То, о чём пишет Илья Ясный, показывает, насколько сложной в действительности является задача предсказания белок-белковых взаимодействий.

Проблема в том, что специфичность связывания определяется тонкими энергетическими и энтропийными эффектами, которые почти не видны в статических структурах из PDB. И гипервариабельные петли аниител являются примером трудно предсказуемых элементах белковой структуры. Именно их конформационная пластичность обеспечивает узнавание, но именно она делает статистические модели, обученные на жёстких структурах, почти слепыми к истинной специфичности.

Стабильность белок-белкового комплекса — это не просто геометрическая комплементарность. Это баланс гидрофобных взаимодействий, водородных связей, электростатики и, что часто упускают, конформационной энтропии. Когда гибкая петля фиксируется при связывании, энтропия падает. Чтобы комплекс образовался, энергия связывания должна перекрыть эту потерю. Статическая структура эту тонкость не передаёт. Молекулярная динамика — да, но она на порядки дороже, и для тысяч кандидатов её не провести.

Нейросети выучили статистику «хороших интерфейсов» — нет столкновений, есть комплементарность. Но они не выучили физику свободной энергии. Поэтому они генерируют массу «правдоподобных» ложных срабатываний.