Connectosome

CONNECTOSOME CURATION: Nucleic Acid Extraction & Purification
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━


در چند هفته گذشته، ما در تیم کانکتوزوم چالش‌های استخراج و تخلیص اسیدهای نوکلئیک را بررسی کردیم؛ از لیز و اتصال به فاز جامد تا Wash، Elution، افت بازده، آلودگی‌های همراه، تخریب نمونه و خطاهای اندازه‌گیری.

برای انتخاب آگاهانه روش، عیب‌یابی فرایند و ارزیابی خروجی استخراج، سه منبع زیر را بر اساس سطح نیاز پیشنهاد می‌کنیم:

۱. برای مرور اصول و عیب‌یابی روی بنچ

▫️ منبع: Promega Protocols & Applications Guide – DNA/RNA Purification

مسئله‌ای که حل می‌کند: انتخاب روش تخلیص متناسب با DNA یا RNA، نوع نمونه و کاربرد پایین‌دستی و درک علت Yield پایین، باقی‌ماندن مهارکننده‌ها یا تخریب نوکلئیک اسید.

چگونه استفاده شود؟ ابتدا فناوری‌های Silica membrane، Magnetic particles، Organic extraction و Precipitation را مقایسه کنید؛ سپس بخش مربوط به آنالیت و ماتریس نمونه خود را بخوانید. این راهنما برای فهم منطق روش مناسب است، اما حجم‌ها، ظرفیت اتصال و زمان‌های اجرایی باید از Handbook همان کیت استخراج شوند.

📌 افزایش Yield همیشه نشانه استخراج بهتر نیست؛ ممکن است همراه با بازیابی DNA/RNA ناخواسته یا Carryover آلاینده‌ها باشد.

۲. برای شناخت اصول و مقایسه فناوری‌های استخراج

▫️ منبع: Current Nucleic Acid Extraction Methods and Their Implications to Point-of-Care Diagnostics

مسئله‌ای که حل می‌کند: این مقاله مروری، منطق علمی مراحل Lysis، جداسازی و Purification را توضیح می‌دهد و روش‌های کلاسیک، فاز جامد، ستون سیلیکا و ذرات مغناطیسی را از نظر بازده، خلوص، زمان اجرا و قابلیت اتوماسیون مقایسه می‌کند.

چگونه استفاده شود؟ ابتدا بخش مربوط به روش‌های متداول استخراج را برای شناخت مکانیسم هر فناوری بخوانید؛ سپس روش‌ها را براساس این متغیرها مقایسه کنید:
▫️ نوع و مقدار نمونه
▫️تارگت DNA یا RNA
▫️ بازده (Yield) و Purity موردنیاز
▫️ احتمال باقی‌ماندن مهارکننده‌ها
▫️ الزامات Integrity، مانند حفظ HMW DNA یا RNA سالم
▫️ سازگاری خروجی با PCR، qPCR یا Sequencing

📌 این مقاله برای انتخاب و مقایسه رویکردها مناسب است، نه تعیین حجم بافر، سرعت سانتریفیوژ یا زمان انکوباسیون یک کیت خاص. پارامترهای اجرایی باید از Handbook همان محصول و نسخه کیت استخراج شوند.

۳. برای اجرای کیت‌محور و تصمیم‌گیری هنگام بروز خطا

▫️ منبع: QIAGEN Protocols & Handbooks for DNA and RNA Purification Kits

مسئله‌ای که حل می‌کند: عیب‌یابی عملی استخراج‌های مبتنی بر ستون سیلیکا یا ذرات مغناطیسی؛ مانند گرفتگی ستون، عبور ناقص Lysate، Yield پایین، Carryover اتانول، آلودگی نمکی و Elution ناموفق.

