Кстати, про эпигенетику. В журнале Nature вышел очерк про перспективы применения эпигенетического редактирования: управления активностью генов без изменения самой последовательности ДНК.
Суть в том, что можно редактировать не код, а белки, которые определяют, читается ли тот или иной участок кода. Для редактирования используют системы из двух элементов: «адресующего» модуля (ослабленный Cas9, который не режет ДНК, плюс guideRNA) и «эффектора» (специального фермента типа KRAB для выключения, VP64 или TET1 для включения, метилтрансферазы и деметилазы для долговременных изменений). Поскольку при использовании этого подхода ДНК не разрезается, метод работает мягче классического CRISPR: можно нацеливаться на несколько локусов одновременно без риска опасных перестроек, а изменения могут быть как временными, так и долговременными .
Главная концептуальная проблема, которую честно проговаривают авторы, состоит в том, что «мы не понимаем правил» (никогда такого не было и вот опять). В клетке около 900 регуляторов хроматина и 1600 транскрипционных факторов, и даже один ген обычно несёт множество меток, меняющихся одновременно. В одном из примеров выключение всего четырёх транскрипционных факторов изменило метки в 100 000 CpG-сайтов по всему геному.
Получается, что это не «тумблер», а каскад в сети с тысячами узлов, исход которого предсказать невозможно. Ну, а и провалы в клинических испытаниях на людях отбросят всю область назад.
Отдельная проблема — адресная доставка (не опять, а снова). Ну, и для сложных полигенных признаков предложенный подход не подходит ровно так же, как и всё остальное, — потому что мы не знаем правил и не можем предсказать каскадные эффекты. Эпигенетические эффекты – эмерджентное свойство сети, не сводимое к сумме отдельных меток.
Post #1904
72
Заметки лабораторного кота Один и тот же генотип в разной среде даёт разный фенотип – иногда совершенно разный.
- ❤ 3
- 👍 1