мы знаем много примеров, когда замена 1 а.к. критична. Так что если авторы смогли найти алгоритм поиска таких замен, которые не влияют на структуру белка, это ценно. Мог ли этот алгоритм работать не используя языковые модели? Неизвестно. Должны ли были авторы это проверять? Было бы интересно, если бы они попробовали, но см. пункт 1.