چگونه استفاده شود؟ Handbook دقیق همان خانواده، شماره کاتالوگ و نسخه کیت را دریافت کنید و مستقیماً بخش Troubleshooting Guide را با SOP آزمایشگاه مقایسه کنید. به این نقاط حساس توجه ویژه داشته باشید:
▫️ رعایت ظرفیت مجاز ستون
▫️ افزودن صحیح اتانول به بافرها
▫️ کامل‌شدن Lysis و Homogenization
▫️ حذف رسوب یا ذرات پیش از بارگذاری
▫️ اجرای Dry spin در صورت الزام پروتکل
▫️ حجم، محل افزودن و زمان تماس Elution buffer

توصیه‌های یک کیت را بدون اعتبارسنجی به کیت یا ماتریس دیگر تعمیم ندهید؛ ترکیب بافرها، ظرفیت فاز جامد و شرایط سانتریفیوژ میان محصولات متفاوت است.

💡 نکته کنترل کیفیت: نسبت‌های A260/A280 و A260/A230 به‌تنهایی معیار پذیرش نمونه نیستند. غلظت را در صورت نیاز با روش فلورومتری اختصاصی مانند Qubit و Integrity را با الکتروفورز یا روش مناسب کاربرد پایین‌دستی بررسی کنید. اختلاف NanoDrop و Qubit الزاماً به معنای خرابی دستگاه نیست؛ این دو روش کمیت‌های یکسانی را اندازه‌گیری نمی‌کنند.

ماتریس‌های عیب‌یابی و چیت‌شیت‌های Nucleic Acid Extraction & Purification کانکتوزوم را نیز برای ریشه‌یابی مرحله‌به‌مرحله مشکلات، Lysis ،Binding ،Washing Elution و اندازه‌گیری در کنار این منابع به کار ببرید.


🔗 دسترسی به منابع

1- Promega Nucleic Acid Analysis Guides – DNA and RNA Purification
▫️Promega DNA Purification
▫️Promega RNA Purification

2- Current Nucleic Acid Extraction Methods and Their Implications to Point-of-Care Diagnostics

3- QIAGEN Resource Center – Protocols & Handbooks


#Curation #Nucleic_Acid_Extraction
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
فراتر از اطلاعات سطحی و ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 20


در این قسمت، دکتر سارا شفیعی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه مهندسی بافت و پزشکی بازساختی می‌گوید.

━━━━━━━━━━━━━━━━━

آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.

تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome

یازدهمین نمایشگاه بین‌المللی دارو و صنایع وابسته (ایران فارما)

زمان: یکم تا سوم مهرماه 1405 - ساعت 9 الی 17
مکان: مصلای امام خمینی (ره)

دریافت کارت بازدیدکننده:
app.iphexpo.com

@Connectosome

CONNECTOSOME TECH-RADAR: NUCLEIC ACID EXTRACTION & PURIFICATION

معرفی پلتفرم | یافتن و ثبت پروتکل استخراج با protocols.io و Bio-protocol
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

وقتی عبارت «DNA با روش استاندارد استخراج شد» در مقاله نوشته می‌شود، آیا برای تکرار آزمایش کافی است؟
معمولاً خیر. مقدار ورودی، روش Homogenization، مدت لیز، نوع Carrier، دور سانتریفیوژ، تعداد شست‌وشوها و حجم Elution می‌توانند بر Yield، Purity و Integrity اثر بگذارند؛ اما این جزئیات همیشه در مقاله گزارش نمی‌شوند.

برای دستیابی به پروتکل‌های اجرایی‌تر می‌توان از دو مخزن مکمل استفاده کرد:
1-  پروتکل‌های نسخه‌بندی‌شده | protocols.io

پلتفرم protocols.io برای انتشار، اشتراک‌گذاری و نسخه‌بندی پروتکل‌های پژوهشی است. در آن می‌توان پروتکل‌های مرتبط با استخراج DNA، RNA، cfDNA، RNA کوچک، DNA میکروبی و نمونه‌های محیطی را جست‌وجو کرد.

قابلیت‌های مهم:
▫️ نمایش مرحله‌به‌مرحله پروتکل
▫️ ثبت زمان، دما، حجم و تجهیزات
▫️ ایجاد نسخه شخصی و Fork کردن پروتکل
▫️ نگهداری Version history
▫️ افزودن یادداشت و اصلاحات اجرایی
▫️ اختصاص DOI به برخی پروتکل‌ها
▫️ اشتراک‌گذاری عمومی یا درون یک Workspace

2- پروتکل‌های همراه با زمینه علمی | Bio-protocol

پلتفرم Bio-protocol مجموعه‌ای از پروتکل‌های داوری‌شده یا برگرفته از مقالات علمی را ارائه می‌کند. توضیح منطق مراحل، مواد لازم و ارتباط پروتکل با مقاله اصلی می‌تواند برای بازسازی روش مفید باشد.

