На Distill есть очень хорошая вводная статья в Graph Neural Networks (можно погонять там простые симуляции), и статья сильно сложнее про свертки на графах. Вторая статья прекрасна, во-первых, тем, что там очень много интерактивных графиков и визуализаций, а во-вторых, там можно на простом примере посмотреть, как считаются коэффициенты в разных типах GNN. Для того, чтобы понять, что такое спектральные свертки, нужно вспомнить довольно много матеши, но авторы приводят в ссылках кучу полезных материалов для этого, которые тоже советую просмотреть