О том, как синтезируют коммерческие олиги.

На скриншоте - NGS двух клонов плазмид, в которые вставляли ПЦР-продукт. В участках под праймерами - систематические замены А на G (заменяются А в случайных местах, но всегда в области праймера, доля замен - на вскидку около 30%).

Т.е. при синтезе олигов капилляр с А плохо помыли, и сыпется около 30% G (или как-то ещё контаминировали A примесью G).

Ну ладно, с плазмидами всегда есть возможность сделать Сэнгера/NGS и проверить. А вот мы (и многие) делают олиги для синтеза gRNA для геномного редактирования напрямую in vitro транскрипцией. А потом мы удивляемся, почему какие-то гайды плохо работают, а в каких-то случаях вылезают неожиданные офтаргеты.

Название фирмы писать не буду, но жалобу им отправим.