📌 وجود یک پروتکل در این مخازن به معنای مناسب‌بودن آن برای هر نمونه نیست. پیش از استفاده بررسی کنید:
▫️ نوع و مقدار Sample input
▫️دی‌اِن‌اِی یا آراِن‌اِی هدف
▫️ طول مولکول موردنیاز
▫️ کاربرد پایین‌دستی
▫️ تجهیزات و معرف‌های لازم
▫️ کنترل‌های استخراج
▫️ سابقه به‌روزرسانی پروتکل
▫️ ارتباط با مقاله یا آزمایشگاه منتشرکننده

🔬 مسیر پیشنهادی

تعریف نوع نمونه و خروجی موردنیاز
⬇️
جست‌وجوی چند پروتکل مرتبط
⬇️
مقایسه مقدار ورودی، روش لیز و فناوری خالص‌سازی
⬇️
بررسی مقاله، DOI و نسخه پروتکل
⬇️
اجرای Pilot با کنترل استخراج
⬇️
ثبت تغییرات ایجادشده در نسخه داخلی
⬇️
گزارش نسخه نهایی در مقاله یا SOP

▫️ قانون میز کار:
پروتکلی را که تغییر داده‌اید، بدون ثبت تغییرات با نام منبع اصلی گزارش نکنید.

⚠️ پروتکل منتشرشده جای Validation محلی را نمی‌گیرد. حتی تغییر نوع تیوب، Rotor، روش Homogenization یا مقدار ورودی ممکن است نیازمند بهینه‌سازی مجدد باشد.


آیا نسخه دقیق پروتکل استخراج را ثبت می‌کنید یا فقط نام کیت در گزارش آزمایش باقی می‌ماند؟

🔗 لینک پلتفرم‌ها:
protocols.io: https://www.protocols.io/
Bio-protocol: https://bio-protocol.org/

#Tech_Radar #Nucleic_Acid
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome

CONNECTOSOME RETRACTION FILES
وقتی آلودگی گونه‌ای به یک «ژنوم مرجع» تبدیل شد
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

مقاله‌ای با عنوان:
Genome assembly and annotation of Meloidogyne enterolobii, an emerging parthenogenetic root-knot nematode
در اکتبر ۲۰۲۰ در Scientific Data منتشر شد. هدف مطالعه، تولید یک ژنوم مرجع باکیفیت برای Meloidogyne enterolobii بود؛ نماتدی بیماری‌زا که طیف وسیعی از گیاهان را آلوده می‌کند و می‌تواند بر برخی ژن‌های مقاومت گیاهی غلبه کند.


مقاله چه چیزی گزارش کرده بود؟

خوانش‌های کوتاه Illumina، اسمبلی‌ای با مشخصات زیر ارائه کردند:
▫️ اندازه اسمبلی: ۲۴۰ مگاباز
▫️ تعداد کنتیگ‌ها: ۴٬۴۳۷
▫️کنتیگ (N50): ۱۴۳ کیلوباز
▫️ ژن‌های کدکننده پروتئین: ۵۹٬۷۷۳
▫️ عناصر جابه‌جاشونده: ۱۰٬۹۴۴
▫️باسکو کامل (BUSCO): ۸۷٫۵٪

تحلیل تعداد نسخه‌های ژنی، نگاشت CDS و بلوک‌های هم‌خط نیز به‌عنوان شواهدی برای ساختار پلی‌پلوئید و احتمالاً تریپلوئید ژنوم تفسیر شدند.

آلودگی چگونه بررسی شده بود؟

جمعیت نماتد با PCR اختصاصی گونه و DNA barcoding بررسی شده بود. سپس در مرحله اسمبلی، از BlobTools، نتایج BLAST، درصد GC و پوشش خوانش‌ها برای شناسایی کنتیگ‌های مشکوک استفاده شد.

