Привет. Визуализация больших графов - большая проблема (подробнее тут), визуализация даже небольших, но динамических графов (когда ребра и вершины то появляются, то исчезают) - проблема не меньше, но информации в сети об этом не так много, ровно, как и доступных инструментов. Парочка найденных библиотек работает крайне медленно. Один из выходов использовать статические укладки (я использовал multidimensional scaling - алгоритм оценивает кратчайшие пути между вершинами и пытается сохранить их в 2d проекции) в каждый момент времени + нормировку и экспоненциальное сглаживание, что бы изменения в укладках были хоть немного сглажены, впрочем, это все равно не исключает дрожания и прыжки между соседними укладками.