این فرایند توانست تعدادی کنتیگ با منشأ احتمالی پروتئوباکتریایی را شناسایی کند. در مجموع، ۶۷۶ کنتیگ به طول حدود ۷۳ مگاباز حذف شدند و اسمبلی باقی‌مانده «پاک» در نظر گرفته شد.

اما مشکل اصلی، یک آلودگی دور مانند باکتری نبود؛ توالی‌های گونه نزدیک دیگری از همان جنس در داده‌ها حضور داشتند.

بررسی مجدد چه چیزی را نشان داد؟

براساس Retraction Note، نویسندگان پس از بررسی دوباره دریافتند که:
"داده‌های توالی‌یابی زیربنایی با گونه دیگری آلوده بوده‌اند."

فایل‌های توالی‌یابی شامل داده‌های هر دو گونه زیر بودند:
▫️Meloidogyne enterolobii
▫️Meloidogyne incognita

در نتیجه، اسمبلی تولیدشده کایمریک یا ترکیبی تشخیص داده شد و نمی‌توان آن را ژنوم خالص یک گونه در نظر گرفت.

چرا کنترل‌های اولیه کافی نبودند؟

Retraction سازوکار دقیق عبور آلودگی از QC را مشخص نمی‌کند، اما مقاله نشان می‌دهد که دو گونه از نظر ویژگی‌های کلی ژنومی بسیار نزدیک‌اند. برای مثال، درصد GC گزارش‌شده برای هر دو حدود ۳۰٪ بود.

بنابراین برخلاف آلودگی باکتریایی، جداسازی توالی‌های دو نماتد نزدیک فقط با GC، پوشش و انتساب عمومی به Nematoda می‌تواند دشوار باشد. این توضیح یک تفسیر علمی محتمل است، نه نتیجه‌گیری رسمی Retraction Note.

کدام نتایج تحت تأثیر قرار گرفتند؟

اندازه و پیوستگی اسمبلی، پیش‌بینی ژن‌ها، BUSCO و CEGMA، تعداد نسخه‌های ژنی، Secretome، عناصر جابه‌جاشونده و تحلیل پلوئیدی، همگی مستقیماً بر اسمبلی نهایی متکی بودند.

بااین‌حال، از متن Retraction Note نمی‌توان تعیین کرد که آلودگی دقیقاً هر عدد را چه مقدار افزایش یا کاهش داده است. آنچه رسماً اعلام شد این بود که آلودگی و کایمریک‌بودن اسمبلی، اعتبارسنجی مجموعه‌داده قبلی را نامعتبر کرده است.

به کاربران توصیه شد از accessionهای مقاله پس‌گرفته‌شده استفاده نکنند و به داده‌های جدید حاصل از توالی‌یابی و اسمبلی مجدد مراجعه کنند.

سرنوشت مقاله
مقاله در ۳۰ ژانویه ۲۰۲۵ پس گرفته شد. شش نویسنده با Retraction موافقت کردند و شش نویسنده دیگر به مکاتبات سردبیر پاسخ ندادند. کامنت PubPeer نیز خبر و متن همین بازپس‌گیری را بازتاب داده و شواهد مستقل دیگری ارائه نکرده است.


درس این پرونده:

شاخص‌هایی مانند N50 یا BUSCO می‌توانند پیوستگی و کامل‌بودن یک اسمبلی را نشان دهند؛ اما به‌تنهایی ثابت نمی‌کنند که همه توالی‌ها متعلق به همان گونه هدف‌اند.

یک اسمبلی می‌تواند از نظر عددی کامل به نظر برسد، اما از نظر هویت زیستی نادرست باشد.

در پروژه‌های ژنومی، کنترل آلودگی باید علاوه بر آلاینده‌های دور، گونه‌های نزدیک و هم‌جنس را نیز به‌طور اختصاصی هدف قرار دهد.

اطلاعیه رسمی ریترکشن:
https://www.nature.com/articles/s41597-025-04446-6
🔗 مقاله اصلی:
https://www.nature.com/articles/s41597-020-00666-0

#Retraction_Files #Nucleic_Acid
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome

وقتی یک ژنوم، متعلق به یک گونه نیست.

در سال ۲۰۲۰، مقاله‌ای در Scientific Data یک ژنوم مرجع ۲۴۰ مگابازی برای نماتد گره‌ریشه Meloidogyne enterolobii معرفی کرد. مقاله گزارش می‌کرد که آلودگی‌ها با ترکیبی از BlobTools، BLAST، درصد GC و عمق پوشش شناسایی و حذف شده‌اند.

اما بررسی مجدد نشان داد که فایل‌های توالی‌یابی، حاوی داده‌های دو گونه بوده‌اند و اسمبلی نهایی ترکیبی از:
M. enterolobii + M. incognita
بوده است. در نتیجه، اعتبارسنجی مجموعه‌داده قبلی نامعتبر اعلام و مقاله در ژانویه ۲۰۲۵ پس گرفته شد.

در پست بعدی بررسی می‌کنیم چگونه آلودگی یک گونه نزدیک می‌تواند از کنترل‌های رایج عبور کند و اعتبار کل یک ژنوم مرجع را زیر سؤال ببرد.
━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome

High-Resolution Print File:
CONNECTOSOME CHEAT SHEET: PCR/RT-qPCR Inhibitor Diagnosis & Rescue

@Connectosome

CONNECTOSOME CHEAT SHEET: PCR/RT-qPCR Inhibitor Diagnosis & Rescue
━━━━━━━━━━━━━━━━━━

افزایش Ct، کاهش efficiency یا شکست amplification الزاماً به معنای کمبود target نیست؛ مهارکننده‌های همراه نمونه می‌توانند واکنش را مختل کنند و به تفسیر نادرست منجر شوند.

این ماتریس، شواهد واکنش را به تشخیص مهار و انتخاب راهکار نجات متصل می‌کند:

▫️ Inhibition Diagnosis
استفاده از dilution، spike-in و کنترل‌های داخلی برای تفکیک مهار از تخریب یا کمبود template.

▫️ Signal & Control Interpretation
تفسیر منحنی‌های غیرعادی، رفتار multiplex، kinetics و اختلاف میان نمونه و کنترل‌ها.

▫️ Rescue Strategy
اولویت‌بندی کاهش ورودی، رقیق‌سازی، cleanup هدفمند یا استخراج مجدد بر اساس نوع و شدت مهار.


همراه با الگوریتم تأیید تشخیص و ماتریس انتخاب اقدام بر پایه ریسک اتلاف نمونه.

Prepared by: Connectosome Protocol Troubleshooting & Optimization Desk

#Nucleic_Acid #Cheat_Sheet

🔗 High-Resolution Print File
🔗 TROUBLESHOOTING NOTE
━━━━━━━━━━━━━━━━

فراتر از ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome

فراخوان جشنواره دهم "اندیشمندان و دانشمندان جوان"

مهلت ثبت نام: 15 مهر 1405

سایت رسمی جشنواره:
https://ysf-persia.com/


@Connectosome

CONNECTOSOME TECH-RADAR: NUCLEIC ACID EXTRACTION & PURIFICATION

معرفی ابزار استانداردسازی | ثبت تاریخچه نمونه با SPREC
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

دو نمونه ممکن است با یک کیت استخراج شوند، اما آیا واقعاً پیش از استخراج شرایط یکسانی داشته‌اند؟
اگر یکی بلافاصله پردازش شده و دیگری چند ساعت در دمای اتاق مانده باشد، ثبت صرفِ نام کیت نمی‌تواند تفاوت کیفیت DNA یا RNA را توضیح دهد.

سیستم Standard PREanalytical Code یا SPREC یک سیستم کدگذاری استاندارد برای ثبت متغیرهای پیش‌تحلیلی نمونه‌های زیستی است. این سیستم کمک می‌کند تاریخچه نمونه به‌شکل ساختاریافته و قابل‌مقایسه ثبت شود.

سیستم SPREC با فعالیت‌های ISBER مرتبط است و برای استانداردسازی اطلاعاتی طراحی شده که پیش از مرحله تحلیل یا استخراج نهایی رخ داده‌اند.

⚙️ چه اطلاعاتی را می‌توان ساختارمند ثبت کرد؟

بسته به نوع نمونه و نسخه SPREC:
▫️ نوع نمونه و مشتق آن
▫️ نوع ظرف یا لوله جمع‌آوری
▫️ زمان تا پردازش اولیه
▫️ روش جداسازی یا سانتریفیوژ
▫️ تأخیر تا تثبیت یا انجماد
▫️ نوع Fixation یا Preservation
▫️ دما و شرایط نگهداری
▫️ نحوه ذخیره‌سازی بلندمدت
▫️ برخی اطلاعات مرتبط با پردازش نمونه

مزیت SPREC این است که عبارت‌های مبهمی مانند «نمونه طبق روش استاندارد نگهداری شد» را به داده‌هایی قابل جست‌وجو و مقایسه تبدیل می‌کند.

📌 کد SPREC شاخص کیفیت DNA یا RNA نیست. این کد نمی‌گوید نمونه حتماً باکیفیت است؛ بلکه مشخص می‌کند نمونه پیش از تحلیل چه مسیری را طی کرده است.

🔬 مسیر پیشنهادی

تعریف اطلاعات الزامی هنگام پذیرش نمونه
⬇️
ثبت زمان‌ها و شرایط واقعی، نه مقادیر برنامه‌ریزی‌شده
⬇️
تبدیل داده‌های پیش‌تحلیلی به SPREC
⬇️
اتصال کد به شناسه نمونه در LIMS یا فایل پروژه
⬇️
ثبت روش و Batch استخراج
⬇️
مقایسه SPREC با Yield، Purity و Integrity
⬇️
شناسایی الگوهای مرتبط با افت کیفیت

▫️ قانون میز کار:

اگر زمان و دمای واقعی ثبت نشده‌اند، آن‌ها را بعداً بر اساس پروتکل «حدس» نزنید. مقدار نامشخص باید به‌عنوان داده نامشخص باقی بماند.

سیستم کدگذاری SPREC می‌تواند به شناسایی این الگوها کمک کند:
▫️ افت Integrity در نمونه‌های دارای تأخیر طولانی
▫️ تغییر Yield در شرایط مختلف نگهداری
▫️ ارتباط Freeze–thaw با Fragmentation
▫️ تفاوت کیفیت میان مراکز نمونه‌گیری
▫️ ناسازگاری Batchهای مختلف با شرایط پیش‌تحلیلی

⚠️ سیستم کدگذاری SPREC جای SOP، کنترل کیفیت یا آزمون تجربی را نمی‌گیرد. همچنین باید نسخه سیستم کدگذاری و تعریف متغیرها مشخص باشد تا کدها در طول زمان قابل تفسیر باقی بمانند.

در آزمایشگاه شما همراه نتیجه استخراج، تاریخچه پیش‌تحلیلی نمونه نیز قابل‌بازیابی است؟


🔗 منابع:
ISBER: https://www.isber.org/
SPREC resources: https://www.isber.org/page/SPREC

#Tech_Radar #Nucleic_Acid
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome

فراخوان جذب پسادکتری در گروه پژوهشی پروفسور دینا مرشدی

پروژه‌ای در حوزه پارکینسون، در پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک - بنیاد ملی علم ایران

ارسال رزومه:
workshopsbio@gmail.com

@Connectosome

High-Resolution Print File:
CONNECTOSOME CHEAT SHEET: Rapid Hardware Diagnostic Matrix for Nucleic Acid Extraction & Purification

@Connectosome

CONNECTOSOME CHEAT SHEET: Rapid Hardware Diagnostic Matrix for Nucleic Acid Extraction & Purification
━━━━━━━━━━━━━━━━━

افت غلظت، Baseline ناپایدار یا عبور آهسته از ستون لزوماً یک منشأ ندارند. این چیت‌شیت کمک می‌کند پیش از نسبت‌دادن خطا به دستگاه، مصرفی‌ها، Blank، شرایط خوانش و مراحل استخراج بررسی شوند.

▫️ NanoDrop 2000
بررسی Blank نامعتبر، نوسان قرائت، حباب، حجم نمونه و وضعیت پدستال.

▫️ Qubit 4
ارزیابی Calibration Error، تکرارپذیری ضعیف و نتایج Out of Range

▫️ SPECORD 50
بررسی Baseline ناپایدار، نویز، جابه‌جایی طول موج و Stray Light

▫️ QIAamp
مدیریت گرفتگی ستون، عبور آهسته، باقی‌ماندن Wash Buffer، افت Elution و رسوب بافر.


این ماتریس هر مشاهده را به «اولین بررسی»، «اقدام فوری» و «معیار توقف یا ارجاع» متصل می‌کند؛ همراه با مرز مداخله کاربر و چک‌لیست شروع.

Prepared by: Connectosome Hardware & Technology Audit Desk

#Nucleic_Acid #Cheat_Sheet

🔗 High-Resolution Print File
🔗 TROUBLESHOOTING NOTE
━━━━━━━━━━━━━━━━━

فراتر از اطلاعات سطحی و ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome

دوستان عزیز

بازه زمانی انتخاب رشته کنکور کارشناسی ارشد تا ساعاتی دیگر به پایان می‌رسد. امیدواریم محتوای ارائه شده مفید بوده و انتخابی آگاهانه و درست را پیش‌رو داشته باشید و مسیر پیش‌رویتان همراه با موفقیت و پیشرفت علمی باشد.

لازم به ذکر است که سلسله ویدیوهای معرفی اساتید و تیم‌های پژوهشی، با پایان بازه انتخاب رشته متوقف نمی‌شود. طبق هماهنگی‌های انجام شده، در روزها و ماه‌های پیش‌رو، معرفی اساتید و تیم‌های پژوهشی از دانشگاه‌ها و مراکز علمی مختلف همچنان ادامه خواهد داشت، چرا که هدف این مجموعه، صرفاً انتخاب رشته نیست.

این آشنایی شفاف و مستقیم با اساتید و تیم‌های پژوهشی، می‌تواند در مسیرهایی مانند کارآموزی، همکاری پژوهشی یا میهمانی دانشجویی نیز کاربردی بوده و علاوه بر آن، دیدی روشن از موضوعات پژوهشی جاری در تیم‌های معتبر کشور در اختیارتان قرار دهد.

همچنین محتواهای تخصصی مربوط به "استخراج و خالص سازی اسیدهای نوکلئیک" تکمیل و طبق روال گذشته در کانال و سایت منتشر خواهد شد.


با آرزوی موفقیت برای مسیری که در پیش دارید.
کانکتوزوم

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 19


در این قسمت، دکتر قمرتاج حسین، عضو هیئت علمی دپارتمان علوم جانوری دانشگاه تهران، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه سرطان با تمرکز بر سرطان تخمدان و پستان می‌گوید.

━━━━━━━━━━━━━━━━━

آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.

تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 18


در این قسمت، دکتر محمد جعفر تهرانی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه بیوتکنولوژی پروتئین‎ها و پپتیدها و بیماری آلزایمر می‌گوید.

━━━━━━━━━━━━━━━━━

آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.

تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 17


در این قسمت، دکتر محمد امین موسوی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه سرطان می‌گوید.

━━━━━━━━━━━━━━━━━

آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.

تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome

مهلت انتخاب رشته کارشناسی ارشد ۱۴۰۵ تا پایان روز پنجشنبه ۱۲ شهریور تمدید شد و داوطلبان می‌توانند تا این تاریخ انتخاب‌های خود را ثبت یا ویرایش کنند.

پ.ن: وضعیت خوابگاه دانشگاه شهید بهشتی از "فاقد خوابگاه" به "محدودیت در ارائه خوابگاه" تغییر کرده است.

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 16


در این قسمت، دکتر محسن فرهادپور، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه تشخیص، خالص‌سازی و استانداردسازی ترکیبات زیستی می‌گوید.

━━━━━━━━━━━━━━━━━

آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.

تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome